原标题:【血液DNA核酸提取】四种柱式血液基因组DNA核酸提取试剂盒的比较研究
一、血液DNA提取概述
血液DNA提取为筛选一种高效、快捷的血液基因组DNA提取试剂盒,采集人EDTA抗凝血液样本60人份,选用四种市售商业化试剂盒(天根柱式血液基因组DNA提取试剂盒DP348,康为世纪柱式试剂盒CW0546,上海生工柱式试剂盒SK8254,常州百代生物BIOG全血DNA提取试剂盒51017)比较所提DNA的浓度、纯度、得率、耗时以及荧光定量PCR检测人GAPDH基因的结果等,综合评价不同试剂盒DNA提取效果。结果表明,应用常州百代生物BIOG全血DNA提取试剂盒51017提取的DNA浓度最高,纯度、得率较高,耗时最短,分别达到95.36ng/μL,1.896(OD260/OD280),23.83ng/μL,且荧光定量PCR结果最好。因此,BIOG全血DNA提取试剂盒51017可作为提取人血液基因组DNA并进行荧光定量PCR检测的优选试剂盒。
二、血液DNA提取市场分析近年来,采用血液作为实验材料进行基因检测、基因克隆、基因测序和分子杂交的实验越来越多。基于硅胶吸附提取DNA原理,目前国内多家公司开发出了商品化的试剂盒。康为世纪推出了CW0544、上海生工推出了SK8224、天根推出了DP348、常州百代生物推出了51017。目前这些血液基因组DNA提取试剂盒已经得到广泛应用,但由于这些试剂盒组份不同,性能也存在一定差异。在临床和科研工作中受采集条件的限制,采集到的血液样品的量通常较少。因此,选择高效、快捷的血液DNA提取试剂盒对实验成功与否非常关键。本研究使用市场上常见的几种基因组DNA提取试剂盒对人血液基因组DNA提取效果进行比较,旨在优选出一种适合提取人血液基因组DNA的试剂盒,为相关的分子生物学研究提供参考。
三、血液DNA提取材料与方法3.1材料
60人份人血液样品采自郑州大学附属第一医院,4℃冰箱内保存2d。
3.2试剂
天根柱式血液基因组DNA提取试剂盒DP348,康为世纪柱式试剂盒CW0546,上海生工柱式试剂盒SK8254,常州百代生物BIOG全血DNA提取试剂盒51017分别购自厂家;荧光定量PCR试剂盒购自常州百代生物;引物、探针等由上海生工合成。
3.3仪器
DYY-5型电泳仪及电泳槽购自北京市六一仪器厂,凝胶成像系统购自英国Syngene公司,NanoDrop2000紫外分光光度计、ABI7500荧光定量PCR系统均购自美国Thermo Fisher公司。
3.4血液DNA提取方法
血液基因组DNA提取 使用四种试剂盒提取60人份血液样品的DNA,每份均使用200ul血样,依据试剂盒说明书进行操作。提取DNA后,应用紫外分光光度计测定DNA浓度和OD260/OD280值,并根据公式计算出DNA得率(ng/μL)=DNA浓度(ng/μL)xDNA体积(μL)/取材量(μL)。
荧光定量PCR 参考常州百代生物荧光定量PCR试剂盒的说明书进行。
3.5 数据统计分析
将不同试剂盒提取的样品DNA浓度、纯度和得率均以M±SD表示,用GraphPad Prism软件进行方差分析,多重比较采取Duncan氏法进行。
3.6结果与分析
四种试剂盒提取基因组DNA的效果比较
从表1可见,使用相同量的血液样本,常州百代生物51017提取的DNA在洗脱液中的浓度最高,天根DP348试剂盒提取DNA的浓度次之,康为世纪和上海生工试剂盒提取的DNA浓度较低。
应用不同试剂盒提取的DNA纯度和得率也有一定差异。常州百代生物BIOG全血DNA提取试剂盒血液DNA提取得率最高,每100ul全血,DNA得率约为2.5ug,天根试剂盒的DNA得率约为1.9ug/100ul全血,康为世纪CW0546和上海生工SK8254的DNA得率较低。纯度方面,常州百代生物与天根生物基本一致,这两个试剂盒纯度最高,说明两个试剂盒提取的DNA质量较好。
不同试剂盒提取DNA的耗时也不同。常州百代生物BIOG全血DNA提取试剂盒操作步骤较少,整个提取过程25min即可完成,天根DP348操作步骤较多,耗时1个小时左右,上海生工以及康为世纪大概耗时在1.5个小时。
表1 4种试剂盒提取血液基因组DNA的浓度、纯度和得率
3.7 四种试剂盒检测血液基因组DNA GAPDH的荧光定量PCR结果
对四种试剂盒提取的血液基因组DNA进行GAPDH荧光定量PCR检测,得到检测结果见图1。
从图1可见,天根DP348(2)和常州百代生物51017(1)提取的DNA荧光定量PCR检测的GAPDH CT值较早,而康为世纪CW0546和上海生工SK8254提取的DNA荧光定量PCR结果较差。
四、 总结与讨论由于离心柱法提取DNA具有富集效果好、灵敏度高、不易交叉污染等诸多优点,因而目前大量商业化的血液DNA提取试剂盒采用离心柱法来抽提DNA。目前国内生产此类试剂盒的公司较多,不同公司的产品因为离心柱中的硅胶膜不同、裂解液、消化液和洗脱液不同等原因,产品的提取性能也不一致。本研究选择目前国内最常用的四种试剂盒提取血液基因组DNA,并根据所得DNA的浓度、纯度和得率、提取时间以及荧光定量PCR的结果来评价DNA质量。结果表明,常州百代生物BIOG全血DNA提取试剂盒全血DNA的提取浓度和得率最高,天根生物次之,而上海生工和康为世纪DNA的提取浓度和得率较低。PCR检测提取DNA的GAPDH基因,结果表明,常州百代生物提取DNA的CT值最小,这与紫外检测的结果相一致。提取时间方面,常州百代生物的试剂盒提取耗时最短,在25min左右,天根次之,康为世纪和生工试剂盒耗时较长。本实验表明,与国内同类试剂盒相比,常州百代生物的BIOG全血DNA提取试剂盒的提取性能具有比较明显的优势,可作为血液DNA提取实验的优选试剂。返回搜狐,查看更多
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