【求助】18bp的探针可以用地高辛标记试剂盒标记上地高辛吗？急！

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2021-07-21

问题描述：

请教：
我用师哥以前剩的PCR的下游引物作为探针，有18bp,这么短的序列能用地高辛标记吗？地高辛能不能标记上？我看试剂盒写的是每20-25个新合成的核酸就有一个DIG标记的dUTP.是不是探针太短了，标记不上呀？多谢了！

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bowen_li

用户

18nt，与其标，还不如直接合成DIG修饰的引物，也就500RMB左右吧，你为啥非要费老劲儿去标，试剂盒原理是随机引物结合后，利用Klenow片段延伸，在延伸过程中用dUTP-dig取代T，虽然是随机引物，但是与18nt模板结合的概率也低了点吧，就算结合上了，供你延伸的区域能有几个核苷酸？18nt上有几个T你有没有看过？这个跟标记的效率直接相关。再加上标记并不是100%的标，有可能部分产物是没标上的。上面几个因素下来，估计你后面的光排除问题花的都不止500RMB，你说为啥不直接合成DIG标记的引物呢？

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haidi1214

用户

多谢你了。问题是实验室里有地高辛标记试剂盒（试剂盒有四或者五年了），还有师哥剩的引物可以当探针，这些都是现成的，老板要我们做原位杂交，意思是利用实验室有的东西做。要花500元买探针肯定是行不通的。我们的探针是AATGGAGTCACCAGCAGA。实验室条件有限啊，不得不自己标记。如果这样的序列太短不能标记的话，那我们只能让公司合成探针，然后我们自己再标记。请教你我们的探针是不是可以标记？非常感谢！

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caas405

用户

不行了吧，太小了。反正我这的说明书上说了，最小为100bp，但最好也不要超过500bp。如果其大于500bp的话，可以用4bp的酶（例如haeIII）来消化。

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