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2.2.2 从富含多糖的植物组织中提取和纯化 RNA一从富含多糖的植物组织中提取和纯化RNA
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实验方法原理硫氰酸胍能溶解细胞并使蛋白变性.当用于抽提缓冲液时,可产生无RNase的环境□组织抽提后,以中等转速离心匀浆液,以除去小溶性多搪。用苯酚:氯仿将上清液抽提出,RNA位于水相,DNA和蛋白质位于苯酚相和两相交界面。用乙酸钾将位于水相的多糖选择件的沉淀出来,然后用氯化锂选择性地将RNA从残余的污染物中纯化出来。该方法成功地从多种在高浓度CO2环境中生长的植物中提取了叶片RNA,证明了该方法的有效性。
试剂、试剂盒
仪器、耗材
实验步骤
一材料与设备

1)0.75mol/L柠檬酸钠,pH7.0(含柠檬酸),用0.1%DEPC处理并高压灭菌

2)10%(m/V)N-月桂肌氨酸(N-lauroylsarcosine)

3)硫氰酸胍缓冲液:用293ml无菌去离子水,17.6ml0.75mol/L柠檬酸钠,26.4m丨10%N-十二醇肌氨酸钠,在厂家药瓶内于溶解250g硫氰酸胍(不用称重)

4)抽提缓冲液:每5ml硫氰酸胍缓冲液加36ul巯基乙醇。若被提取的组织中含多聚苯酚,抽提缓冲液中则可加入聚乙烯聚吡咯烷酮(polyvinypoiypyrrolidone)(20%,m/m)

5)氯仿:异戊醇49:1(V/V)

6)2mol/L乙酸钠,加乙酸至pH4.0

7)酸性苯酚:500g晶体苯酚溶于500mli离子水中,50ml每份于-20℃保存,4℃可保存一个月

8)异内醇

9)70%和100%乙醇

10)2mol/L乙酸钾,加冰乙酸至pH4.8

11)10mol/LLiCl

12)TNE缓冲液:10mmol/LTris-HCl,PH7.5,室温,15mmol/L,NaCl,1mmol/LEDTA

13)TE缓冲液:l0mmol/LTris-HCLPH7.51mmol/LTEDTA

14)研钵和研杵

15)液氮

16)离心机

17)玻璃Pasteur吸量管,200℃干烤至少3h


二操作方法

1)在液氮中将0.4g组织研磨为细粉末,勿让组织解冻

2)在研磨过程中,加入3.5ml抽提缓冲液,充分研磨。将匀浆转移到一个10ml聚丙烯管=用1ml抽提缓冲液冲洗研杵和研钵,然后移至聚丙烯管中。

3)23000g,4℃,离心20mim

4)用烤过的玻璃吸量管将hS悬浮液移入l0ml聚丙烯管。

5)加0.4ml2mol/L乙酸钠,混匀。加4ml苯酚,混勻。加0.8ml氯仿:异戊醇,混匀。

6)聚丙烯管置于冰上15min

7)离心,方法如步骤3)

8)用烤过的玻璃吸量管将上层悬浮液移入30ml聚丙烯管,加入同样容积的2mol/L乙酸钾,混匀。

9)聚丙烯管置于冰上至少30min

10)44000g,4℃离心20min。

11)将上清液移入15ml聚内烯管,加0.6〜1倍体积的100%的预冷异丙醇,混匀,-20℃放置45min

12)以27OOOg,于4℃离心20min

13)轻轻倒出上清液,用Iml70¾乙醇洗涤沉淀,如步骤12离心3mim尽可能将乙醇倒净。

14)加人400ulDEPC水溶解沉淀,移至1.5ml管中。

15)加100ul10mol/LLiCl,放置至少2h。

16)12000g,离心20min

17)用1ml70%乙醇洗涤沉淀两次

18)加入200ulTNE重悬沉淀,再加500ul100%乙醇,-20°C放置至少15min。

19)如步骤16离心5mim。

20)用lml70%乙醇洗涤沉淀两次。

21)加入200〜400ulTE重悬沉淀。

22)将每个样本稀释30〜50倍,在230mn、260mn、280nm测量光吸收值。
注意事项
1)最初的离心除去了大部分不溶性多聚糖,如淀粉颗粒。残余的组织在管的底部形成暗绿色沉淀(若用的是叶子),不溶性多糖在残余组织上面形成灰白色胶状层

2)当吸取上清液时,应十分小心,勿搅乱胶状沉淀,因为该层非常软。上清液的体积大约4ml,若因沉淀多面使液体体积明显不足时,用柚提缓冲液补足

3)加人乙酸钾后,延长孵育时间(达30min)会提高RNA的质景,尤其在出现蛋白污染时。多糖会形成灰白色胶状沉淀。若所用的组织多糖含量髙.延K孵育时间(至60min)也有助于沉淀更多的多糖

4)加人异丙醇后,不应看到沉淀,任何可见的沉淀是表明大量多糖的存在.孵育时间大于60min,就会形成多糖沉淀

5)RNA沉淀应为白色,若有灰白色胶状沉淀则为多糖污染。遇到该情况,将沉淀再悬浮于200ulTE,加1倍体积的2mol/L乙酸钾,冰上孵育30min。12000g,4°C离心20min.将上清液移至一新1.5ml管中,用2.5倍体积的100%乙醇沉淀RNA,-20℃15min。继续方法中的步骤16)

6)判断RNA分离的成功与否,可通过测量在230nm、260nm、280mn处的紫外吸收来评估RNA的产量和质量。若A260/230值小于2,则表明多糖和/或多聚苯酚污染;若A260/280比值小于1.7,表明蛋白污染,在琼脂糖凝胶匕出现的28S和18SrRNA,可用以评估RNA的完整性

7)该法提取的RNA适于poly(A)+的分离,Northern印迹分析,CDNA分析,RT-PCR扩增。
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