scTPA是用于在人和小鼠中基于生物途径激活进行单细胞转录组分析和注释的网络工具。数据库收集了具有不同功能和分类的大量生物途径，这有助于识别细胞类型注释和解释的关键途径签名。优化了四种不同的途径激活评估方法的可执行代码，以使运行时间减少4至56倍。提供了单细胞途径激活概况的分析和可视化功能，例如细胞聚类和注释，标记途径及其相关基因的鉴定，从面向途径的角度，这将有助于更好地了解细胞类型和状态。
详细介绍--scTPA：单细胞转录组分析和注释工具
03 SC2disease
官网：http://easybioai.com/sc2disease/
SC2disease是一个人工收集的数据库，能为研究者提供各种疾病的各种细胞类型准确的基因表达谱资源，浏览感兴趣的基因的表达、搜索细胞类型标记、寻找多种疾病的生物标志物、比较处于疾病和非疾病状态的各种类型细胞的表达谱。由西北工业大学计算机学院的彭佳杰教授课题组开发建立，于2020年10月3号发表在国际著名杂志《Nucleic Acids Research》（IF=11.501）。SC2disease包含946481条数据，对应341种细胞类型、29种组织和25种疾病。SC2disease数据库中的每个条目都包含不同细胞类型、组织和疾病相关健康状况之间差异表达基因的比较。
详细介绍--SC2disease：单细胞转录组数据库新生前来报道~
04 CellMarker
官网：http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/
细胞标志物（Marker）是我们用来对细胞定义和分选的重要标志。在进行单细胞转录组数据分析时，非常关键的一步是根据细胞的特征性基因和特征性生物学功能去定义每一个细胞亚群。CellMarker是2019年1月份由哈尔滨医科大学Yun Xiao等老师发表于核酸研究 (Nucleic Acids Research)，该团队通过梳理100,000+发表的文献，梳理出人的158个组织 (亚组织)的467个细胞类型的13,605个Marker基因，和鼠的81个组织 (亚组织)的389个细胞类型的9, 148个Marker基因，CellMarker数据库可搜索，可浏览，可下载。
详细介绍--CellMarker：用来做细胞标记，很nice
05 人类细胞图谱（HCA）计划
官网：https://data.humancellatlas.org/
人类细胞图谱（Human Cell Atlas）计划是一项与\"人类基因组计划”相媲美的大型国际合作项目（比如华大基因、扎克伯克、南方科技大学等名企名人名校都参加在内），致力于建立一个健康人体所包含的所有细胞的参考图谱，包括细胞类型、数目、位置、相互关联与分子组分等，旨在全面解码人体所有细胞的类型、数目、位置、相互关联与分子组成等，构建细胞基因表达等高维数学特性的精细图谱，建成人体发育、生理、病例的完善和精细的参照系，最终建立全息生命信息网络。这项计划目前已经得到了不同类型的图谱。已收录33个组织、289位供体、450,0000个单细胞的测序数据，并在持续更新中。
详细介绍--人类细胞图谱（HCA）计划：大型、权威的单细胞测序数据来源
06 Mouse Cell Atlas
官网：http://bis.zju.edu.cn/MCA/
郭国骥团队设计出了基于琼脂糖材料的高通量单细胞捕获系统。以此为基础研发的Microwell-seq高通量单细胞测序平台，在提升现有单细胞技术精确度的同时，大大降低了单细胞测序文库的构建成本。并且由Microwell-Seq绘制的scMCA可以清楚地显示每个单个细胞的分化，病变和衰老。郭国骥团队的细胞测序还涵盖了哺乳动物体内的各种主要细胞类型，并对每一种器官内的组织细胞亚型，基质细胞亚型，血管内皮细胞亚型，和免疫细胞亚型进行了详细的描述.
详细介绍--Mouse Cell Atlas：小鼠单细胞图谱，专业
07 JingleBells
官网：http://jinglebells.bgu.ac.il/
JingleBells是标准化单细胞RNA-Seq数据集的存储库，用于在单细胞水平上进行分析和可视化。用户在JingleBells上可以直接下载到单细胞数据的BAM文件。
详细介绍--JingleBells：免疫相关单细胞RNA-Seq数据集
08 Tabula Muris
官网：https://tabula-muris.ds.czbiohub.org/
Tabula Muris是斯坦福大学Chan Zuckerberg Biohub，VA Palo Alto医疗保健系统中心以及加州大学旧金山分校的研究人员对小鼠的整个生命周期内来自20个器官的529823个细胞进行单细胞RNA测序，生成了一个Tabula Muris Senis图谱，同期发表在Nature杂志上，所建立的数据库。他们使用两种方法从20个小鼠器官中分离出100,000多个细胞。第一种方法称为荧光激活细胞分选(FACS)，用于分离44,949个细胞，第二种是微流体液滴技术，用55,656个细胞。在相对较低的覆盖范围内对每个器官的数千个细胞进行了调查，为研究人员提供健康小鼠细胞生物学的路线图。
详细介绍--Tabula Muris：小鼠单细胞开源数据库
09 PanglaoDB
官网：https://panglaodb.se/index.html
PanglaoDB，这是2019年年初瑞典和美国的研究人员共同开发、发布的一个单细胞转录组数据库。包含了超过1000个单细胞实验的预处理和预计算分析，涵盖了大多数主要的单细胞平台和分析流程，基于来自各种组织和器官的超过400万个细胞。它包含了6000多个marker基因，可用于细胞分群注释的marker数据库，数据主要源于已经公开发表的单细胞转录组数据。PanglaoDB可以让用户查询和探索细胞类型、遗传途径和调控网络。它是由，致力于探索人类和小鼠的单细胞转录组数据，该数据库的优点是适合零基础的人使用、探索。
详细介绍--PanglaoDB数据库
10 CancerSEA
官网：http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/
