Western杂交的总体过程也与Southern杂交相似，印迹转移的是蛋白质，这种将蛋白质样品从SDS-PAGE凝胶通过电转移方式转移到滤膜的方法，称为Western：blotting。
其杂交过程不是真实意义的分子杂交，而是通过抗体以免疫反应形式检测滤膜上是否存在被抗体识别的蛋白质，并判断其分子量。所用的探针不是DNA或RNA，而是针对某一蛋白质制备的特异性抗体。Western杂交主要用来检测细胞或组织样品中是否存在能被某抗体识别的蛋白质，从而判断在翻译水平上某基因是否表达。
这种检测方法与其他免疫学方法的不同是，一方面可以避免非特异性的免疫反应，而且更关键的是可以检测出目标蛋白质的分子量，从而直观的在滤膜上显示出目标蛋白。Southern杂交、Northern杂交和Western杂交的更具体操作参见萨姆布鲁克编著的分子克隆实验指南。
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