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随机序列库的纯化实验一随机序列库的纯化
来自 : 蚂蚁淘
实验方法原理
实验材料
试剂、试剂盒
仪器、耗材
实验步骤
实验所需「材料」、「试剂」、「耗材」具体见「其他」


1.寡核苷酸合成完毕后,去保护,从固相支持物上切下,然后将溶液冻干(在浓缩的氢氧化铵中),或者用10倍体积的正丁醇于-70℃放置>1h将寡核苷酸沉淀出来。


2.制备一块变性的聚丙烯酰胺胶。


3.用100~200ul的水或缓冲液(如TE缓冲液,pH8.0)重新溶解冻干的或沉淀出的寡核苷酸,加入等体积的2×上样染料。上样前将样品加热到75℃热变性5min。每一2cm×2cm×1.6mm的孔中加入约20%的1umol合成的寡核苷酸进行电泳分离。


4.将胶放到塑料膜包裹的荧光薄层层析板上,在紫外灯的照射下用刀片切下寡核苷酸产物(通常为最暗的阴影条带)。


5.按如下步骤将寡核苷酸从胶条中洗脱出来:


5.1为了帮助寡核苷酸从丙烯酰胺基质中扩散出来,用力让胶条挤过小孔注射器以使之变为粉碎的颗粒。


5.2将碎胶放入一个能耐受极端温度的13ml的离心管中。


5.3每0.5ml的胶条(一般相当于1~2个加样孔的量)加入3ml的TE缓冲液,pH8.0,将样品于-80℃放置30min或直到样品冻成固体。


5.4将离心管放于热水浴中迅速解冻样品,然后于90℃浸泡5min。将样品放于旋转混合器上于室温洗脱DNA过夜。


6.用5mol/LNaCl储液将寡核苷酸洗脱液的盐浓度调整到0.3mol/L,然后加入3倍体积的乙醇以沉淀寡核苷酸库。于-20℃放置3h,然后于4℃以最高转速离心。冻干。用TE缓冲液(pH8.0,防止核酸酶污染或pH的剧变)重溶合成的库。


图1库的设计、合成和大规模扩增的流程图

注意事项
其他

1.材料

DNA库


2.试剂

氢氧化铵

正丁醇

TE缓冲液,pH8.0

尿素上样缓冲液,2×

5mol/LNaCl

乙醇


3.耗材

荧光薄层层析板(VWR),塑料膜包裹

紫外灯

剃刀刀片

小孔注射器

能耐受极端温度的13ml离心管(Sarstedt)

90℃水浴

旋转混合器

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