合理选择耐热DNA聚合酶是PCR成败与否的一个关键因素。选择最合适的耐热聚合酶，是进行PCR实验首先要考虑的问题。许多耐热DNA聚合酶的主要区别在于特异性、保真性、耐热性、扩增速率、扩增片段长度等几个指标。
下面是六种不同耐热聚合酶的比较：
Taq：扩增效率最高的耐热DNA聚合酶，能很好的扩增6kb以下的DNA片段。扩增碱基出错率为10-5左右。
Pfu：目前保真度最高的耐热DNA聚合酶，碱基出错率为10-6，但扩增效率低于Taq酶，一般能很好的扩增2kb以下的片段。
TaqPlus：集扩增效率高和保真度好于一身。扩增效率比Pfu高，保真度比Taq好。能有效的扩增10kb以下的片段。
HotstartTaq：经过化学修饰的耐热DNA聚合酶。此酶在常温下，活性被化学基团封闭，要在94℃-95℃加热数分钟才能回复正常活力开始反应，避免了起始循环较低温度下的非特异性扩增，提高了反应的灵敏度和特异性。
LongTaq：具有3’-5’外切酶活性的耐热DNA聚合酶，它不但扩增效率高而且错配率低，对于简单模板可扩增长达40kb的模板，对复杂模板也可扩增长达15kb的片段。
TaqPlatinum：热启动高保真耐热DNA聚合酶。如果对保真度要求很高，而用Pfu扩增有难度，可选用TaqPlatinum，一般扩增长度可达4kb。
根据不同的实验目的选择最合适的酶，
克隆普通长度的目的DNA片段：Taq、TaqPlus
保真度要求较高，片段比较短，如点突变、基因筛选等：Pfu、TaqPlatinum
高保真长片段扩增，如构建基因图谱及分子遗传学研究等：LongTaq、TaqPlus
扩增基因组模板，需要降低背景：HotstartTaq、TaqPlatinum
扩增GC含量较高或二级结构较复杂的模板：TaqPlus、LongTaq、TaqPlatinum
实时荧光定量PCR反应：Taq、HotstartTaq、TaqPlatinum
从菌株或质粒模板，筛选鉴定目的克隆，扩增6kb以下的片段：Taq、TaqPlus、2×TaqPCRMasterMix
模板比较复杂或目的片段丰度低，用普通Taq酶扩增不出条带：2×TaqPCRMasterMix、2×PfuPCRMasterMix
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