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STR/SSR/微卫星分析(含引物开发)
来自 : mayitao
提供商:北京阅微基因技术有限公司
服务名称:STR/SSR/微卫星分析细胞鉴定

www.microread.com  阅微基因加速您的研究!

 

一、背景介绍:
     
微卫星标记(Microsatellite)也称为短串联重复序列(STR)或简单重复序列(SSR),是广泛分布在真核生物基因组中的简单重复序列。微卫星位点通常通过PCR扩增和电泳检测,并根据片段大小分离等位基因进行分析;扩增后的等位微卫星可以用多种方法检测,传统方法采用聚丙烯酰胺凝胶电泳加放射显影或银染的方法,费时费力效率低。阅微基因基于5年的经验,利用ABI遗传分析仪对荧光标记的DNA片段进行检测,结合分子量内标进行DNA片段长度计算,使STR分型变得高效快捷,结果也更加精确。

服务编号

方法

内容说明

价格

周期

STR01

SSR引物开发

 开发未知基因组序列物种的引物

询价

2-4周

STR02

SSR引物筛选

 筛选适合荧光检测的引物

询价

2-4周

STR03

引物设计与合成

 荧光标记引物

询价

1周

STR04

PCR条件优化

 单重和多重PCR

询价

1-2周

STR05

PCR扩增

 荧光或非荧光

询价

1-4周

STR06

测序仪检测

 用测序仪对单色或多色荧光标记DNA 片段进行分离和检测

询价

2-7工作日

STR07

原始数据分析

 将原始数据分析为基因型

询价

1工作日-2周

STR08

群体遗传学分析

 关联分析、连锁图构建等

询价

1-2周

STR09

AFLP检测

 检测和数据分析

询价

2-5工作日

 
二、服务项目:
1.SSR引物开发

  通过富集微卫星序列,开发出20-30条具有一定重复特征的微卫星序列,并且对序列进行多态性和特异性验证。

2.引物筛选
  选取部分代表性样本,利用普通引物进行PCR扩增,然后利用高分辨率芯片电泳或PAGE验证引物的特异性、扩增效率和基因座多态性等信息(图1)。

图1用岛津MultiNA芯片电泳仪进行引物筛选的结果

3.样本批量扩增
  用带有荧光标记(FAM/HEX/TMR/ROX等)的引物,对批量样本进行PCR扩增。我公司拥有高通量PCR仪平台,可以满足大量样本扩增需求。

4.测序仪检测
  带有荧光标记的PCR产物进行稀释后与分子量内标混合,用3730xl等测序仪进行毛细管电泳,并得到原始数据(fsa文件,见图2)。

图2 应用3730xl测序仪检测得到的原始图谱

5.原始数据分析
  编制panel和bin等文件,使用正版GeneMapperv4.0软件分析测序仪得到的fsa文件,并生成PDF图谱和Excel文档(包括size、基因分型等信息),分析后的电泳图谱见图3。

图3 GeneMapper软件分析后的电泳图谱

6.群体遗传学分析
  利用生物信息学软件(POPGENE、MEGA、PHYLIP、ARLEQUIN等)对上述数据进行进一步分析,绘制遗传连锁图谱、分析连锁不平衡和分析多态性等。

三、送样要求:
  细胞(≥106)、组织(≥300mg)、血液(≥1ml)、基因组DNA(≥20μl,浓度≥50ng/μl);引物信息、片段长度范围、琼脂糖电泳图等。

四、提供结果:
  引物、微卫星分析的原始数据以及GeneMapper生成的PDF图谱、包含片段长度等信息的Excel文档和进一步的分析结果等。

五、成功案例:
  到目前为止,我公司与上百家科研机构建立合作,进行过多个物种的引物开发、多态性分析、种系鉴定和连锁图谱构建等工作,包括人、小鼠、大鼠、兔、马、犬、牛、大熊猫、鱼、虾、麻雀、蜜蜂、蚊子、蚜虫、瓢虫、小麦、玉米、大豆、棉花、杨树、苹果、葡萄和真菌等。
 
六、相关技术及产品

相关技术服务

服务编号

服务项目

内容说明

EXT01

DNA提取

 从组织材料或血液等样本材料中提取基因组DNA,可应用液体 工作站进行批量处理

  

相关产品

名称

品牌

规格

说明

 微卫星文库构建试剂盒

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5次

 磁珠法,速度快,成功率高

 多重PCR复合扩增体系

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100/500次

 专用于多重PCR的复合扩增体系,可实现10重以上扩增

 血液直接扩增体系

Microread

100/500次

 具有极强的抵抗抑制剂能力,直接 从血液中扩增基因片段而且特异性优秀

 植物叶片直接扩增体系

KAPABIO

100/500次

 直接从叶片中扩增DNA,省时省力

 BloodPCRMixA

KAPABIO

500/1000rnx

 直接从血液中扩增基因片段

 BloodPCRMixB

KAPABIO

500/1000rnx

 热启动Taq酶

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250/500/1000U,
2.5U/μl

 化学修饰,热启动,特异性极好,性价比很高

 2GFastTaq酶

KAPABIO

100/250/500U

 经过基因工程改造,快速PCR,30分钟完成扩增;抗抑制剂能力超强

 2GFastTaq酶(热启动)

KAPABIO

100/250/500U

 2GRobustTaq酶

KAPABIO

100/250/500U

 经过基因工程改造,极强的抗复杂模板能力,适合高GC含量

 2GRobustTaq酶(热启动)

KAPABIO

100/250/500U

 高保真Taq酶

KAPABIO

100/250/500U

 高度保真性,抵抗抑制剂

 高保真Taq酶(热启动)

KAPABIO

100/250/500U

 基因组DNA提取试剂盒

Microread

50/100次

 离心柱型,纯度更高

 DNA快速提取试剂

KAPABIO

50/100/250/500次

 20分钟完成提取,操作简便

 ROX500分子量内标

Microread

500/1000次

 70-500bp

 LIZ500分子量内标

Microread

500/1000次

 35-500bp

 POP4胶

Microread

7ml

 3130/3100系列测序仪用

 POP7胶

Microread

28ml

 3730系列测序仪用

 310毛细管

Microread

47cm,5根

 基因分型用

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