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抗原存在于人体内的位置并不固定。如果从皮肤入侵，可存在于皮下组织，可入侵细胞，可存于组织液，并经淋巴液入血液。抗原还可以消化系统和呼吸系统进入人体内。另一类抗原是手术移植的器官，如异体移植的肾、肝或其他结构。因为这个器官并不是受植者本人的结构，会被人体免疫系统认为是入侵人体的抗原，并对其进行攻击，这就是所谓的排斥反应。
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