凝胶迁移滞后实验（electrophoreticmobilityshiftassays，EMSA）是近年发展起来的研究核酸与蛋白质相互作用简单、快速、敏感的方法。目前已经成为转录因子研究的经典方法。其基本原理是蛋白质可以与末端标记的核酸探针结合，电泳时这种复合物比无蛋白结合的探针在凝胶中泳动的速度慢，即表现为相对滞后（如下图所示）。该方法可用于检测DNA结合蛋白、RNA结合蛋白，并可通过加入特异性的抗体（supershift）来检测特定的蛋白质，并可进行未知蛋白的鉴定。

简单说明以下EMSA技术的优缺点，基本原理和实验方法。Electrophoreticmobilityshiftassay(EMSA)IntroductionAdvantage：canseparatedifferenttypesofcomplexes,suchasmonomeranddimer=>betterthanfilterbindingeasiertoseethecomplexthanfootprintassayDisadvantage:donotknowwherethebindingsiteis.RationaleDNA-proteincomplexwillhaveasmallermobilitythanthatoffreeDNAonnativegelgelelectrophoresisandmolecularsievecageeffect-differencebetweenfootprintandEMSADatainterpretationnonspecificbindingsmearingbetweenDNAandcomplexbandsMethodsLableDNAMixDNAandproteintoformcomplexAddnonspecificcompetitorSeparatecomplexwithfreeprobeonanativegel