从琼脂糖凝胶中回收DNA，是分子生物学的常规实验操作。但是由于胶回收的质量和数量直接影响后继的一系列实验——比如酶切连接、转化筛选、测序或者PCR扩增、标记乃至显微注射等等的成功与否，所以这一步的操作也显得非常重要。目前五花八门的胶回收试剂，最基本的评定标准主要有:
1.回收产物质量：回收产物的质量主要指纯度。常规电泳过程中，普通级别的琼脂糖自带的一些性状不明的杂质多糖，连同DNA一起从凝胶中抽提出来，会强烈抑制后继的连接、酶切、或者标记、扩增等实验。从凝胶中回收DNA片断，产物的纯度自然是我们考虑的第一要务。对于大片断DNA回收，质量还包括了产物的完整与否，机械剪切力会造成回收产物大小不一致。而对于较小片断回收，质量还包括了回收产物的浓度。因为产物浓度太小，对后继实验，比如连接、标记实验同样也有影响，往往需要再浓缩一次，增加了操作的复杂性。此外，极微量的纯化介质或者是某些试剂混入回收产物中也会对结果产生致命的影响。
2.回收率：回收得率，是我们考虑的另一个重要参数。由于上电泳的样品量通常都很少，电泳的过程本身也会导致样品的分散和损失，因而尽可能多的回收电泳凝胶条带中的目的片断，提高产物得率，对于后继实验来说是非常重要的。影响回收率的因素主要是DNA片段大小和DNA的量。DNA片断越大，和固相基质的结合力越强，就越难洗脱，回收率就低；DNA的量越少，相对损失越大，回收率越低。因此，需要根据情况选择不同的方法是很重要的。值得注意的是，由于样品的大小和多少对回收率都有显著的影响，所以回收率并非是一成不变的。
其他：操作方面，操作简单，快速，应用起来方便的方法或者产品最受欢迎。比如溶胶的缓冲液中添加指示剂，可以指示溶胶的溶液pH值就是很方便的设计；离心过柱就比离心沉淀要简单方便。载量，就是每次回收最多能回收的产物的量越大越好，因为对于纯化柱或者一定量的纯化介质，过量的产物吸附不了就是被浪费掉的。对于回收比较大量的产物，大载量就很有优势，降低成本也节省。
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