Highlights
- Quick (5 minute) clean-up of large-sized DNA from any enzymatic reaction or impure preparation without messy precipitations
- Unique spin column for low volume elution of ultra-pure, high-yield DNA
- Eluted DNA is ideal for PCR, endonuclease digestion, sequencing, etc.
Description
Applicable For | Eluted DNA is ideal for ligation, sequencing, labeling, PCR, microarray, transfection, transformation, restriction digestion procedures, and any other sensitive downstream application |
---|---|
Elution Volume | ≥ 35 µl of DNA Elution Buffer |
Equipment | Microcentrifuge |
Purity | A260/A280 > 1.8, A260/A230 > 1.8 |
Sample Source | Enzymatic reactions or impure preparations containing genomic DNAs |
Sample storage | Eluted DNA can be used immediately or stored at ≤ -20°C |
Size Range | 50 bp to 200 kb |
Yield | Recovery of DNA ranges from 70 - 95% |
Q1: What is the lower limit and minimal amount of DNA that can be recovered?
Picogram levels of DNA can be recovered. The limitation is based on sensitivity of detection method.
Q2: How to process naked DNA stored in DNA/RNA Shield?
Use the standard protocol (add 2 or 5 volumes of DNA binding buffer depending on DNA size).
Q3: What to do if ethanol addition to the DNA Wash Buffer was omitted?
The DNA will be eluted off the column. Rebind samples using the appropriate amount of DNA Binding Buffer and wash the column with the properly prepared wash buffer.
Q4: What happens if more DNA was loaded on the columns than the stated maximum binding capacity?
Oversaturation of the column can result in total DNA loss due to clogging of silica matrix.
Q5: How many times can columns be reloaded?
We recommend no more than 5 times as binding efficiency might decrease.
Q6: What is the minimum input volume of DNA sample?
Working with volumes below 50 µl can result in decreased recovery. We recommend raising the starting volume to 100 µl with water to ensure optimal binding conditions.
Cat # | Name | Size | Price | |
---|---|---|---|---|
C1102-25 | Zymo-Spin IIC-XL Columns | 25 Pack | $34.00 | |
D5201-1-50 | ChIP DNA Binding Buffer | 50 ml | $37.00 | |
C1001-1000 | Collection Tubes | 1000 Pack | $90.00 | |
C1001-500 | Collection Tubes | 500 Pack | $52.00 | |
C1001-50 | Collection Tubes | 50 Pack | $15.00 | |
D4003-2-6 | DNA Wash Buffer (Concentrate) | 6 ml | $10.00 | |
D4003-2-24 | DNA Wash Buffer (Concentrate) | 24 ml | $33.00 | |
D3004-4-10 | DNA Elution Buffer | 10 ml | $14.00 | |
D3004-4-1 | DNA Elution Buffer | 1 ml | $11.00 | |
D3004-4-4 | DNA Elution Buffer | 4 ml | $10.00 |
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近几年来,基因重组的技术层出不穷,包括TALEN和CRISPR/Cas9在内的重组技术给基础研究提供更为方便和快捷的分子生物学工具。
关于这些技术的具体原理和操作细节,这里不做展开介绍,主要谈一谈在用这些技术进行细胞株构建的过程中,如何做才能加快阳性克隆筛选的步伐,做好这个关键的步骤。
一.混合克隆pool验证
质粒转染后48-72小时后取转染后细胞的pool1000个细胞以上离心,去上清,PBS洗一遍,细胞沉淀溶于适量的PBS中,煮5min后模板就制备好了,剩余的pool细胞做有限稀释,一般5块板足够。
分析敲除位点的上下游序列,设计合适的引物PCR扩增目的基因片段,与野生型目的基因杂交后CruiserTM酶切15-20分钟,酶切产物1.5%-2%凝胶电泳。
上图为混合克隆pool酶切检测,由此图可知此混合克隆pool中有敲除成功的细胞,则进行下一步并计算突变率。这一步尤为重要,很多杂志投稿时需要这张图,或者有计算突变率的要求。
二.阳性克隆筛选
上一步采用有限稀释法接种到96孔板中的克隆,待到单个细胞长到几百到1000个细胞左右时,取出其中的一半细胞提取基因组。分析敲除位点的上下游序列,设计合适的引物,并从提取的基因组中扩出目的片段,然后选择CruiserTM或者T7EI进行酶切分析,最后将酶切分析得到的阳性克隆再进行测序进行最终确认。
为了可以很快的筛选到阳性克隆可以通过如下几个方式去进行优化:
1、尽可能提高单细胞的存活率
a)对于单个细胞很难存活的细胞,如果是贴壁细胞,可以试着加一些细胞因子促进细胞的分裂;而对于悬浮细胞,则推荐采用CellPlaza(共培养的原理),都可以极大的提高细胞的存活率;
b)对于很容易老化的细胞,推荐对细胞进行永生化改造,永生化的方法有很多,这里不做具体推荐。
2、采用能够快速抽提微量样品基因组DNA的试剂盒
这样的试剂盒,市面上也比较多,但是需要注意选择针对样品量比较少的试剂盒,建议选择Qiagen或者Genloci的微量样品的抽提试剂盒。QIAGEN是老品牌,Genloci这家公司是主要做基因重组的,所以,他们开发的一些产品针对性比较强,而且价格便宜,建议优先使用。
3、设计合理的引物和选用高保真的Taq酶
引物设计推荐选择靠近靶位点上游100bp和下游200bp处,或者上游200bp和下游100bp处,这样的好处是后面进行酶切分析的时候,对于阳性的克隆,可以很容易观察到2条分开的条带。
Taq酶,建议是用NEB的Fusion或者Q5,毕竟敲除本身很大可能也就是2-3个碱基的缺失,所以,高保证是必要的,防止产生假阳性的结果。
4、选择高特异性的错配酶
目前用的比较多的是CELI和T7EI两种酶,CELI是植物来源的一种特异性识别碱基错配的酶,活性高,不会产生假阳性。目前市面上只有CruiserTM和Surveyor和两个品牌。其中Surveyor是进口代理产品,价格较贵,货期较长;CruiserTM价格合适,同时货期短,国内可以2-3天内到货,做到真正质优价廉。
T7EI是NEB的产品,最早并不是为了做基因敲除筛选用的。其最主要的特点是除了识别错配外,还可以识别十字型结构DNA、Holliday结构或交叉DNA、异源双链DNA,正是因为这个特点,很容易导致假阳性的现象。
测序公司往往是比较容易忽略的一个环节,很多人送测序后,拿到的测序结果经常发现没信号,就认为是自己的样品有问题,而不会去怀疑测序公司。实际上是错误的思维方式,测序是苦力活,人员流动比较大,所以经常会发现某一段时间的测序结果总是不好,实际上跟样品无关而跟测序公司的人员流动有很大关系。所以,一定要找一些资质比较好的测序公司,同时,发现问题的时,可以考虑换一家公司再测一遍。
缺点:质粒仍然较大,转染难度相对较大。具有碱基识别偏好性,局限了基因编辑的运用范围,而且会导致不同基因位点编辑效率不同。筛选仍然需要较大工作量。
基因敲除指利用染色体间基因打靶的原理,通过将设计好的打靶载体导入细胞后,同源臂发生同源重组,从而在基因组的某个特定位点引入预定的突变,获得基因型发生了改变的动物。可以分为基因敲入和基因敲出:基因敲入即引入新的基因或突变;基因敲出即使某个特定的基因得到破坏,可以用于研究基因的功能。
科研人员所使用的“基因编辑技术”,顾名思义,能够让人类对目标基因进行“编辑”,实现对特定DNA片段的敲除、加入等。而CRISPR/Cas9技术自问世以来,就有着其它基因编辑技术无可比拟的优势,技术不断改进后,更被认为能够在活细胞中最有效、最便捷地“编辑”任何基因。
一、与诺奖“擦肩而过”的CRISPR/Cas9技术
这不是CRISPR/Cas9这项明星技术第一次得到人们的关注。在此之前,有着“豪华版”诺奖之称的“2015年度生命科学突破奖”颁发给了发现基因组编辑工具“CRISPR/Cas9”的两位美女科学家——珍妮弗·杜德娜和艾曼纽·夏邦杰。二人更是获得了2015年度化学领域的引文桂冠奖——素有诺奖“风向标”之称,曾被认为是今年诺贝尔化学奖的最有力竞争者。
那CRISPR/Cas9到底是一项什么技术,为何能够获得如此这般青睐,又何以在短短两三年时间内,发展成为生物学领域最炙手可热的研究工具之一,并有近700篇相关论文发表?它将来又会如何影响到我们的生活?
CRISPR/Cas9是继“锌指核酸内切酶(ZFN)”、“类转录激活因子效应物核酸酶(TALEN)”之后出现的第三代“基因组定点编辑技术”。与前两代技术相比,其成本低、制作简便、快捷高效的优点,让它迅速风靡于世界各地的实验室,成为科研、医疗等领域的有效工具。
大家好,我是CRISPR新手。在设计一个白蛋白基因相关的sgRNA,但是白蛋白的序列有17多kb,很多设计工具都无法导入。请问大家我这个问题该怎么解决呀??
http://www.addgene.org/crispr/guide/
科学家发现,细菌在遭遇噬菌体等病毒侵染之后,可以获得其部分DNA(脱氧核糖核酸)片段并整合进基因组形成记忆,当再次遭到入侵时,转录出相应的RNA(核糖核酸),利用其中的“定位信息”引导Cas蛋白复合物定位和切割、彻底地摧毁入侵病毒的DNA。CRISPR/Cas9技术就是利用这一原理,用一种定制的RNA引导Cas,对预设DNA位点进行切割,造成DNA断裂,启动细胞内基因组修复机制,实现基因敲除、特异突变的修复或引入和定点转基因等。
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