学会这点，选择染色质免疫沉淀（ChIP）实验的抗体一点也不难！
BlackAndrew N 和 BondoKristin J和 MularoAndrew andHernandezAlvaro and YuYachi and SteinCarleigh M andGregoryAndy and FrickeKent A and PrendergastJeff andSullinsDan and HaukosDavid and WhitsonMichael and GrishamBlake and Low
小草原鸡（Tympanuchus pallidicinctus；LEPC）是一种标志性的北美草原松鸡，以华丽壮观的繁殖季节展示而闻名。不幸的是，该物种已经在其历史范围内的大部分地区消失，当代种群数量相应急剧下降，这主要是由于气候和人为因素造成的。这些下降导致 2022U.S.Fish and Wildlife 决定确定并列出两个不同的种群细分（即北部和南部 DPS）作为根据 1973 年《濒危物种法》受到威胁或濒临灭绝。在此，我们描述了一个带注释的参考基因组，该基因组是从从南部 DPS 收集的 LEPC 样本生成的。我们选择了来自南部 DPS 的代表，因为北部 DPS 有可能发生基因渗入，那里的一些种群与大草原鸡 (Tympanuchus cupido) 杂交。这个新的 LEPC 参考组件由 206 个支架、45 Mb 的 N50 和 15,563 个预测的蛋白质编码基因组成。我们通过估计代表性 LEPC 和相关物种中的全基因组杂合性来证明这种新基因组组装的效用。 LEPC 样本中的杂合度为 0.0024，接近相关物种范围 (0.0003-0.0050) 的中间值。总的来说，这个新组合提供了宝贵的资源，将加强草原松鸡的进化和保护遗传学研究。
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2023 年 3 月发布
来源
ChIP实验中，抗体的质量直接影响实验的结果
那么如何在ChIP实验中选择最适合的抗体也能也是实验最关键的一步
很多老师在ChIP实验中最关心两个问题：
一、
在已有的ChIP级别抗体中，如何选择最高特异性的ChIP抗体，虽然很多厂家都能够提供ChIP级别抗体，但是在2011年的一篇Nature文献报道中显示即使ChIP级别的抗体，结合特异性也只有70%左右，我如何选择高特异性的ChIP级别抗体？
ChIP实验中抗体的选择是实验成功的核心要素。在2011年NatStructMolBiol[1,2]报道中通过斑点杂交和ChIP-chip试验显示，分别只有73%和78%的抗体具有较好特异性（图1，图2）。作者进一步通过WB检测3个品牌表观抗体的特异性，仅有一个品牌（Millipore）抗体通过特异性检测（图3），另外两品牌抗体未通过特异性结合实验。
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(a) Westernblotofanti-H3K4me2(Millipore,07-030,lotDAM1543701),anti-H3S10ph(Wako,303-35199),andanti-H4K20me3(Diagenode,CS-057,lotA9-002).
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针对这种情况给大家推荐一个非常好的方法，通过全球最大抗体查询网站CiteAb（http://www.citeab.com/）进行查询，能够获得每个ChIP抗体的文献引用次数（CiteAb显示Merck旗下多种表观遗传抗体全球使用率排名第一）
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二、
ChIP实验中需要选择ChIP级别抗体，没有ChIP级别抗体该怎么选择？如果我的实验种属比较特殊（果蝇，昆虫，植物等）该怎么选择ChIP实验抗体？
但是由于ChIP级别（ChIP验证）过的抗体数量非常有限，所以当没有ChIP级别抗体时，我们有如下3种方法可以考虑：
1
选择IP/IHC/ICC进行尝试，一般在这些实验中抗体对蛋白的识别结构是native，和ChIP抗体识别结构较为相似；不建议尝试Westernblot抗体，因为WB抗体识别的蛋白结构多是denature，并不适合ChIP实验；
2
将蛋白的序列放在NCBI上进行Blast，如果蛋白序列同源性与其他种属或物种蛋白超过80%，可以尝试跨物种抗体；
3
可以使用标签抗体，但是标签页可能干扰转录因子并可能引入假阳性相互作用，因此需要设置好对照，包括未转染细胞的mockIP对照；以及将标签从N端转换到C端作为对照。
温馨提示
如果您的实验种属非常特殊（果蝇，拟南芥等），默克（Merck）公司技术服务部门（400-899-1988-2-2），能免费提供高质量的比对服务，针对不同种属的ChIP抗体，验证成功率在90%以上。
Upstate（Merck子品牌）：
表观遗传及信号通路研究领跑者
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1990,推出全球首款ChIP试剂盒（>50000篇文献引用）；
2009，推出全球首款RIP试剂盒（>7000篇文献引用）；
2010，全球20000篇文献使用Merck表观抗体；
2010，推出全球首款EZ-ChIP试剂盒；
2014, 推出全球首款NuclearRIP试剂盒；
2014，推出全球首款最高灵敏度ChIP试剂盒
2015， 推出全球首款ChIRP试剂盒
本文链接： https://www.ebiomall.com/b115-diagenode/info-1530497124.html
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