请使用支持JavaScript的浏览器! 【公告】2009形态版第一场实验技术讲座: 组化、WB、PCR、细胞计数等图像分析原理及其问题答疑活动(已经结束)[精华]_蚂蚁淘商城
【公告】2009形态版第一场实验技术讲座: 组化、WB、PCR、细胞计数等图像分析原理及其问题答疑活动(已经结束)[精华]
2009-04-10
问题描述:

【原创】第一讲:图像分析基本原理及分析过程【原创】第二讲:免疫组化图片的分析原理及实践[精华]【原创】第三讲:电泳图片光密度分析原理与方法

“图像分析疑难问题答疑和原理讲座正在进行中”


免疫组化、免疫荧光、Westernblotting、RT-PCR和细胞计数方法已经渗透到大多数研究生试验课题中,这些形态学试验方法的结果如何定量一直困扰着许多研究生,而这些图像的准确数字化分析结果远超过单一图片所显示结果的说服力,尤其在发高影响因子文章时。为解决图像分析过程中的问题困扰,我版特邀请目前在蚂蚁淘论坛很有名气的hbchendl老师给大家做一讲座和解惑,而本帖主要用于征集”图像分析疑难问题”和活动建议。

一、专家介绍——hbchendl战友提供

这次接受形态学版主邀请来作关于图像分析的讲座,内心里多少有点惶恐,看以前在这里作讲座的都是各个领域的专家学者,而我却只是一个实验技术人员。当然是属于有点实践经验的实验技术人员。
本人从事显微镜的操作维护管理有很多年,从2000年开始接触到图像分析软件Image-proplus4.5,开始只是作一些简单的图像分析测量,真正深入理解IPP软件还是在进入蚂蚁淘之后,确实在蚂蚁淘里开拓了眼界。然后在工作中做了许多图象分析的工作之后,对软件使用比较熟悉了。正好当时需要培训其他同事学习使用IPP,于是就有了《手把手教你使用Image-proplus》这一组帖子,当然也是为了挣点积分能看更多的好帖子。这组帖子有些影响,甚至把MediaCybernetics公司的人给招来了,他们又教了我一些使用IPP的技术与方法,还为分析免疫组化图片制作了一个宏操作程序。由我进行程序分析的调试,最后就有了那个给大家带来巨大方便的pathology.ipm宏操作程序。
另一方面,在蚂蚁淘的这些年,通过参与其他战友的分析测量工作也使我得到更多的机会来进一步理解图像分析。也发现了那一组《手把手教你使用Image-pro》中还有一些错误,曾经作过一些修改,但现在基本上没法改了。所以最近又在蚂蚁淘博客上开博客来写《手把手教你使用Image-proplus》第二版,还没写完。平时经常有同学询问关于图像分析的事。但是一个最常见的现象是提问时说得太简单,我无法从中知道对方想测量什么,当然也就无法讨论起来。这次希望大家在讨论时先介绍一下自己所要测量的内容,并且把图片帖上,这样我可以帮助大家分析一下,更好地解答问题。
最后感谢大家的关注,希望大家通过这次活动能各得其益。特别是感谢形态学版主wh2008的组织协调工作。

hbchendl战友的图像分析相关精华链接汇总:第二版手把手教你使用Image-proplus第二版手把手教你使用教程_pdf版本下载链接(感谢doctor_li战友和hbchendl战友的贡献)

二、活动安排

1、本帖主要用于征集IPP图像分析相关难题和活动建议——1~2周后由版主或热心战友归类汇总:
2、由hbchendl战友新建帖子,讲述IPP图像分析原理、操作要点和收集的难题解答以及现场答疑活动等,时间1~2周;
3、wh2008版主对此次活动总结,并决定是否继续开展以下候选讲座。

三、参与战友有奖

对于积极参与此次活动的热心战友并有以下工作成绩之一的战友将给予积分或投票奖励:参与共享图像分析相关的珍贵资源、提出问题被征集、正确解答战友问题、提出很好建议并被采纳、积极参与组织活动并取得优异成绩者等。

四、候选讲座:

免疫组化试验技术(拟由wh2008版主支持)、病理常规阅片技巧、常规染色方法交流等等

请大家多多提意见。

最新形态版系列有奖活动:

理论篇:成语形态新解成语故事形态新编应助有奖推荐晋级
图片篇:精美解剖学图片展
文献篇:文献阅读活动规则
实验篇:2009形态版第一场实验技术讲座(IPP图像分析原理及其问题答疑)即将开始——“图像分析疑难问题”征集活动正在进行中[精华]【原创】第三讲:电泳图片光密度分析原理与方法

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hbchendl
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image J 与scion image也是常用的图像分析软件。它俩都是免费的,所以经常使用。功能略差于IPP,但通常的分析工作也能作。所以在许多论文里都用它们来分析测量图象。免疫组化图象也能作的。
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hbchendl
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展开引用zhenglb1982请教wh2008战友我做前列腺的研究,有文献报道用IPP分析,得出percentareadensity。请教,这个percentareadensity是面积比例吗?原文如下:Forstereologicalanalysis,weusedImage-ProPlus5.0software(MediaCybernetics,Inc,Maryland,USA).ThehistologicalcompositionofprostaticventrallobeswasinvestigatedaccordingtoDelese’sprinciple[15].Theexamination,descriptionandscoringoftheslideswasconductedwhileunawareofsampleorigin.【BJUInt,2007,100(5):1161-1165】......分析过程可能是这样的:以前分析软件时只用单色图片,通过选择灰度阈值来测量图片上灰度大于某个值的所有象素点的测量数值。例如这张图片上,把灰度阈值定在174,比这个值黑的地方基本就是组织区域。用histogram工具就能测量到它们的象素数量(反映了面积)为250556.点整张图片的60.7%。这里percentareadensity大概是“灰度小于阈值部分的面积比例”现在用IPP的count/size工具测量灰度图片时,先通过segmentation选择阈值为0-174.然后计算面积,在statistics窗口中可以得到areaSUM为250556.测量原理基本上相同,但测量思路却大不一样了。这是分析技术的进步。现在的方法更加直观易理解。
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hbchendl
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smile9911023现在最关注的还是ipp对RT-PCR的电泳结果分析步骤。问题如下:1、表达量选用什么合适?2、如何分析电泳结果?3、详细步骤?这个用IPP作确实不合适。得用gelpro之类软件来作。
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wanliheng
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如果需要ipp软件下载的战友可以到veryCD上去下载《专业图像分析软件》(Image-ProPlus)6,让我们一起学习,共同进步!
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wh2008
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提问举例:一、免疫组化定量分析1、首选哪种图像定量分析方法?2、用IPP分析酶免疫组化的优势和不足在哪里?..................................................二、Westernblotting定量分析1、用IPP分析WB结果,是用灰度还是光密度分析?2、用IPP分析WB结果的必要条件是什么?3、相比较其他图像定量分析方法,用IPP分析WB的优势和不足是什么?...........................................................三、免疫荧光定量分析...........................................................四、细胞计数...........................................................五、RT-PCR电泳图片分析...........................................................欢迎你的提问,我们一定会给你满意的答复!!!!
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junjiexiao
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太好的活动了正是我这个新人需要的万分感谢顶
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wh2008
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近10天内有关图像分析的求助链接汇总;1、【求助】为什么ipp用irregulation时不能add多个AOI?2、【求助】请问ipp是否可以测量普通照片的光密度?和圈定测量区域范围3、【求助】免疫组化结果分析问题4、【求助】ipp软件的保护锁?5、【求助】IPP分析6、【求助】IPP软件在哪里能免费下载7、【求助】IPP怎样定量分析量子点荧光图片?急呀!8、【求助】imageJ里用什么filter去除图中杂质点9、【求助】求IPP分析软件10、【求助】Image-ProPlus6.0时,切片太大,需拍多张照片,如何计算面积呢?11、[url=]不断更新中............[/url]
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lencho83
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好像论坛有个关于IPP使用的详细教程,但是对于大多数人来说学起来还是比较费劲,这里wh2008战友重启这项工程,为更多的战友提供帮助值得称赞。预祝活动圆满成功!!!欢迎lencho83版主前来指导--wanliheng
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byd123
  用户
欢迎各位战友前来参与讨论和交流,预祝此次活动圆满成功。
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lyl06_10
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欢迎各位战友前来学习!大力支持!
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wangke80
  用户
前来学习中,支持和期待中
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byjjh
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好东西支持
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llusion
  用户
不错,强烈支持
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byjjh
  用户
wanliheng如果需要ipp软件下载的战友可以到veryCD上去下载《专业图像分析软件》(Image-ProPlus)6,让我们一起学习,共同进步!下载了但是怎么才能装上用呢?
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ailisishan
  用户
这个活动太好了!我都等不及了,就快预答辩了,可是不会分析图像啥都干不成啊!不知道我的问题啥时候能有答复谢谢!
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birdlulu
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期待中,占位先
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zhenglb1982
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软件不要钱了现在?
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greentrees
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强烈支持hbchendl,看过你的第一版,受益很多啊
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simplylove
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祝贺,我当初上学时用imageJ对图像作过分析,现在已经好久没用,忘的差不多了,IPP软件还真是第一次听说啊,知识浅薄了....hbchendl老师,您用过imageJ软件么?与IPP有什么区别呢?那个功能更强大?还是各有所长,谢谢学习了......
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wangjingjing
  用户
太需要了
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hbchendl
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imageJ与scionimage也是常用的图像分析软件。它俩都是免费的,所以经常使用。功能略差于IPP,但通常的分析工作也能作。所以在许多论文里都用它们来分析测量图象。免疫组化图象也能作的。
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rongg106
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目前还不懂是什么,看来很重要滴~~会关注滴~
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sswcsuxy1990
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正需要
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ailisishan
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请问免疫组化用IPP软件分析是用灰度值还是IOD值?谢谢
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smile9911023
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现在最关注的还是ipp对RT-PCR的电泳结果分析步骤。问题如下:1、表达量选用什么合适?2、如何分析电泳结果?3、详细步骤?
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hbchendl
  用户
smile9911023现在最关注的还是ipp对RT-PCR的电泳结果分析步骤。问题如下:1、表达量选用什么合适?2、如何分析电泳结果?3、详细步骤?这个用IPP作确实不合适。得用gelpro之类软件来作。
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mjf0202
  用户
hbchendl支持高手!!
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ailisishan
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不知道有没有人用平均光密度值来进行统计分析,请问一般来说平均光密度值从数值上来说一般来说多大我测出来的都是0.02、0.01数值都很小不知道对不对大家一般测出来的是多少啊?谢谢
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wh2008
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欢迎更多战友参与提问,我们会尽快汇集问题,邀请老师解答,敬请关注,谢谢合作。
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hbchendl
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展开引用ailisishan不知道有没有人用平均光密度值来进行统计分析,请问一般来说平均光密度值从数值上来说一般来说多大我测出来的都是0.02、0.01数值都很小不知道对不对大家一般测出来的是多少啊?谢谢......正确。光密度的数值范围在0-2.0之间。纯黑色2.0,一般淡淡的黄色也就是0.05以下。很深的黄色才有0.3以上。阴性样品能测量出0.001来。
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北回归线杞人
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谢谢,我正为这个愁呢,非常感谢,祝大家快乐每一天
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囧~
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我觉着我运气够好,刚巧要用到这个IPP软件,就有这活动了,支持~
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lyl06_10
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感谢大家的参与,那么票数已经给了诱惑的积分等你拿.赶快行动吧,拿出您的牛本事,秀出您的精彩!期待ing、、、、
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shanhui902
  用户
本人用IPP有段时间了,但是宏制作却非常不顺手,老是出错,我认为在了解了初步的原理及简单步骤后,关键的是宏制作。
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ch_251333171
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很好的贴啊!很想学,但首先是想知道这个软件的作用,能分析Westernblotting的图吗?都能分析出什么结果呢?条带比较浅的话是不是能检测出来呢?
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applepie118
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很好,学些学些!
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mumahuanhun
  用户
hbchendlimageJ与scionimage也是常用的图像分析软件。它俩都是免费的,所以经常使用。功能略差于IPP,但通常的分析工作也能作。所以在许多论文里都用它们来分析测量图象。免疫组化图象也能作的。当时分析免疫组化是边看hbchendl的帖子边使用IPP6.0软件的,给了我很大的帮助,在这里,再次感谢,期待有更精彩的教程。
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