RAPD利用10个碱基的一个或几个随机引物非定点地扩增DNA片段，一般一个引物可扩增6-12条DNA片段，利用凝胶电泳分开扩增的片段，从而进行基因多态性研究。RAPD是一种能快速进行基因多态性研究的技术，并且由于不涉及印迹杂交、放射性自显影等技术，因此简便易行。SSR真核生物的基因组中散布着大量的串联重复序列，其中，2-4个bp的微卫星序列(Microsatellite或叫简单序列重复SSR:SimpleSequenceRepeats)具有高度多态性。 微卫星在结构上的最大特点是两端序列较保守，SSR引物根据与微卫星重复序两端的特定短序列设计，用来扩增重复序列本身，从而揭示微卫星的多态性。SSR是检测多态性的一种有效方法。微卫星（SSR）是广泛分布于真核生物基因组中的短串联重复序列（1－7bp），SSR实验一般检测到的是一个单一的多等位基因位点；是共显性遗传，可鉴别杂合子和纯合子；结果重复性很高。通常使用聚丙烯酰胺凝胶电泳，分辨率高，可检测出单拷贝差异。SSR广泛应用于生物遗传作图、群体遗传研究、个体间亲缘关系鉴定等方面。建立于DNA基础之上的分子标记对于作物改良具有重要作用。AFLP（Amplifiedfragmentlengthpolymorphism,简称AFLP）国内译为扩增片段长度多态性，是一种DNA分子标记技术。利用这一方法，在不需要预先知道DNA序列信息的情况下就可以同时进行多数DNA酶切片的PCR扩增。目前，该技术不仅在小麦、玉米、棉花和大豆等主要农作物上得以应用，而且在蔬菜（番茄、马铃薯、鹰嘴豆等）以及植物基因组研究的模式植物拟南芥上广泛应用。讨论了AFLP在主要作物的品种鉴定、遗传多样性分析、遗传作图、基因定位以及辅助选择等方面的应用进展。RFLP、RAPD、AFLP、SSR等已经广泛应用于DNA指纹分析、种质资源遗传多样性分析、基因定位、遗传作图、分子标记选择育种等。用于作物育种的分子标记技术主要有RFLP、RAPD、SSR、AFLP、STS等。它们主要用于构建分子标记遗传图谱、分子标记筛选育种亲本、鉴定品种、标记目的性状基因等方面。
