质粒抽提方法即去除RNA，将质粒与细菌基因组DNA分开，去除蛋白质及其它杂质，以得到相对纯净的质粒。

• 中文名

• 质粒抽提

• 外文名

• PlasmidExtraction

• 条件

• RT

• 方法

• 利用酶/弱去污剂部分裂解细菌

• 结果

• 以得到相对纯净的质粒

提取质粒DNA的方法有很多种，从提取产量上分可分为微量提取、中量提取、大量提取，从使用仪器上分可分为一般提取和试剂盒方法提取，从具体操作方法分可以分为碱裂解法、煮沸法、牙签法等，各种不同的方法各有其优缺点，根据不同的实验目的可以采用合适的提取方法。详细内容请参考《分子克隆实验指南》。^[1]另外，复旦大学生化与分子生物学实验室一篇文章，提供了质粒提取机理的详细解说。^[2]

人们使用碱与SDS裂解法从E.coli（大肠杆菌）中分离制备质粒DNA已有30多年的历史。将细菌悬浮液暴露于高pH值的强阴离子洗涤剂中，会使细胞壁破裂，染色体DNA和蛋白质变性，将质粒DNA释放到上清中。

尽管碱性溶剂使碱基配对完全破坏，闭环的质粒DNA双链仍不会彼此分离，这因为它们在拓扑学上是相互缠绕的。只要OH-处理的强度和时间不要太过，当pH值恢复到中性时，DNA双链就会再次形成。在裂解过程中，细菌蛋白质、破裂的细胞壁和变性的染色体DNA会相互缠绕成大型复合物，后者被十二烷基硫酸盐包盖。当用K取代Na时，复合物会从溶液中有效地沉淀下来，离心除去变性剂后，就可以从上清中回收复性的质粒DNA。

在SDS存在的条件下，碱水解是一项非常灵活的技术，它对E.coli的所有菌株都适用，并且其细菌培养物的体积可以从1-500mL以上。

煮沸法是将细菌悬浮于含有TritonX-100和能消化细胞壁的溶菌酶的缓冲液中，然后加热到100℃使其裂解。加热除了破坏细菌外壁，还有助于解开DNA链的碱基配对，并使蛋白质和染色体DNA变性。但是。闭环质粒DNA链彼此不会分离，这是因为它们的磷酸二酯骨架具有互相缠绕的拓扑结构。当温度下降后，闭环DNA的碱基又各就各位，形成超螺旋分子，离心除去变性的染色体DNA和蛋白质，就可从上清中回收质粒DNA。煮沸裂解法对于小于15kb的小质粒很有效，可用于提取步至lmL（小量制备），多至250mL（大量制备）菌液的质粒，并且对大多数的大肠杆菌菌株都适用。但对于那些经变性剂、溶菌酶及加热处理后能释放大量碳水化合物的大肠杆菌菌株，则不推荐使用该法。这是因为碳水化合物很难除去，会抑制限制酶和聚合酶活性。若碳水化合物的量很大，在CsCl-溴化乙锭梯度离心中会使超螺旋质粒DNA带变得模糊不清。大肠杆菌菌株HBl01及其衍生菌株（其中包括TGl）能产生大量的碳水化合物，不适于用煮沸法裂解。

用于大肠杆菌中质粒DNA的小量提取，它结合了优化的碱裂解法，以及方便快捷的硅膜离心技术，具有高效，快捷的特点，能在30min内完成全部操作。利用试剂盒能从1-5mL过夜培养的大肠杆菌菌液中纯化得到10-40μg高质量的质粒DNA（OD260/OD280=1.7-1.9），此质粒DNA可直接用于DNA序列分析，各种酶促反应，PCR以及部分细胞系的转染等。

其中用到三种溶液以及硅酸纤维膜（超滤柱）。溶液Ⅰ：50mM葡萄糖/25mMTris-HCl/10mMEDTA，pH8.0；溶液Ⅱ：0.2NNaOH/1%SDS；溶液Ⅲ：3M醋酸钾/2M醋酸/75%酒精。

葡萄糖是使悬浮后的大肠杆菌不会快速沉积到管子的底部；EDTA是Ca2和Mg2等二价金属离子的螯合剂，其主要目的是为了螯合二价金属离子从而达到抑制DNase的活性；可添加RNaseA消化RNA。^[3]

此步为碱处理。其中NaOH主要是为了溶解细胞，释放DNA，因为在强碱性的情况下，细胞膜发生了从双层膜结构向微囊结构的变化。SDS与NaOH联用，其目的是为了增强NaOH的强碱性，同时SDS作为阴离子表面活性剂破坏脂双层膜。这一步要记住两点：第一，时间不能过长，因为在这样的碱性条件下基因组DNA片断也会慢慢断裂；第二，必须温柔混合，不然基因组DNA会断裂。

溶液III的作用是沉淀蛋白和中和反应。其中醋酸钾是为了使钾离子置换SDS中的钠离子而形成了PDS，因为十二烷基硫酸钠（sodiumdodecylsulfate）遇到钾离子后变成了十二烷基硫酸钾（potassiumdodecylsulfate,PDS），而PDS是不溶水的，同时一个SDS分子平均结合两个氨基酸，钾钠离子置换所产生的大量沉淀自然就将绝大部分蛋白质沉淀了。2M的醋酸是为了中和NaOH。基因组DNA一旦发生断裂，只要是50－100kb大小的片断，就没有办法再被PDS共沉淀了，所以碱处理的时间要短，而且不得激烈振荡，不然最后得到的质粒上总会有大量的基因组DNA混入，琼脂糖电泳可以观察到一条浓浓的总DNA条带。75%酒精主要是为了清洗盐份和抑制Dnase；同时溶液III的强酸性也是为了使DNA更好地结合在硅酸纤维膜上

Ⅰ.使用质粒提取试剂盒提取质粒时请参考具体试剂盒的操作说明。如Omega公司的E.Z.N.A.®PlasmidMiniKitI,Q(capless)Spin^[4]（质粒提取盒）。

Ⅱ.碱裂解手提法：此方法适用于小量质粒DNA的提取，提取的质粒DNA可直接用于酶切、PCR扩增、银染序列分析。方法如下：

1：接1%含质粒的大肠杆菌细胞于2mlLB培养基。

2：37℃振荡培养过夜。

3：取1.5ml菌体于Ep管(离心管)，以4000rpm离心3min，弃上清液。

4：加0.lml溶液I（1%葡萄糖，50mM/LEDTApH8.0，25mM/LTris-HClpH8.0）充分混合。

5：加入0.2ml溶液II（0.2mM/LNaOH，1%SDS），轻轻翻转混匀，置于冰浴5min.

6：加入0.15m1预冷溶液III（5mol/LKAc，pH4.8），轻轻翻转混匀，置于冰浴5min.

7：以10，000rpm离心20min，取上清液于另一新Ep管

8：加入等体积的异戊醇，混匀后静置10min.

9：以10，000rpm离心20min，弃上清。

10：用70%乙醇0.5ml洗涤一次，抽干所有液体。

11：待沉淀干燥后，溶于50ulTE缓冲液中（或60℃温育去离子水）

1：加溶液II（裂解液）后，操作一定要温和，剧烈混合会导致基因组DNA污染。^[5]

2：洗脱时60℃温育（EllutionBuffer）洗脱缓冲液或去离子水效果更好。

3：若质粒提取含量低，可增加菌液样或换用ArtMediaPlasmidCulture，其比LB培养基质粒得量高

4：菌体应彻底悬浮，如果没有彻底悬浮菌体，则残留的菌体团块在溶液II加入后，变成难以完全裂解的团块。这个团块在溶液III加入后，会有一部分蛋白质继续存在于溶液中，成为蛋白质残留的最大根源。

5：加入溶液II后，混匀，体系最好能立即变得清澈。体系如果变得清澈了，马上加入溶液III中和。

6：中和的操作，在1.5ml离心管中加入溶液III后，先颠倒两次，使管底朝上，用指头弹击管底数次，再颠倒混匀。效果非常好。

RNA的去除，首先是使用RNase消化。在溶液I中加入高浓度的RNaseA(100ug/ml)，或者用含25ugRNaseA/mlTE溶解抽提好的质粒，都可以降低RNA残留，但都不能彻底去除。幸运的是，RNA的残留并不影响酶切等最常用的用途。如果想彻底去除RNA残留，可以用试剂盒，或者使用对4个碱基都作用的RNase。^[6]

gDNA的残留问题，必须在抽提过程中解决，否则，就只能用胶回收方法处理了。gDNA越大，越难于复性，也就越容易被去除；所以，一定要尽可能不打断gDNA。裂解体系越粘稠，gDNA越容易被扯断；操作手法越重，gDNA也越容易被打断。温和操作，使用相对过剩的试剂，是降低gDNA残留的最好方法。

蛋白质的去除，主要是靠不溶解的K-SDS-蛋白质复合物的形成。虽然将中和后的体系置于4C一段时间，可以形成更多的该不溶复合物，从而使蛋白质残留更少，但实践证明这样做并不是必须的，除非是大量抽提。只要加入溶液I后的悬浮，加入溶液II后的裂解及加入溶液III后的中和是均匀彻底的，蛋白质的残留就应该在可以满足实验要求的水平；而只有溶液的用量足够，甚至过剩，才能确保裂解和中和是彻底的。当然，试剂盒及苯酚的使用，是可以更进一步降低蛋白质的残留的。

细菌收获时间，菌株的选择，抽提操作的剧烈程度是影响Nick的三个主要因素。细菌收获过早，质粒还在复制过程中，Nick的比例较高；过晚，细菌开始死亡，杂质会比较多。如果使用胞内酶含量很高的宿主菌，会出现较高比例的Nick。加入溶液II及加入溶液III的混匀操作，也可以导致一些Nick，但影响不会比前两者大。

理论上，用碱裂解法抽提质粒，变性超螺旋的出现是不可避免的。^[6]之所以大家没有非常在意，一是因为它的存在似乎对酶反应没有任何影响，二是因为它的含量并不一定高到被用电泳观察到。抽提使用相对过剩的溶液，在加入溶液II后，体系能在1分钟内变澄清，再快速加入溶液III，这样基本上能将变性超螺旋的出现控制在电泳看不见的水平。(变性超螺旋电泳时比正常超螺旋跑得快一点点。)

Qiagen提供了一个没有进一步解释的观察：从有些宿主菌中抽提质粒(pTZ19)，电泳能发现很多条带；但使用单酶切后，仍然变成一条带，大小正好是线性单质粒的大小。根据这一观察，可以推理如下：那些大的条带(质粒多聚体)是由完整的单质粒\"粘”在一起形成的，而不是我的一条链与你的一条链复性在一起；第二，这种\"粘”只是部分的，否则酶切会有问题；第三，这种\"粘”是脆弱的，线性后的刚性足以打破它。如果是这样，质粒多聚体的出现与质粒的结构及序列有关，可以不管它(也管不了)，因为它不影响酶切，或者说，即使质粒多聚体切不动，也不会影响太大。总之，碰到这种情况，不要简单地认为有问题，而是应该一步一步往下做，但一定要做完一步，检测一次，看一看结果与预期的吻合程度。

利用氯霉素抑制染色体的复制，而不抑制质粒的复制这一特点，在低拷贝质粒（如pUC19）的培养过程中添加氯霉素可以大大提高得率。

• 参考资料

• 1.J.萨姆布鲁克D.W.拉塞尔（美）．分子克隆实验指南．北京：北京大学出版社，2002

• 2.从质粒抽提谈起(摘自复旦大学生化与分子生物学实验室)．生物帮[引用日期2016-11-01]

• 3.质粒抽提试剂盒基本原理．百度文库[引用日期2016-11-01]

• 4.E.Z.N.A.®PlasmidMiniKitI说明书．PDF[引用日期2016-11-01]

• 5.影响质粒提取的关键因素及提取方法的选择．CNKI[引用日期2016-11-01]

• 6.细菌质粒提取方法的研究．CNKI[引用日期2016-11-01]