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Nature 首次发现:m6A 可修饰调控 T 细胞稳态
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8月10日,来自耶鲁大学医学院,暨南大学,斯坦福大学的研究人员发表了题为「m6AmRNAmethylationcontrolsTcellhomeostasisbytargetingtheIL-7/STAT5/SOCSpathways」的文章,首次报道了m6AmRNA修饰在哺乳动物免疫细胞中的生理功能。该项研究发现,m6A通过靶向NaiveCD4T细胞中IL-7/STAT5/SOCS信号通路中的信号分子mRNA来调控NaiveCD4T细胞的分化,从而维持免疫系统的动态平衡。METTL3作为重要的甲基转移酶调控m6A RNA甲基化修饰,在CD4T细胞中特异性敲除Mettl3基因,NaiveCD4T细胞的分化受阻,从而抑制了T细胞过继转输诱导的肠炎模型中肠炎的发生。该项研究首次揭示了体内m6A甲基化修饰在T细胞介导的肠炎中的生理功能,为T细胞体内稳态和信号依赖的mRNA的降解提供了新的分子机制。

这一研究成果公布在Nature(IF=40.137)杂志上,文章的通讯作者分别是暨南大学长江学者尹芝南教授,耶鲁大学医学院RichardA.Flavell教授,以及出生于台湾的斯坦福大学首席研究员HowardY.Chang。

m6A(N6-腺苷甲基化修饰)是RNA中最丰富、分布最广泛的RNA修饰。2011年,m6ARNA去甲基化酶FTO的发现,让人们重新开始关注RNA甲基化修饰在生理上的作用。近期研究发现,在胚胎干细胞(ESC)中敲除m6A甲基化酶METTL3后,在诱导分化条件下,ESC仍持续高表达多潜能相关基因(Oct3/4、Nanog、Rex1),无法上调分化相关基因(Gata6、Sox1、Otx2等)的表达,使ESC一直处于多潜能化阶段。与ESC分化类似,NaiveT细胞可在体内/外特定分化条件下分化为不同的T细胞亚群,但m6A在T细胞稳态和分化中的作用仍然未知。

在这项研究中,研究人员通过构建CD4-CreMettl3fl/fl条件性敲除小鼠(以下简称KO鼠)系统性地研究了N6-腺苷甲基化修饰调控T细胞稳态的分子机制。该研究发现,分选的NaiveCD4T细胞在体外相应的细胞因子诱导下,KO小鼠来源的NaiveT细胞分化为Th1和Th17细胞的比例显著下降,分化为Th2细胞的比例显著上调,而Treg细胞比例几乎没有变化。且在将KO小鼠CD4+CD25-CD45RBhiNaiveT细胞转输至RAG2-/-小鼠体内后,无法诱导小鼠慢性肠炎。对转输至RAG2-/-小鼠体内的细胞进行分析发现:1)KO小鼠NaiveT细胞可在RAG2-/-小鼠体内长期存活(至少12周);2)转输的KO小鼠NaiveT细胞无法进行稳态增殖和分化,始终维持NaiveT细胞状态(图1)。

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图1.Mettl3KONaiveT细胞转输至RAG2-/-小鼠体内不会导致自发性肠炎(a),继续保持初始状态,无法进行稳态增殖(b)。

NaiveT细胞的稳态和存活主要受IL-7/STAT5和TCR信号通路共同调控。因此,METTL3的敲除可能影响了IL-7R下游信号分子,从而影响了转输的T细胞的增殖和分化。为了验证这一猜想,分选的WT和KO小鼠的NaiveT细胞体外给予IL-7/IL-2或anti-CD3/CD28刺激,实验结果表明KO小鼠NaiveT细胞的IL-7信号通路下游的JAK1和STAT5磷酸化水平显著降低,而TCR下游信号分子ERK和AKT的本底磷酸化程度增强。进一步研究发现,KO小鼠NaiveT细胞中,一类细胞因子信号抑制分子(SOCS)家族的mRNA水平显著上调,这其中包括SOCS1、SOCS3、CISH,而这些蛋白是已知的IL-7信号抑制分子,其中SOCS1还可抑制Ras-GAP的活性,从而促进ERK和AKT的磷酸化。上述结果揭示了为何KO小鼠NaiveT细胞无法稳态增殖却可以长期存活,同时也表明,m6A可靶向SOCS蛋白家族,调控IL-7和TCR信号通路,影响NaiveT细胞的稳态增殖和分化。

有研究表明,大部分基因(~87%)的mRNA丰度的变化主要是由mRNA的转录速率决定的,但小部分基因(~13%)的mRNA丰度是由降解速率决定。这一小部分基因主要为早期快速诱导基因,而SOCS家族的大部分成员属于IL-7刺激诱导的早期快速诱导基因。然而,T细胞中的m6A其如何选择性靶向SOCS蛋白家族呢?通过RNA降解试验以及全基因组测序的s4U-Seq试验发现:1)IL-7可诱导SOCSmRNAs的快速降解,解除SOCS家族蛋白对IL-7受体信号通路的抑制作用,促进NaiveT细胞重编程(Reprogram)进而启动T细胞的增殖、分化;2)m6A介导了一类基因(包括SOCS基因)mRNAs的快速降解(图2)。

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图2.m6A控制T细胞稳态分布的分子机制。a.Mettl3KO初始T细胞内的Socs基因表达升高阻止了IL-7诱导的激活;b.初始T细胞激活的新模型。

机体内T细胞的稳态为机体免疫监视和免疫防御提供了重要保障。该项研究首次揭示了体内m6A甲基化修饰在T细胞介导的肠炎中的生理功能,阐明了m6A甲基化修饰在调控辅助性T细胞的效应分化中的作用,为T细胞体内稳态和信号依赖的mRNA的降解提供了新的分子机制,并且表明m6ARNA修饰系统可以作为减轻自身免疫疾病的药物靶点。

作者简介:

尹芝南教授1988年获得上海第二医科大学免疫学硕士学位,1997年获得德国柏林自由大学博士学位。同年赴耶鲁大学医学院风湿科从事博士后研究,2006年晋升为副教授,获得耶鲁大学内科系科研成就奖。2007年起被聘任为南开大学生命科学学院院长,同年被评为国家杰出青年基金获得者,并以首席科学家身份担任科技部重大科学研究计划。2008年被评为教育部「长江学者」特聘教授。2013年被引进到暨南大学筹建生物医学转化研究院并出任院长,主要研究方向为γδT细胞的分化发育及其在肿瘤免疫、肝炎和肠道菌群调控中的作用,共发表文章96篇,其中以通讯或共同通讯作者发表文章47篇。

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