| 实验方法原理 | 逆转录-聚合酶链反应(ReverseTranscription-PolymeraseChainReaction，RT-PCR)的原理是：提取组织或细胞中的总RNA，以其中的mRNA作为模板，采用Oligo（dT）或随机引物利用逆转录酶反转录成CDNA。再以cDNA为模板进行PCR扩增，而获得目的基因或检测基因表达。 | ||||||||||
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| 实验材料 | 组织细胞 试剂、试剂盒 | RNA提取试剂dNTP混合物TaqDNA聚合酶第一链cDNA合成试剂盒 仪器、耗材 | 离心管离心机水浴锅PCR管电泳仪凝胶图像分析系统移液管移液枪离心管盒 实验步骤 | 一、总RNA的提取 二、cDNA第一链的合成 1． 在0.5ml微量离心管中，加入总RNA1-5μg，补充适量的DEPCH2O使总体积达11μl。在管中加10μMOligo（dT）12-181μl，轻轻混匀、离心； 2．70℃加热10min，立即将微量离心管插入冰浴中至少1min； 3． 取0.5mlPCR管，依次加入下列试剂：第一链cDNA 2μl；上游引物（10pM）2μl；下游引物（10pM）2μl；dNTP(2mM)4μl；10×PCRbuffer5μl；Taq酶（2u/μl）1μl。轻轻混匀，离心。42℃孵育2-5min； 5． 于70℃加热15min以终止反应； 6．将管插入冰中，加入RNaseH1μl，37℃孵育20min，降解残留的RNA。-20℃保存备用。 三、PCR 2．加入适量的ddH2O，使总体积达50μl。轻轻混匀，离心； 3．设定PCR程序。在适当的温度参数下扩增28-32个循环。为了保证实验结果的可靠与准确，可在PCR扩增目的基因时，加入一对内参（如G3PD）的特异性引物，同时扩增内参DNA，作为对照； 4．电泳鉴定：行琼脂糖凝胶电泳，紫外灯下观察结果； 5．密度扫描、结果分析：采用凝胶图像分析系统，对电泳条带进行密度扫描。 注意事项 | 1．在实验过程中要防止RNA的降解，保持RNA的完整性。在总RNA的提取过程中，注意避免mRNA的断裂； 2．为了防止非特异性扩增，必须设阴性对照； 3．内参的设定：主要为了用于靶RNA的定量。常用的内参有G3PD（甘油醛-3-磷酸脱氢酶）、β-Actin（β-肌动蛋白）等。其目的在于避免RNA定量误差、加样误差以及各PCR反应体系中扩增效率不均一各孔间的温度差等所造成的误差； 4．PCR不能进入平台期，出现平台效应与所扩增的目的基因的长度、序列、二级结构以及目标DNA起始的数量有关。故对于每一个目标序列出现平台效应的循环数，均应通过单独实验来确定； 5．防止DNA的污染：采用DNA酶处理RNA；在可能的情况下，将PCR引物置于基因的不同外显子，以消除基因和mRNA的共线性。 其他 | 1．反转录酶的选择 （1）Money鼠白血病病毒（MMLV）反转录酶：有强的聚合酶活性，RNA酶H活性相对较弱。最适作用温度为37℃； （2）禽成髓细胞瘤病毒（AMV）反转录酶：有强的聚合酶活性和RNA酶H活性。最适作用温度为42℃； （3）ThermusThermophilus、Thermusflavus等嗜热微生物的热稳定性反转录酶：在Mn2+存在下，允许高温反转录RNA，以消除RNA模板的二级结构； （4）MMLV反转录酶的RNaseH-突变体：商品名为Superscript和SuperScriptⅡ。此种酶较其它酶能多将更大部分的RNA转换成cDNA，这一特性允许从含二级结构的、低温反转录很困难的mRNA模板合成较长cDNA。 2．合成cDNA引物的选择 （1）随机六聚体引物：当特定mRNA由于含有使反转录酶终止的序列而难于拷贝其全长序列时，可采用随机六聚体引物这一不特异的引物来拷贝全长mRNA。用此种方法时，体系中所有RNA分子全部充当了cDNA第一链模板，PCR引物在扩增过程中赋予所需要的特异性。通常用此引物合成的cDNA中96%来源于rRNA。 （2）Oligo(dT)：是一种对mRNA特异的方法。因绝大多数真核细胞mRNA具有3’端Poly(A+)尾，此引物与其配对，仅mRNA可被转录。由于Poly(A+)RNA仅占总RNA的1-4%，故此种引物合成的cDNA比随机六聚体作为引物和得到的cDNA在数量和复杂性方面均要小。 （3）特异性引物：最特异的引发方法是用含目标RNA的互补序列的寡核苷酸作为引物，若PCR反应用二种特异性引物，第一条链的合成可由与mRNA3’端最靠近的配对引物起始。用此类引物仅产生所需要的cDNA，导致更为特异的PCR扩增。 |
