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文库制备
试剂盒故障排除指南(NEB #E7760、E7765、E7770、E7775、E7420、E7530)NEBNext® RNA 文库制备试剂盒故障排除指南(NEB #E7760、E7765、E7770、E7775、E7420、E753 0)可能的观察原因影响建议的解决方案存在生物分析仪峰 <85 bp(图 1)• 存在 PCR 清理后残留的
引物引物不能聚集或测序,但可以结合流动池并降低簇密度• 使用 1.0XAMPure 珠再次清理 PCR(第二次清理可能导致文库产量降低)存在 127 bp 适配器/二聚体生物分析仪峰(图 1)• 添加未稀释的接头• RNA 输入太低• RNA 过度片段化或在片段化过程中丢失• 低效连接接头-二聚体将聚集并被测序。如果与文库相比比率较低,可能不是问题,但有些读数会成为二聚体。• 在设置连接反应之前稀释接头(10 倍稀释)•使用 1.0XAMPure 珠子再次清理 PCR(第二次清理可能导致文库产量降低)。存在分子量高于预期文库大小(~1,000 bp)的其他生物分析仪峰(图 2)• PCR 伪影(过度扩增)。代表具有自身特征的单链文库产物-退火。如果PCR循环数(或PCR输入量)太高;在 PCR 的后期循环中,引物变得有限。因此,片段两端的接头序列相互退火。这会产生具有不同插入大小的分子,这些分子在生物分析仪中运行速度较慢。如果与文库相比比率较低,则可能不是测序的问题 • 减少 PCR 循环次数。广泛的文库大小分布(图 3)• RNA 文库大小的低片段化将包含更长的插入片段• 增加 RNA 片段化时间

图 1

图 2 53775a88f8&哈希=FA7BD689C5FBEC66B69E04D4AD1AB0A8\"> 图 3