实例分析 nbsp;| nbsp;lncRNA研究策略实用篇 2016-11-16 16:14阅读：广州永诺生物 广州永诺生物科技有限公司 关注 ​非编码RNA可谓是近十年来生命科学领域研究最火的领域之一。目前该领域中对于lncRNA的研究备受追捧，正如火如荼的开展起来！已有的一些研究表明，lncRNA在表观遗传、细胞周期和细胞分化调控等诸多生命过程中发挥重要作用，并且还有越来越多的关于lncRNA的作用正在被研究人员们逐渐揭晓。Anirban Sahu, et al. Long Noncoding RNAs inCancer: From Function to Translation. Trends Cancer. 2015 Oct1;1(2):93-109.既然lncRNA这样火，那我们今天就以肿瘤为例一起来讨论一下，关于lncRNA研究的一些基本的思路吧。首先，是我们感兴趣的lncRNA的筛选和确认对实验样本进行lncRNA表达谱分析，通过生物信息学的方法筛选出具有表达差异的lncRNA，构建共表达网络，以及在相关数据库里预测差异lncRNA的靶基因。根据这些信息筛选出我们感兴趣的lncRNA。然后用qPCR / FISH技术验证候选lncRNA样本中的表达。 对于一些新发现的lncRNA，我们可以通过5\'RACE实验获取lncRNA全长的碱基序列。 有些情况下，我们也可以不用lncRNA 高通量测序，直接通过qPCR等方法验证你感兴趣lncRNA在样本中的表达情况。Rajnish A, et al.Long noncoding RNA HOTAIRreprograms chromatin state to promote cancer metastasis.Nature.2010 April 15; 464(7291): 1071–1076.接着，探究lncRNA的功能这块内容主要就是通过构建lncRNA过表达载体或者siRNA、shRNA、反义核酸等方法沉默目标lncRNA，然后检测相关基因表达或者细胞表型如增殖、凋亡、侵袭、转移等功能的变化。当然，很多时候也需要我们构建相关的动物模型看看在动物水平lncRNA的作用。Rajnish A, et al.Long noncoding RNA HOTAIRreprograms chromatin state to promote cancer metastasis.Nature.2010 April 15; 464(7291): 1071–1076.再就是，分析lncRNA的作用机制lncRNA的作用途径多种多样，但通常lncRNA是通过靶向作用于相应的DNA、RNA、蛋白因子等而发挥作用的。我们可以通过RNAdown、RNA-RIP、ChIRP-seq，荧光素酶活性以及WB试验等方法来检测与lncRNA结合的DNA、RNA或蛋白因子。但是lncRNA与蛋白因子结合以后的细胞定位以及如何发挥作用的，这主要还是看lncRNA或被结合蛋白的属性了。而lncRNA与miRNA的相互作用则常以lncRNA作为靶mRNA的ceRNA，竞争性结合miRNA，从而减弱miRNA对于靶mRNA的调节作用。Maninjay K. Atianand, et al. Long non-codingRNAs and control of gene expression in the immune system，Trends MolMed. 2014 November ; 20(11): 623–631.最后，分析lncRNA的临床意义要分析lncRNA的临床意义，可以结合lncRNA在组织中的表达情况以及对应患者的病理和生存状况进行，包括lncRNA对于疾病的临床诊断，预后以及复发和5年生存率的提示作用。同时，这部分内容也可以结合lncRNA的数据库如LncRNADisease等来分析。千万别小看这块内容，这绝对是文章的加分项。至于在逻辑方面，这部分内容可以放在文章的开始，也可以置于文章的末尾。Rajnish A, et al.Long noncoding RNA HOTAIRreprograms chromatin state to promote cancer metastasis.Nature.2010 April 15; 464(7291): 1071–1076.以上就是我们总结的关于lncRNA的基本研究思路（也可以看简图）。有的时候还是挺管用的，大家不妨一试。★ ★ ★ ★ ★★欢迎关注永诺生物微信公众号 forevergen！更多原创实用文章回复 \" 原创 ”获取永诺生物原创作品，转载请注明出处 举报/Report