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【求助】最近用stratagene点突变试剂盒作定点突变,老是长不出克隆,求教
2021-08-24
问题描述:

最近用stratagene点突变试剂盒quickchangesitedirectedmutagenesiskit作定点突变,完全是按照公司提供的protocol做的,模版经电泳和测序也没有问题,但最终突变后质粒转染细菌老是长不出克隆,可能是什么问题?作哪些调整?求教了

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wearegod
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发现大家都在使用KIT做突变,其实我曾经也是如此。不过就如我所言,运用KIT你就得遵循该KIT的说明,但有时候即使一个新的KIT到手却没突变出任何东西,假如再弄个阳性对照再加摸几个退火条件一个小剂量的KIT也就消耗光了,所以觉得大家能否多动脑筋想想,除了这个商业上使用的KIT以外能否有其他方法可用,自然肯定是有的。KIT最大的好处是SIMPLE,但最大的弊端也是SIMPLE。不过很开心,目前我们已经抛弃了所有的KIT照样能做出任何的突变,不需要价格离谱的酶,普通的pfu就可以。所以感觉实验是用脑袋做的,不是用手做。
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cau
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请wearegod继续往下说啊。
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Pathway
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还需要wearegod战友继续讲吗?自己带着问题去主动学习吧.最笨的办法就是先把十几年来的定点突变的技术方法都研究透,自己以后也能得心应手地设计最适合特定实验的方法.我就是这样做的,做了几十个定点突变,根据已有的条件制定最快最经济的方案,但从来没有用过试剂盒甚至根本没有想到去购买.
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coffee1170330
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我当时也是用的他家的KIT,但是8Kb以下的那个定点突变还比较顺,用8KB以上的那个XL的KIT没有长出克隆,主要是PCR和转化两步最容易出问题当时有战友建议如下:先测测感受态细胞转化效率具体有多大,这类试剂盒因为转化的质粒带2个缺口,对感受态效率要求比较高。再做一个30个左右循环的扩增,琼脂糖电泳看看能不能扩增出东西,判断一下你的引物设计和PCR体系有没有问题。我因为当时用的热转,当天就把DPI消化的产物用电转的感受肽转了一下,结果长出很多克隆,可能和我们实验室的水浴箱温度不准有关系。
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wangxiaoguang
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感谢wearegod、Pathway、Pathway的建议,我的质粒是6KD不到的,最近做了几次,最后都没长出克隆。试剂都用得差不多了,时间也耗得差不多了,最难受的是精力与激情也快磨光了。以前实验总会有些受阻,但这次确实堵得太厉害。wearegod说的,现在我也想过,只是还没有行动,有些地方也没清楚wearegod能不能具体介绍下经验,听说最后突变后连接到空质粒时比较麻烦,也听说有些同学就因为这堵住了。coffee1170330,电转可以改进转染?我做的都是用热转,当时也考虑到水浴箱的温度问题,故特意用温度计量的。还有试剂盒说热转要用Biosciece的14ml圆底试管,而我没有买到这个,用的是进口1.5ml的EP管。
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igreen
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我马上也要用这个kit了,现在可能没什么太大发言权楼上的说的那个问题(Biosciece的14ml圆底试管和1.5mlEP管)我也考虑过,因为加入溶液的体积总共才500ul,用1个14ml的管子似乎太浪费了,但是可能因为在大的管子了,细胞会铺的比较开,受热均匀,可以提高效率。我手头上也没有Biosciece的14ml圆底试管,打算用普通15ml离心管代替,不知道有没有过来人给点建议,是否可行?
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cjwdsk
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请问您现在做出来了吗。我最近年也碰到这样的问题。pcr肯定p出来了,就是不长克隆!大家还有什么高见,帮帮我!谢谢!
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cjwdsk
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请问您现在做出来了吗。我最近年也碰到这样的问题。pcr肯定p出来了,就是不长克隆!大家还有什么高见,帮帮我!谢谢!
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wearegod
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同志们,发扬同源重组啊,什么类型的突变都可以解决啊,有钱有时也不是万能的。
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wangxiaoguang
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现在已经做出来了。在此感谢提供帮助的所有人。关于用stratagenequickchangesitedirectedmutagenesisKit做点突变,经过自己的摸索,以及一些同仁的帮助,现在关于这个方法,自己也有一些体会。这个方法在点突变实验上在国内外还是较为流行的,查一下文献就知道,原因主要在于它相对简单和高效,直接用目的质粒作模板,一对完全互补突变引物,一步低循环PCR,扩增出引入突变的缺陷质粒(有两个开口),用Dpn1酶切消化模板质粒,消化后产物直接用于转染,整个过程两天内可完成。
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wangxiaoguang
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关于这个方法,我的体会是,拿到试剂盒后,最好用试剂盒本身提供的对照模板质粒和引物先做一次对照实验,以确定试剂盒本身的质量和自己实验操作没问题。由于该系统的突变引物完全互补,且采用的是低循环次数,这可能会导致PCR反应产物产量较低,甚至完全没有产物,这将导致后面的转化实验细菌长不出克隆。这个问题许多实验者都会遇到,其中有实验者在其发表在核酸研究的论文中写道:WeencountereddifficultieswiththeQuick-ChangeTMprotocolinthecoursemutationalstudieswithcatalyticantibodies,wherewewerecompletelyunabletointroduceanymutationfollowingtherecommendedprotocol.这导致许多改良与改进该方法的尝试,其中主要有,1、增加PCR反应体系中成分的量如模板质粒量,Pfu酶等,2、延长延伸时间;3、改良突变引物;4、改良PCR反应步骤,两步法;5、纯化浓缩Dpn1酶切消化后产物用于转化。
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wangxiaoguang
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其实大家做实验难免会遇到这样那样的问题,只要经历过,就知个中味,所以要互相帮助,而不是冷观和嘲笑。
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liulj321
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楼主你好!恭喜你实验取得满意进展!我也是在用这个盒子作点突变,确定扩出产物来了,但转化后就是不见菌落。我的心情你一定特别能理解。恳请你的帮助啊!!!转化出问题?我也用过试剂盒里的XL1,用的是加氨苄(80ug/100ml)的LB平板,37度24小时都不见菌落!期待你的回复!!!
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zhangqinzhong
  用户
希望能得到你们的真传
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