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聚合酶链反应构建重组DNA一基本方案
来自 : 蚂蚁淘
实验材料
试剂、试剂盒
仪器、耗材
实验步骤
1. 制备模板DNA,如DNA不是经氯化铯梯度纯化的,100℃煮沸10min以灭活核酸酶。
 
2. 制备寡核苷酸引物,若PCR产物要进行平端克隆,就应该对引物的5’端羟基进行磷酸化处理。
 

图一、用PCR反应引入单一的酶切微点和产生符合读码框架的融合蛋白。
 
3. 建立标准的扩增反应,以矿物油覆盖表面,在以下条件下进行20~25轮扩增循环:94℃变性1min,50℃退火1min,72℃延伸3min,最后一个循环在72℃延伸10min尽可能使扩增产物完整。
 

图二、序贯PCR法构建重组DNA分子,引物1b与基因2同源区域;引物1c有与基因1同源区域
 
4. 取少量反应混合物(4~8μl),用琼脂糖凝胶电泳或聚丙烯酰胺凝胶电泳检测扩增效果。
 
5. 吸去矿物油上层,用氯仿抽提1次除去残存的矿物油,用饱和酚抽提1次,然后用无水乙醇沉淀DNA。
 

图三、用反向PCR插入酶切位点
 
6. 4℃高速离心10min,沉淀用20μlTE缓冲液溶解。

7. 用玻璃珠,电冼脱或低融点胶的酚抽法进一步纯化PCR产物可去除未掺入dNTP引物、无关的PCR产物和模板DNA。
 
8. 对于通过平端连接进行的克隆:用DNA聚合酶I(或klenow酶)修平扩增片段的3‘末端。
 
9. 对于通过粘端连接进行的克隆:在20μl体积用合适的酶消化一半PCR只产物,用过量的酶消化数小时。
 
10. 用合适的末端互补的酶在20μl体积内消化0.2~2μg载体DNA,用CIP去瞵酸化,以阻止载体自连。

11. 用普通琼脂糖或低融点琼脂溏电泳分离线性化的载体。

12. 用玻璃珠、电洗脱、或酚抽法回收线状的载体。

13. 连接PCR片段和线状载体。
 
14. 取部分连接产物转化大杨杆菌,从转化体集中以小量制备法提取质粒DNA。

15. 用合适的酶消化转化体的质粒DNA,以琼脂糖凝胶电泳分析以确证片段的插人。

16. 测定质粒DNA中扩增片段的序列,检查有无突变,或者用生物化学或遗传学方面的功能分祈筛选转化体。
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