Discovery Studio 2.5.5版本新技术
尊敬的老师和同学: 您好！ 非常感谢大家对Discovery Studio 2.5软件的支持，Accelrys公司现在已正式发布新版本Discovery Studio 2.5.5（即Discovery Studio 2.5 Update2版本）。与上一个升级版本2.5 Update1相比，本版本的主要功能改进包括： • 完全支持原生64位的Pipeline Pilot 7.5 Server。由于无需同时维护32位和64位两个版本，DS的安装过程得到简化。并且在进行大规模计算时，DS64位版本的计算效率得到显著提升。 • 内置的MODELER升级到9v7版本，并包括原始的64位软件包 • 内置的CHARMm升级到35b1版本，并包括原始的64位软件包 • New! 加入一个新Protocol——Filter by Property。使用该protocol，使用者可以根据不同的性质（比如LigScore、LogP等）以不同的方式（比如Top、Begins with等）对大量的配体进行筛选。该protocol适用于从大量的结果信息中（比如高通量筛选的结果）提取总结性信息。 • New! 加入一个新的Protocol——RSCB Structure Search。使用该protocol，使用者可以根据不同的标准要求，直接从蛋白质数据库 (RCSB PDB)中下载蛋白结构。 • New! 加入一个新的Protocol——Create 3D QSAR Model。基于格点计算技术，该protocol可以计算分子的立体场、静电场与其活性之间的回归关系，建立一个3D QSAR模型，并在最终结果中显示有利相互作用和不利相互作用。 • 支持版本号为4.1的GOLD对接程序。在已有的Goldscore和Chemscore两个打分函数的基础上，加入了Astex Statistical Potential (ASP)及Piecewise Linear Potential (CHEMPLP) 两个打分函数。 • 可以计算和观察HOMO和LUMO分子轨道。在已有的QM-MM Protocol：Calculate Energy (QM-MM)和Minimization (QM-MM)中，增加计算分子轨道的功能。 • New! 加入一个新的示例Protocol——Residue Electrostatic Energy。该Protocol可以计算单个氨基酸的静电能以预测蛋白质的稳定性和热稳性。除上述新增功能外，还包括如下显著的DS客户端工具改进和Bug修正： • 新增两个Discovery Guides：Dock Ligands和Sketch and Align Molecules • 新增一个Tool Panel：Superimpose Proteins • 更新了部分蛋白质和Binding Site分析的工具 • 更新了Molecule窗口和序列窗口 • 支持整个客户端的语境帮助 • 脚本功能得到增强，新的脚本支持：获得蛋白质与系统发生树可视化的新方法；产生Pi相互作用；可旋转键的显示；从Graphics View中保存图片 • 通过Molecule窗口打开和观察大量大分子结构的速度和性能提到极大提高 • 所产生的.dsv文件体积显著减小 • 当多个分子出现在窗口中时，计算蛋白表面积的速度大大加快 • 动力学计算的轨迹文件体积减小，分析轨迹文件的性能大大提高 • 从一系列大分子结构产生序列的速度大大加快更多更新和改进细节请参考Discovery Studio 2.5.5的安装说明文件和帮助文件。客户端升级办法：Discovery Studio 2.5的用户可以直接下载升级补丁，该补丁仅包括客户端的升级：Windows1. 下载 DSC255Setup.exe2. 在已安装Discovery Studio的计算机中执行安装程序完成安装。Linux1. 下载 DSC255Setup.tgz2. 在已安装Discovery Studio的计算机中执行下面命令完成安装：tar -xzvf DSC255Setup.tgzDSC255Setup.binDiscovery Studio 2.5.5的完整升级文件请联系我们。参考链接：− Discovery Studio 2.5版本更新内容− Discovery Studio 2.5 Update 1 更新内容创腾科技有限公司 生命科学部门2010年1月6日
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