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Standard Ligation
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  1. Preparealigationmix:
    LigationMix(2x)
    10xligasebuffer1.0ml
    digestedvector(0.1mg/ml)1.0ml
    H2O6.0ml
    total8.0ml
  2. divideligationmixintotwoEppendorftubes
    LigationRxn
    InsertControl
    ligationmix4.0ml4.0ml
    insert1.0ml---ml
    T4DNAligase(400u/ml)0.2ml0.2ml
    Total5.2ml4.2ml
  3. incubatefor2-3h(orovn)at14°C
  4. proceedwiththetransformationoftheappropriateE.colistrain

Solutions:

10xLigationBuffer:0.5MTris-HClpH7.8,50mMMgCl2,0.1Mb-mercaptoethanol,50mMATP,5mg/mlBSA

LigationBuffer(10x)
1MTris-HClpH7.8500.0ml
1MMgCl250.0ml
b-mercaptoethanol7.0ml
100mMATP50.0ml
0.1g/mlBSA50.0ml
H2O343.0ml
Total1ml

Remarks:

Asusuallywhenpipettingenzymereactionskeepthetubesoniceduringallmanipulations.Cip-treatadigestedvectorcutwithonlyasingleenzyme.Ifthevectorwasdouble-digested:phenolizepriortoligating.Useequimolaramountsofvectorandinsert.Asaruleweuse50ngvector(3kb)and50nginsert(3kb).Morevaluesaregiveninthetablebelow.Recalculateaccordinglywhenusingdifferent-lengthvectors.Don"tuselessthan8ngorsoforfragmentssmallerthan0.5kb.InthecaseofsmallfragmentscircularizationoccursandremovestheFfromtherxn.

FUsedinStandardLigation
vector(50ng,3kb)
LengthofF(kb)AmountofF(ng)
0.58.3
116.7
1.525
233.3
2.541.7
350
3.558
466.7
583.3
6100
7116.3

Materials:

Reagent/ToolSupplierCat.-#
BSA
ATP
T4DNALigase

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