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8月份共新增9个应用案例：
一、Keap1-Nrf2蛋白-蛋白相互作用抑制剂的研究
二、人体S-腺苷-L-同型半胱氨酸水解酶及其新机制抑制剂卤代腺苷类似物复合物的X射线晶体结构和结合模式分析
三、HIV-1病毒感染因子与A3蛋白家族作用机制的研究
四、苦味觉受体（TAS2Rs）激动剂的虚拟筛选
五、利用计算工作流设计microRNA对调控基因的表达
六、针对海量化合物数据的结构进行自动化检查和标准化处理
七、HIV蛋白酶抑制剂药效团的并行筛选和活性分析
八、sc-PDB-Frag，基于蛋白-配体相互作用匹配的生物电子等排体替换库
九、PP中分析片段替换对MMPs（Matched Molecular Pairs）的活性影响情况
具体案例简介及查看链接：案例名称 Keap1-Nrf2蛋白-蛋白相互作用抑制剂的研究 参考文献 Ref：J. Med. Chem. 2014, 57, 2736−2745 IF=5.248 软 件 Discovery Studio 研究方向 药物设计 简 介 直接阻断Keap1-Nrf2相互作用已成为一种有前景的研发新型抗氧化剂、抗炎剂、抗癌药的策略。本文联合采用分子模拟方法和实验方法，设计了一个有效的Keap1-Nrf2蛋白-蛋白相互作用抑制剂。 查看详情 案例名称 人体S-腺苷-L-同型半胱氨酸水解酶及其新机制抑制剂卤代腺苷类似物复合物的X射线晶体结构和结合模式分析 参考文献 Ref：Journal of Medicinal Chemistry, 2011, Vol. 54, No. 4 IF=5.248 软 件 Discovery Studio 研究方向 药物设计 简 介 S-腺苷-L-同型半胱氨酸水解酶（SAHH）是一类很具吸引力的广谱抗病毒药物的靶标。本文设计并合成了一种新型作用机制的SAHH抑制剂，氟代腺苷类似物。为了证实该化合物的抑制机制，本文首次解析获得人体SAHH-氟代腺苷类似物的复合物X-射线晶体结构，并结合分子模拟方法和生物测试实验研究了SAHH抑制剂的关键药效特征，该研究成果有助于进一步设计新的SAHH抑制剂并最终研发治疗药物。 查看详情 案例名称 HIV-1病毒感染因子与A3蛋白家族作用机制的研究 参考文献 ref: Nature Structural & Molecular Biology , Volume 19, Number 10, October 2012 .IF=11.902 软 件 Discovery Studio 研究方向 计算生物学 简 介 A3蛋白是一种胞苷脱氨酶具有抗反转录病毒的活性，然而vif（HIV-1病毒感染性因子）通过和A3作用，可以中和A3抗病毒的活性。我们采用X-ray实验技术和同源建模，得到了A3和HIV-1 vif作用的高分辨率晶体结构，获得了其作用的表位信息。 查看详情 案例名称 苦味觉受体（TAS2Rs）激动剂的虚拟筛选 参考文献 ref：FASEB, March 2014 ,Vol.28 ,1181-1197 IF=5.704 软 件 Discovery Studio 研究方向 药物设计 简 介 苦味觉受体（TAS2Rs）调节人类对有毒食品的厌恶反应，本文采用药效团模型和形状匹配的方法，对TAS2Rs激动剂进行虚拟筛选。 查看详情 案例名称 利用计算工作流设计microRNA对调控基因的表达 参考文献 ref：Nucleic Acids Research, 2014, Vol.42 ,No 12, 7539-7552 IF=8.278 软 件 Discovery Studio 研究方向 药物设计 简 介 MicroRNAs（miRNAs）是真核生物中发现具有调控功能的非编码RNA，长度大约20-25个核苷酸。通过碱基互补配对的方式识别靶mRNA，可降解或阻止mRNA的翻译，与发育、细胞增殖和凋亡、造血过程的调节途径都有联系。本文设计了一种miRNA的分子对，可以更好的结合mRNA，组成的RNA三聚体在调控基因表达中具有重要的作用。 查看详情 案例名称 针对海量化合物数据的结构进行自动化检查和标准化处理 参考文献 - 软 件 Pipeline Pilot 研究方向 药物设计 简 介 化学文献中经常包含大量的化学名称，将这些化合物从文献中提取出来并转换成各种软件能够识别的化合物结构是一件很麻烦的事情。本文将通过Pipeline Pilot，通过自动识别化学文献中的化学名，并批量地将这些名称转换成化学结构。 查看详情 案例名称 HIV蛋白酶抑制剂药效团的并行筛选和活性分析 参考文献 J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 563-571 软 件 Pipeline Pilot 研究方向 药物设计 简 介 虚拟筛选中，同时使用一系列药效团进行并行筛选是一种比较常用的做法，它可以用来考察分子对不同靶点的选择性，同时也可以在一定程度上避免假阳性。为了使药效团并行筛选更加简便快速，作者利用Pipeline pilot搭建了一个基于网页的多药效团并行筛选的分子虚拟筛选平台。 查看详情 案例名称 sc-PDB-Frag，基于蛋白-配体相互作用匹配的生物电子等排体替换库 参考文献 J. Chem. Inf. Model. dx.doi.org/10.1021/ci500282c 软 件 Pipeline Pilot 研究方向 药物设计 简 介 生物电子等排体替换在药物化学中具有重要的作用。与传统的仅基于配体的电子等排体替换不同的是，作者开发了一款全新的基于蛋白-配体相互作用匹配的生物电子等排体替换的网络应用程序，不仅考虑替换片段与原有片段的相似性，还可以将替换后的化合物放入蛋白结合位点进行分析比较，从而使先导化合物优化更加合理。 查看详情 案例名称 PP中分析片段替换对MMPs（Matched Molecular Pairs）的活性影响情况 参考文献 - 软 件 Pipeline Pilot 研究方向 化学信息学 简 介 本文主要描述如何在Pipeline Pilot中对海量化合物数据生成化合物的MMPs（Matched Molecular Pairs），并评价每个互变的MMP中不同片段之间替换之后对化合物的CDK2抑制活性的影响。对于每个MMP，化合物的CDK2活性改变情况可以分为三类：中性、增强和下降。文中根据化合物的这三类活性变化情况，在Pipeline Pilot中以直方图和饼图为例，初步统计和分析了每类MMPs出现的频率和对活性影响最大的MMPs。 查看详情
