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ZYMO RESEARCH/Genomic DNA Clean & Concentrator-25/100 Preps/D4064
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ZYMO RESEARCH/Genomic DNA Clean & Concentrator-25/100 Preps/D4064
品牌 / 
zymoresearch
货号 / 
D4064
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Genomic DNA Clean & Concentrator-25 (DCC) 25
Highlights

  • Quick (5 minute) clean-up of large-sized DNA from any enzymatic reaction or impure preparation without messy precipitations
  • Unique spin column for low volume elution of ultra-pure, high-yield DNA
  • Eluted DNA is ideal for PCR, endonuclease digestion, sequencing, etc.
Description

The Genomic DNA Clean & Concentrator-25 (DCC) is a spin column gDNA clean up kit that provides quick (5 minute) recovery of ultra-pure, large-sized DNA (e.g., genomic, mitochondrial, plasmid (BAC/PAC), viral, phage, (wga) DNA, etc.) from any enzymatic reaction or impure preparation (e.g., Proteinase K digestion). There is no need for organic denaturants, chloroform, or messy precipitations: simply add the specially formulated ChIP DNA Binding Buffer to a sample and then transfer the mixture to the supplied Zymo-Spin Column. Eluted DNA is suitable for sequencing, PCR, endonuclease digestion, and other enzymatic procedures. This gDNA clean up kit is also compatible with smaller DNAs (50 bp to 10 kb) from PCR, digestions, crude plasmid preparations, cDNA synthesis, etc.


Applicable ForEluted DNA is ideal for ligation, sequencing, labeling, PCR, microarray, transfection, transformation, restriction digestion procedures, and any other sensitive downstream application
Elution Volume≥ 35 µl of DNA Elution Buffer
EquipmentMicrocentrifuge
PurityA260/A280 > 1.8, A260/A230 > 1.8
Sample SourceEnzymatic reactions or impure preparations containing genomic DNAs
Sample storageEluted DNA can be used immediately or stored at ≤ -20°C
Size Range50 bp to 200 kb
YieldRecovery of DNA ranges from 70 - 95%

Q1: What is the lower limit and minimal amount of DNA that can be recovered?

Picogram levels of DNA can be recovered. The limitation is based on sensitivity of detection method.

Q2: How to process naked DNA stored in DNA/RNA Shield?

Use the standard protocol (add 2 or 5 volumes of DNA binding buffer depending on DNA size).

Q3: What to do if ethanol addition to the DNA Wash Buffer was omitted?

The DNA will be eluted off the column. Rebind samples using the appropriate amount of DNA Binding Buffer and wash the column with the properly prepared wash buffer.

Q4: What happens if more DNA was loaded on the columns than the stated maximum binding capacity?

Oversaturation of the column can result in total DNA loss due to clogging of silica matrix.

Q5: How many times can columns be reloaded?

We recommend no more than 5 times as binding efficiency might decrease.

Q6: What is the minimum input volume of DNA sample?

Working with volumes below 50 µl can result in decreased recovery. We recommend raising the starting volume to 100 µl with water to ensure optimal binding conditions.



Cat #NameSizePrice
C1102-25Zymo-Spin IIC-XL Columns25 Pack$34.00
D5201-1-50ChIP DNA Binding Buffer50 ml$37.00
C1001-1000Collection Tubes1000 Pack$90.00
C1001-500Collection Tubes500 Pack$52.00
C1001-50Collection Tubes50 Pack$15.00
D4003-2-6DNA Wash Buffer (Concentrate)6 ml$10.00
D4003-2-24DNA Wash Buffer (Concentrate)24 ml$33.00
D3004-4-10DNA Elution Buffer10 ml$14.00
D3004-4-1DNA Elution Buffer1 ml$11.00
D3004-4-4DNA Elution Buffer4 ml$10.00
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基因敲除CruiserCel同源。该酶能够高效特异地识别异源双链的突变位点,并从突变位点的端高效地切割异源双链。基因敲除 特点20min ●特异性极高:精准定位突变位点,准确得出突变数 ●检测范围广:可用于检测的片段用于、、和实验的活性检测、突变效率检测、阳性克隆筛选DNA ●SNP ● ●DNA... 查看更多>
上海邦耀生物科技有限公司在发布的TALEN技术制备基因敲除大鼠供应信息,浏览与TALEN技术制备基因敲除大鼠相关的产品或在搜索更多与TALEN技术制备基因敲除大鼠相关的内容。 查看更多>
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Crispr基因敲除细胞系构建主要实验项目服务 序号 服务项目 具体描述 单价(元) 实验周期 备注 2 Crispr引物设计 每个基因设计2-3对引物 300 4天 包含引物设计、合成费用 3 gRNA质粒构建 一对 查看更多>
赛业(广州)生物科技有限公司是慢病毒转染|基因敲除细胞系|稳转株构建技术服务商之一,从事慢病毒转染|基因敲除细胞系|稳转株构建已经多年。同时,生物在线为您提供众多企业慢病毒转染|基因敲除细胞系|稳转株构建技术服务,您可以搜索更多相关的慢病毒转染|基因敲除细胞系|稳转株构建实验技术服务,以便挑选到性价比高,合适的慢病毒转染|基因敲除细胞系|稳转株构建产品。而生物在线将会为您在慢病毒转染|基因敲除细胞系|稳转株构建方面提供全方位的解决方案。 查看更多>
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基因敲除 基因敲除(knockout)是指一种遗传工程技术,针对某个序列已知但功能未知的序列,改变生物的遗传基因,令特定的基因功能丧失作用,从而使部分功能被屏障,并可进一步对生物体造成影响,进而推测出该基因的生物学功能。基因敲除就是通过同源重组将外源基因定点整合入靶细胞基因组上某一确定的位点,以达到定点修饰改造染色体上某一基因的目的的一种技术。它克服了随机整合的盲目性和偶然性,是一种理想的修饰、改造生物遗传物质的方法。这项技术的诞生可以... 查看更多>
  TALEN (transcription activator-like (TAL) effector nucleases)靶向基因敲除技术是一种崭新的分子生物学工具,现已应用于植物、细胞、酵母、斑马鱼及大、小鼠等各类研究对象。研究发现,Xanthomonas TAL蛋白核酸结合域的氨基酸序列与其靶位点的核酸序列有较恒定的对应关系。研究者们利用来自Xanthomonas TAL的序列模块,构建针对任意核酸靶序列的重组核酸酶,在特异的位... 查看更多>
2017-10-17
CRISPR(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats)是生命进化历史上,细菌和病毒进行斗争产生的免疫武器,简单说就是病毒能把自己的基因整合到细菌,利用细菌的细胞工具为自己的基因复制服务,细菌为了将病毒的外来入侵基因清除,进化出CRISPR系统,利用这个系统,细菌可以不动声色地把病毒... 查看更多>
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阳性克隆筛选方法汇总
——基于ZFN、TALEN、CRISPR/Cas9基因敲除方法



近几年来,基因重组的技术层出不穷,包括TALEN和CRISPR/Cas9在内的重组技术给基础研究提供更为方便和快捷的分子生物学工具。
关于这些技术的具体原理和操作细节,这里不做展开介绍,主要谈一谈在用这些技术进行细胞株构建的过程中,如何做才能加快阳性克隆筛选的步伐,做好这个关键的步骤。
一.混合克隆pool验证
质粒转染后48-72小时后取转染后细胞的pool1000个细胞以上离心,去上清,PBS洗一遍,细胞沉淀溶于适量的PBS中,煮5min后模板就制备好了,剩余的pool细胞做有限稀释,一般5块板足够。
分析敲除位点的上下游序列,设计合适的引物PCR扩增目的基因片段,与野生型目的基因杂交后CruiserTM酶切15-20分钟,酶切产物1.5%-2%凝胶电泳。

上图为混合克隆pool酶切检测,由此图可知此混合克隆pool中有敲除成功的细胞,则进行下一步并计算突变率。这一步尤为重要,很多杂志投稿时需要这张图,或者有计算突变率的要求。
二.阳性克隆筛选
上一步采用有限稀释法接种到96孔板中的克隆,待到单个细胞长到几百到1000个细胞左右时,取出其中的一半细胞提取基因组。分析敲除位点的上下游序列,设计合适的引物,并从提取的基因组中扩出目的片段,然后选择CruiserTM或者T7EI进行酶切分析,最后将酶切分析得到的阳性克隆再进行测序进行最终确认。
此图为两个阳性克隆的酶切结果,先酶切再测序不仅可以避免单一方法出现的假阴性,而且可以满足大部分杂志会要求,以免被要求补数据。
为了可以很快的筛选到阳性克隆可以通过如下几个方式去进行优化:
1、尽可能提高单细胞的存活率
a)对于单个细胞很难存活的细胞,如果是贴壁细胞,可以试着加一些细胞因子促进细胞的分裂;而对于悬浮细胞,则推荐采用CellPlaza(共培养的原理),都可以极大的提高细胞的存活率;
b)对于很容易老化的细胞,推荐对细胞进行永生化改造,永生化的方法有很多,这里不做具体推荐。
2、采用能够快速抽提微量样品基因组DNA的试剂盒
这样的试剂盒,市面上也比较多,但是需要注意选择针对样品量比较少的试剂盒,建议选择Qiagen或者Genloci的微量样品的抽提试剂盒。QIAGEN是老品牌,Genloci这家公司是主要做基因重组的,所以,他们开发的一些产品针对性比较强,而且价格便宜,建议优先使用。
3、设计合理的引物和选用高保真的Taq酶
引物设计推荐选择靠近靶位点上游100bp和下游200bp处,或者上游200bp和下游100bp处,这样的好处是后面进行酶切分析的时候,对于阳性的克隆,可以很容易观察到2条分开的条带。
Taq酶,建议是用NEB的Fusion或者Q5,毕竟敲除本身很大可能也就是2-3个碱基的缺失,所以,高保证是必要的,防止产生假阳性的结果。
4、选择高特异性的错配酶
目前用的比较多的是CELI和T7EI两种酶,CELI是植物来源的一种特异性识别碱基错配的酶,活性高,不会产生假阳性。目前市面上只有CruiserTM和Surveyor和两个品牌。其中Surveyor是进口代理产品,价格较贵,货期较长;CruiserTM价格合适,同时货期短,国内可以2-3天内到货,做到真正质优价廉。
T7EI是NEB的产品,最早并不是为了做基因敲除筛选用的。其最主要的特点是除了识别错配外,还可以识别十字型结构DNA、Holliday结构或交叉DNA、异源双链DNA,正是因为这个特点,很容易导致假阳性的现象。
图1.Holliday交叉(Hollidayjunction),无错配结构
5、选择服务好的测序公司
测序公司往往是比较容易忽略的一个环节,很多人送测序后,拿到的测序结果经常发现没信号,就认为是自己的样品有问题,而不会去怀疑测序公司。实际上是错误的思维方式,测序是苦力活,人员流动比较大,所以经常会发现某一段时间的测序结果总是不好,实际上跟样品无关而跟测序公司的人员流动有很大关系。所以,一定要找一些资质比较好的测序公司,同时,发现问题的时,可以考虑换一家公司再测一遍。
大家好,对于新技术CRISPR/Cas9Talen-基因敲除,这里有一个群,331527578,群里有一些资料,欢迎大家进群学习、交流331527578331527578
话说CRISPR技术的利与弊123
愿萌安好5311262017-10-29
优点:使用方便,构建简单,可以覆盖大多数区域的基因编辑需求,成本低。
缺点:质粒仍然较大,转染难度相对较大。具有碱基识别偏好性,局限了基因编辑的运用范围,而且会导致不同基因位点编辑效率不同。筛选仍然需要较大工作量。
Crispr/cas9是第三代基因敲除技术,上半年频繁发表于Science,Nature等杂志。由于老板有想法做基因敲除,现在在研究这方面的文献。发现其中有很多问题,本人研二,吧里有没有其他人感兴趣。一起交流!QQ415968281
转基因动物(Transgenic animal) 指基因组中整合有外源基因, 并能表达和遗传的一类动物。转基因体系打破了自然情况下的种系隔离, 使基因能在种系遥远的机体间流动, 既可加快家畜品种的改良力度, 提高畜产品品质, 又可生产珍稀药用蛋白.
基因敲除指利用染色体间基因打靶的原理,通过将设计好的打靶载体导入细胞后,同源臂发生同源重组,从而在基因组的某个特定位点引入预定的突变,获得基因型发生了改变的动物。可以分为基因敲入和基因敲出:基因敲入即引入新的基因或突变;基因敲出即使某个特定的基因得到破坏,可以用于研究基因的功能。
1.利用基因同源重组进行基因敲除基因敲除是80年代后半期应用DNA同源重组原理发展起来的。80年代初,胚胎干细胞(ES细胞)分离和体外培养的成功奠定了基因敲除的技术基础。1985年,首次证实的哺乳动物细胞中同源重组的存在奠定了基因敲除的理论基础。到1987年,Thompsson首次建立了完整的ES细胞基因敲除的小鼠模型。直到现在,运用基因同源重组进行基因敲除依然是构建基因敲除动物模型中最普遍的使用方法。2.诱导性基因敲除也是以Cre/loxp系统为基础,但却是利用控制Cre表达的启动子的活性或所表达的Cre酶活性具有可诱导的特点,通过对诱导剂给予时间的控制或利用Cre基因定位表达系统中载体的宿主细胞特异性和将该表达系统转移到动物体内的过程在时间上的可控性,从而在1oxP动物的一定发育阶段和一定组织细胞中实现对特定基因进行遗传修饰之目的的基因敲除技术。人们可以通过对诱导剂给予时间的预先设计的方式来对动物基因突变的时空特异性进行人为控制、以避免出现死胎或动物出生后不久即死亡的现象。常见的几种诱导性类型如下:四环素诱导型;干扰素诱导型;激素诱导型;腺病毒介导型。
载体系统的构建:腺病毒CRISPR系统、双切口CRISPR系统、lentiCRISPR系统、常规CRISPR系统等,根据客户的不同需要,提供个性化载体构建服务。 常规CRISPR/Cas9基因编辑系统示意..
近日,中国科学家利用基因编辑技术——CRISPR/Cas9,对抑制狗骨骼肌生长的基因(MSTN)进行了敲除,培育出两只肌肉发达的“大力神”狗,成功构建了世界首个基因敲除狗模型。

科研人员所使用的“基因编辑技术”,顾名思义,能够让人类对目标基因进行“编辑”,实现对特定DNA片段的敲除、加入等。而CRISPR/Cas9技术自问世以来,就有着其它基因编辑技术无可比拟的优势,技术不断改进后,更被认为能够在活细胞中最有效、最便捷地“编辑”任何基因。

一、与诺奖“擦肩而过”的CRISPR/Cas9技术

这不是CRISPR/Cas9这项明星技术第一次得到人们的关注。在此之前,有着“豪华版”诺奖之称的“2015年度生命科学突破奖”颁发给了发现基因组编辑工具“CRISPR/Cas9”的两位美女科学家——珍妮弗·杜德娜和艾曼纽·夏邦杰。二人更是获得了2015年度化学领域的引文桂冠奖——素有诺奖“风向标”之称,曾被认为是今年诺贝尔化学奖的最有力竞争者。

那CRISPR/Cas9到底是一项什么技术,为何能够获得如此这般青睐,又何以在短短两三年时间内,发展成为生物学领域最炙手可热的研究工具之一,并有近700篇相关论文发表?它将来又会如何影响到我们的生活?

CRISPR/Cas9是继“锌指核酸内切酶(ZFN)”、“类转录激活因子效应物核酸酶(TALEN)”之后出现的第三代“基因组定点编辑技术”。与前两代技术相比,其成本低、制作简便、快捷高效的优点,让它迅速风靡于世界各地的实验室,成为科研、医疗等领域的有效工具。
CRISPRCas9基因敲除sgRNA设计123
火力全垲2021-08-12

大家好,我是CRISPR新手。在设计一个白蛋白基因相关的sgRNA,但是白蛋白的序列有17多kb,很多设计工具都无法导入。请问大家我这个问题该怎么解决呀??

在一项新的研究中,来自美国北卡罗来纳州立大学的研究人员利用CRISPR-Cas系统开发出能够识别出特定的细菌菌株,切割它们的DNA,从而消除感染,而且经证实选择性除去特定的细菌菌株同时不影响有益的细菌群体是可行的。这种新方法是利用很多细菌中存在的被称作CRISPR-Cas的免疫系统来发挥作用的。这种CRISPR-Cas系统作用机制如下所示:产生小片段被称作CRISPRRNA的RNA链,与一种特定入侵者中特异性的DNA序列匹配,当这些CRISPRRNA找到这样的匹配DNA序列时,它们释放Cas蛋白来切割这种DNA序列。在这项研究中,经设计让CRISPRRNA匹配细菌自身的靶DNA序列能够让细菌自杀,这是因为细菌的CRISPR-Cas系统攻击它自身的DNA序列;在存在不同细菌组合的培养物中测试了这种方法,并且能够只清除特定的细菌菌株;这种方法清除了一种细菌物种的菌株,但是不能清除相同物种中的另一种菌株,尽管它们的基因组序列99%是相同的。
Overview of CRISPR/Cas9

http://www.addgene.org/crispr/guide/
中山大学人类胚胎遗传性致病基因修复实验采取了CRISPR/Cas9基因编辑技术。该技术是近年在锌指核酸酶(ZFN)技术、类转录激活样效应因子核酸酶(TALEN)技术之后出现的新型基因编辑技术,原理来自细菌的适应性免疫防御机制。相比传统的基因打靶技术和其他基因编辑技术,CRISPR/Cas9更为精确、高效和经济。
  科学家发现,细菌在遭遇噬菌体等病毒侵染之后,可以获得其部分DNA(脱氧核糖核酸)片段并整合进基因组形成记忆,当再次遭到入侵时,转录出相应的RNA(核糖核酸),利用其中的“定位信息”引导Cas蛋白复合物定位和切割、彻底地摧毁入侵病毒的DNA。CRISPR/Cas9技术就是利用这一原理,用一种定制的RNA引导Cas,对预设DNA位点进行切割,造成DNA断裂,启动细胞内基因组修复机制,实现基因敲除、特异突变的修复或引入和定点转基因等。
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