Wholegenomeamplification(WGA)withlessbiasmakingthiskitideallysuitedfornextgenerationsequencingapplications.
- Highsensitivity:Typicalyieldisgreaterthan5µgwhenstartingwith1ngofgenomicDNA.
- Reducedamplificationbiasandnoprimerartefacts:Primer-freeamplificationmethodutilizesacombinationofTthPrimPolPrimase(tosynthesizeprimers)andPhi29DNApolymerase.
- Wellsuitedfornextgenerationsequencing:TestedinIlluminaandIonTorrentNGSworkflows.
- Easyandreliable
- InsensitivetoexternalDNAcontamination
TheTruePrime™WGAKitusesarevolutionarymultipledisplacementamplificationmethodbasedonthecombinationoftherecentlydiscoveredDNAprimase“TthPrimPol”andtheextremelyprocessiveandhigh-fidelityPhi29DNApolymerasetouniformlyamplifygenomicDNAfrompurifiedstartingmaterial.TheextraordinarystranddisplacementcapacityofthePhi29DNApolymeraseallowsTthPrimPoltogeneratenewprimersonthedisplacedstrandsthatareextendedbyPhi29DNApol,resultinginexponentialisothermalDNAamplification.ThetypicalDNAyieldis>5µgfromasinglereactionusing1ngofstartingDNA.
- HowdoesTruePrime™Technologywork?
- Wholegenomeamplificationfrom6pgofhumanDNA
- Absenceofprimerartefacts
- InsensitivitytoexternalDNAcontaminants
- Excellentgenomecoverage
- Extremesensitivity
- Highyields
HowdoesTruePrime™technologywork?
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ExamplesofTruePrime™wholegenomeamplification
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Absenceofprimerartefacts
1pgofhumangenomicDNA(~1/6ofthecontentofonehuman/mammaliancell)hasbeenamplifiedusingeitherTruePrime™(TthPrimPol-basedMDA)orrandomprimedMDAreactions.Randomprimedreactionscontain20%ofsequencesthatcannotbemappedtoanyorganisminsequencedatabases.
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InsensitivitytoexternalDNAcontaminations
Duetothehighsensitivityofsinglecellwholegenomeamplificationtechniquesthereisaconsiderabledangerofcontaminatingreactionswithnon-targetderivedDNA.Wethereforerecommendtotakeextremecarewhensettingupsinglecellamplificationreactionsaslaidoutinthehandbook.However,TruePrime™usershaveauniqueadvantagehere:TruePrime™doesnotacceptnon-denaturedDNAstrandsastemplateasreADIlyasrandomprimedMDAreactions.Therefore,contaminationscominginfromtheenvironmentetc.afterthedenaturationstepwillnothaveastronginfluenceonthecompositionofyourreactionoutput.WehaveshownthisbehaviourinanexperimentwherewesimulateanexternalDNAcontaminationbydeliberatelyaddinginyeastDNAtoadenaturedhumanDNAtemplate.YeastDNAisinathousand-foldexcessoverthetargetDNA(1pghumangenomicDNA):
WhereaswithTruePrime™thevastmajorityofthesequencesobtainedaretarget-derived,randomprimedMDAshowsamajorityofcontaminant-derivedsequences.
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Excellentgenomecoverage
WehaveamplifiedandsequencedtheyeastgenomeusingTruePrime™andIlluminatechnology.Using2.5millionreadpairswecover99.4%ofthetotalyeastgenome.Shownisthecoveragewithnarrowwidthofthedistributioncurve.
Acoveragegraphofyeastchromosome7exemplifiesthemoreevencoverageobtainedbyTruePrime™MDA(middlebluelinerepresentsmeancoverage).
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TruePrimeshowsanextremesensitivity
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TruePrime™produceshighyieldsofDNAfrom1fgofinput.
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ORDERINFORMATION
EachTruePrime™WGAKitcontains:BufferD,BufferN,ReactionBuffer,dNTPs,Water,Enzyme1andEnzyme2.ThecompletemanualisavailableundertheManualtab.LucigenisanauthorizeddistributorofSygnisproductsintheUS.
TruePrime™WGAKitisintendedformolecularBIOLOGyuseonlyandinvitrouseonly.Thisproductisnotintendedfordiagnosis,preventionortreatmentofadiseaseinhumanbeingsoranimals.
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原理?(没有就算了...)
答的好的提高悬赏50分
有原理的追加50分
谢谢啊~~~~
我做的是用锁式探针来检测dna模板的ram,探针80base,其中杂交区40base,引物分别为16、18base,连接酶选取的T4 ligase和Taq DNA ligase两种,分别对应恒温和变温情况下的扩增。水解体系为EXO I和Exo Ⅲ的混合体系,参考的外文文献,应该没什么问题。聚合酶用的是Bst DNA大片段聚合酶。
一开始选择的探针浓度为200pmol/L,扩增效果挺好,当时用的DNA模板是质粒阳性标准品,但是后来在做敏感性的时候发现条带梯度差异几乎没有,而且阴性也出带,后来就没法做敏感性和特异性验证了,实验停滞了2个月一直也没进展。
按理说RAM借助锁式探针扩增的独特方式以及水解体系的存在可以有效防止污染才对,希望大家给点建议该如何解决。
万分感谢!!!!!!!!!!
附一张以前做敏感性的图(marker为2000的DNA ladder)以做参考
核酸扩增是核酸分子诊断的关键技术。根据核酸扩增反应中温度变化要求,可以将核酸扩增技术分为两大类:一类是PCR核酸扩增技术,另一类是核酸恒温扩增技术。
PCR技术是指通过控制温度的变化来实现DNA扩增的三个步骤:模板变性(如95℃)-引物杂交(如58℃)-DNA合成(如72℃)。这种温度变化的循环重复(如重复35次)过程通常由精密而复杂的仪器(PCR仪)来控制。核酸恒温扩增技术(NucleicAcidIsothermalAmplification,NAIA)则是扩增反应的全过程均在同一温度下进行,不须象PCR反应那样需要经历几十个温度变化的循环过程。这一特点使得它们对扩增所需仪器的要求大大简化,反应时间大大缩短,因而具有巨大的应用价值,成为分子诊断行业发展中的热点。
目前的NAIA技术主要有滚环扩增技术(RollingCircleAmplification,RCA)、转录酶扩增技术(TranscriptionMediatedAmplification,TMA)、依赖核酸序列扩增技术(NucleicAcidSequenceBasedAmplification,NASBA)、链置换扩增技术(stranddisplacementamplification,SDA)、环介导的等温扩增技术(Loop-MediatedIsothermalAmplification,LAMP)、解链酶扩增技术(HelicaseDependentAmplification,HDA)。上述各种核酸扩增技术均由国外公司所拥有。
交叉引物扩增技术(CrossingPrimingAmplification,CPA)是完全由优思达公司独立研发成功的一种新的核酸恒温扩增技术,也是中国首个具有自主知识产权的核酸扩增技术。CPA与优思达公司其他技术相结合(如快速核酸提取技术、核酸试纸条检测技术等),形成一个完整的现场快速分子检测平台,可以开发出众多恒温扩增检测试剂盒,广泛应用于分子诊断、防疫检疫、生物医学研究、个体化治疗等领域。该技术已申请中国和美国发明专利,在美国《MolecularDiagnostics》等杂志发表论文二篇,并通过了比尔?盖茨基金会资助申请。
CPA扩增体系中除包含具有链置换功能的BstDNA聚合酶外,还主要包括扩增引物和两条交叉引物。这些寡聚核苷酸链能依靠BstDNA聚合酶的高活性的链置换特性,使DNA的循环扩增能不断的实现。CPA扩增主要包含以下几个步骤:
交叉正向引物CPF中的PFs与模板DNA中PFa互补,启动DNA合成,使得PRa被引入到所扩增的产物中;
外围引物DP1s与PFa前端DP1a序列互补,通过链置换型DNA聚合酶向前延伸,一边置换CPF合成的能与CPR和DP2a结合的单链产物(结构3),一边与模板DNA形成双链产物(结构2);
在结构3中,DP2a通过链置换型DNA聚合酶向前延伸,置换出由CPR所延伸的单链产物(结构5),同时合成与步骤2中由CPF延伸所产生单链DNA形成双链产物(结构4),而结构5相对起始的DNA模板,多了PRs和PFs两个片段序列;
单链结构5中的3’端的PFa和PRs可分别与CPF中的PFs和CPR中的PRa互补结合,可在链置换型DNA聚合酶的作用下延伸和置换出相应的单链产物。延伸产物相对结构5来说又增加了一个PFs区域(结构8);
因此,扩增引物CPF和CPR的不断杂交和延伸,不仅使得结构5的长度不断的加长,从而引入更多CPF和CPR3’端互补区域,同时也置换出了各种可与CPF和CPR3’端互补的单链产物;
通过CPF和CPR的不断杂交延伸和DNA聚合酶的链置换作用,使得DNA拷贝数不断的增加,从而达到基因扩增的效果。
使用本装置提取临床生物样品的核酸成本低廉,只需几分钟,可以应用于现场检测或实验资源较少的基层医院和经济不发达地区;同时也可以满足大医院特定情况下的需求,如急诊或床边的核酸快速诊断。该技术已申请发明专利,并取得盖茨基金会研发资助。
CPA基本原理如下:
图2CPA扩增的反应原理图
与目前广泛使用的荧光PCR技术相比较,CPA技术有以下几个优点:
反应速度快:反应时间约1小时,使试剂盒可用于检验检疫、突发性传染病的检测与监控现场检测或医院的床边诊断(Point-of-Testing,POCT);
检测成本低:目前荧光光定量PCR仪价格昂贵,无法在很多中小医院普及。CPA扩增只需要离心机和一台简单的恒温装置,如普通的水浴锅、金属浴,即可进行扩增。
操作简单:对操作人员的技能要求不高,绝大多数人通过简单培训或自学都可掌握,为核酸检测试剂的广泛应用创造了条件。
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