肽的溶解性及储存肽的疏水性氨基酸可以根据其其侧链的性质归类如下：非极性氨基酸（疏水性）小的：Cys、Pro、Ala、Thr大的：Val、Ile、Leu、Met、Phe中性氨基酸大的：Trp、Tyr、His极性氨基酸（亲水性）小的：Ser、Gly、Asp、Asn大的：Glu、Gln、Lys、Arg可溶性的问题许多合成的肽粗品，尤其是那些经过几次沉淀和干燥的，在标准的HPLC溶剂中十分难溶，原因为：含有大量的疏水性残基，它们会象油一样紧密的拥成一簇，以减少与水的接触并增大分子之间的疏水性作用。非特异性的聚集。含有Cys的肽中形成二硫键。二级结构的形成，特别是较长的分子。活性侧链（包括各种类型的氢键、盐桥等）之间的特异性相互作用肽的溶解以下几种操作可以用来溶解肽（二硫键是一种共价的相互作用，应该尽量还原）：对于含有芳香或者烃侧链的氨基酸（Val、Leu、Ile、Met、Phe、Tyr、Ala），加入DMF至50%溶解；或者加入最少量的DMF，然后用缓冲液稀释即可。但应当注意有机溶剂对于后续试验的影响。如果含有较多的碱性氨基酸，可以用醋酸的水溶液（1-10%）进行溶解。如果含有酸性的氨基酸，可以用挥发性的碱性缓冲液（pH可以达到8）如乙酸乙脂吗啉或重碳酸盐等溶解。如果序列比较长，有可能溶解于盐溶液。高浓度的离液盐，如盐酸胍或脲等可以通过破坏其二级结构而帮助其溶解。对于中等大小的分子，丙醇可以加速溶解。少量的TFA可以帮助溶解聚集物可以加入去垢剂（如SDS）进行处理，但是需要注意的是含有聚醚的去垢剂可能会产生过氧化物从而损害某些肽。可从公司订购非过氧化去污剂。多肽的保存： 大多数多肽可以保存在-20℃，特别是冷冻干燥并保存在干燥器中，能够在-20℃的条件下保存两年而没有问题。在将它们暴露于空气之前，冷冻的多肽和容器应当至少在室温中放置30min以上时间，然后取用。这将避免多肽样品吸收潮气。当无法冷冻干燥时，最好的方法是以小的工作样量存放。对于含Cys,MetorTrP的多肽，很容易受到空气中的氧气和溶解试剂的氧的影响而氧化。因此，避免此类多肽和氧接触是很重要的。对其溶解时脱氧缓冲溶剂是必不可少的，在封瓶前，慢慢流过多肽的氮气或氩气也会降低氧化作用。
