1.启动子的预测
启动子是指RNA聚合酶识别并结合的DNA序列，并包括促进这一过程的调节蛋白的结合位点。启动子位于转录起始位点附近，而真核基因的转录起始位点通常需要实验进行确定。5’RACE是确定基因转录起始位点的经典方法。在不知道转录起始位点时，我们也可以对启动子进行预测。预测基因启动子的软件有：NCBIpromoterscan(http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/)等。
2.转录因子的预测
通常我们比较关心哪些转录因子可以调控我们感兴趣的基因，这就涉及到该基因的转录因子的预测和鉴定。转录因子的预测软件有：
SignalScanhttp://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/signal/
TFsearchhttp://www.cbrc.jp/research/db/TFSEARCH.html等。
将待预测的上游调控序列输入进行分析，即可知道该序列中含有哪些转录因子的结合位点。（说明：这两个软件提供的预测结果不够全，有一些转录因子没有被包括其中。
3.报告基因质粒的构建
我们经常使用的质粒载体为PGL-Basic，质粒图谱见下图。我们要将待分析的启动子序列插入到luciferase基因上游。推荐使用kpnI，XhoI，BglII和HindIII这几个酶切位点，但不建议用XhoI和BglII双酶切，因为这两个酶切位点有重合。该载体测序用RVP3(正向)和GLP2(反向)。
4.实验方法及结果分析
连续截短确定核心启动子。克隆基因的上游调控序列，做连续的截短，如构建-2000~-1500，-1500~-1000，-1000~-500，-500~0，0~500一系列克隆，转入细胞，观察荧光素酶活性，以此判断哪一段序列对于该基因的转录活性起关键作用。例如：-2000~-1500和-1500~-1000有很高的活性，而-1000~-500活性很弱，则可判断核心启动子区在-1500~-1000。
特定转录因子对转录活性的分析。我们构建包含该转录因子的启动子序列（上游调控序列）的报告基因质粒，与转录因子的过表达载体（或RNAi）共转染细胞，观察转染前后报告基因活性的变化。如果转染后报告基因活性发生明显改变，则可判断该转录因子可能调控目的基因的转录。
