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【原创】腺病毒基因克隆,细菌电转吃大亏
2021-07-29
问题描述:

最近在做腺病毒基因克隆,吃了大亏,长了见识。

我总共要做6个克隆。先把6个基因的CDNA克隆到shuttle质粒pAdTrack-CMV,进展很顺利。然后用PmeI处理重组shuttle质粒,过夜酶切,也很顺利。但与腺病毒backbone质粒pAdEasy-1共转化时遇到了大麻烦。起初,我没有BJ5183Ecoli菌株,就想当然像拿DH5a替代,但一直不成功。无论CaCl2法和电转法都不行,挑出来的克隆不是只含重组shuttle质粒,就是同时含有两种质粒,即重组shuttle质粒和pAdEasy-1。但各是各的,二者并没有在细菌内发生同源重组。

于是我借了BJ5183Ecoli菌株,采用电转化法,这时总算有点成功。6个重组腺病毒质粒构建成功了4个。经酶切鉴定均这4个克隆均正确。但是,另外2个总是失败,原因不详。于是我就重复重复,期间,糟糕的事情发生了....电转杯总是被击破,Bio-Rad电转仪总是出现"检测到低压故障电弧”的字样。想来想去找不到好的对策。起初我以为是有气泡,于是在做电转时尽可能避免气泡的出现。遗憾的是,这毫无帮助,电转杯还是击一个破一个。我那个心疼呀。倒不是心疼杯子,心疼的是我的细菌、质粒,用Tip又吸不出来,所以只好把它们丢掉。

Finally,我发现了其中的问题。我改用去离子水来溶解重组shuttle质粒和pAdEasy-1时电转杯就再也不破了。我分析,原因可能与电转菌液的离子强度有关。当我放较大体积(>15ul)的质粒到BJ5183Ecoli菌(20ul)中时,里面的TE缓冲液可能导致电击时产生高强度电流,结果杯子就破了。由此看来,气泡本身对电击可能不无影响,反而会减弱电流强度。但离子强度就不同了,离子强度太高,足以导致一次实验报废。

后感:失败并不可怕,可怕的是想当然去重复,而不去探究失败的原因。朋友们,如在这方面好的经历坏的经历,尽可拿出来一起分享。

让我们一起成长。

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xuezhishui
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电转时是要尽量避免带进去离子的,否则商家也不用把化学转化和电转化的感受态细胞分开出售了,呵呵!至于DH5a肯定是不行的,我想最根本的原因应该是其中不含有重组酶,这样你就是做一年也不会发生重组的。其实做分子生物学实验一定要对原理清楚。你的经验教训确实可以避免新手犯错误。呵呵!
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hixpp
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还有一个问题就是我用PacI处理重组腺病毒质粒时得到的片段基本上都是4.5kb,3kb片段的几率小于15%。难不成都是在ori位点发生同源重组的?
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civcul
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事实就是如此,绝大部分都是左、右臂重组,切下来的小片段是4.5kb;只有不到10%的是复制起始点与右臂的重组,切下来的小片段是3kb。
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hixpp
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请看我的图,BamHI消化重组病毒质粒pEasy-1/gene。左1到左4均为阳性病毒重组克隆,以前鉴定过:PacI可切出4.5kb片段;PCR结果亦表明有目的基因插入。左5和左6为对照质粒pAdTrack-CMV和pAdEasy-1的BamHI消化结果。我的问题是:1)转染293cells后有荧光没病毒。用转染10d后的细胞裂解物无法感染新的293细胞。2)从图上看,BamHI消化后的阳性病毒重组质粒(左1到左4)怎么比对照质粒pAdEasy-1(左5)还小?两条带都小于对照...
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lshiyao
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如今又商品化的腺病毒backbone质粒pAdEasy-1已转化至BJ5183Ecoli菌株中,只是有点小贵而已!!
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dianxiyifeng
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请问这样的慢病毒和逆转录病毒的使用时不是很严格啊?普通的实验室怕是不能做吧?
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zoeru2007
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学习了。。。
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shashababy
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。。。。。。电转的秘诀是离子越少越好,楼主该多看看基础的东西,磨刀不误砍柴功。
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anolen
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完全是超级菜鸟嘛……
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awei
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"完全是超级菜鸟嘛……"别吹了!
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overdark
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嗯拜服!我想是您动手能力太强了哪怕看一点材料都可以完全避免这么低级的错误的
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