反式转录抑制（RTA）系统与经典Y2H相反诱饵-猎物互作抑制转录激报告基诱饵蛋白X与Gal4DBD融合具转录激性另蛋白Y与种转录阻碍物（Tup1p）抑制结构域（RD）融合两者相互作用报告基转录抑制[60]RTA系统已用于研究哺乳物basic helix-loop-helix proteins MyoDE12、protooncogenic transcription factor c-Myc与the putative tumor suppressor protein Bin1蛋白间相互作用同该系统用于筛选与各种转录激相互作用单纯性疱疹病毒（HSV-1）调控蛋白VP16 [60]c-Myc及雄性激素受体SOSRAS募集系统 (SRS and RRS)Ras信号通路转录旁路（are bypassing the transcriptional readout by using the Ras signalling pathway）酵母细胞哺乳物相似Ras定位质膜通酵母Cdc25或哺乳物Son of sevenless (SOS)脒基交换进行GDP-GTP转换Ras激引发游信号转导途径处描述Y2H系统使用Cdc25-2温度敏型酵母菌株Cdc25-2没性能激Ras信号转导途径导致菌株高温（36 ℃）能通Y2H系统选择性激Ras使其温度敏表型消失SCINEX-P系统（胞外蛋白间互作筛选）由Urech等于2003发布使我析ER内氧化环境蛋白互作该系统利用酵母未折叠蛋白反应（UPR）信号途径ER错误折叠蛋白积累诱导酵母ER I类跨膜蛋白（Ire1p）形二聚体者诱导Hac1p转录其产物激伴侣转录SCINEX-P系统目蛋白与缺少位于腔内N末端寡聚化结构域Ire1p突变蛋白（ΔIre1p）融合两种杂合蛋白互作引起Ire1p蛋白二聚体重构激UPR游信号转导程检测蛋白互作Hac1p UPR元件引入报告基启Y2H系统功用于析蛋白质二硫键异构酶ERp57与钙联蛋白间（两蛋白都ER折叠）、抗原与抗体间互作裂化泛素系统由JohnssonVarshavsky于1994设计用于测定细胞质基质蛋白间互作检测；扩展膜蛋白间互作筛选泛素类蛋白于细胞错误折叠蛋白十重要蛋白通与聚泛素蛋白链共价结合标记蛋白酶体降解象该链泛素特异性蛋白酶（USP）首先蛋白降解裂泛素化Y2H技术基于泛素裂两独立片段已研究显示泛素裂N端（Nub）及C端（Cub）并且片段间亲性能自发形与原泛素类似蛋白通Nub（NubG, NubA）点突变（I13G or I13A ）使NubCub自发组装进行两种突变体两部由于NubG/ACub互作拉足够接近距离才能发效结合重构裂化泛素USPs识别切掉与Cub C端融合报告蛋白初系统使用二氢叶酸原酶作报告基者产物通SDS-PAGE检测由于需要使用免疫共沉淀电泳离阳性克隆鉴定十便膜反式转录激裂泛素(MbY2H)系统使用工转录（LexA-VP16）作与泛素相连水解报告蛋白析ER膜蛋白间相互作用旦泛素重组LexA-VP16释放核并激报告基转录（HIS3LacZ）种转录激式放蛋白互作反应瞬互作检更敏、更便系统已功用于检测同种类膜蛋白间互作反应裂泛素系统已广泛应用于cDNA文库筛选规模矩阵近期改进适用于胞质蛋白互作筛选MbY2H系统已发布改进案诱饵载体包括Cub转录并且由于融合ER膜蛋白Ost4p使融合蛋白锚定ER膜图" class="ikqb_img_alink">