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HLA基因分型方法:RFLP法
来自 : 蚂蚁淘

RFLP

1)常规制备DNA

盐析法

1.用淋巴细胞分离液从抗凝血中分离出白细胞。

2.3ml细胞悬液加10ml红细胞裂解液溶解红细胞两次,再加2ml白细胞裂解液溶解白细胞。

3.50μl10SDS70μl蛋白酶K消化蛋白质,37℃过夜或553h

4.0.25体积饱和醋酸钠溶液,剧烈摇动15s

5.2000r/min离心15min,收集上清。

6.加入2.5倍预冷无水乙醇沉淀DNA,-20℃过夜。

7.吸取DNA团块用70%乙醇洗3次,每次10000r/min10min。再溶于适量TE缓冲液中,4℃保存。

酚抽提法

1.采集EDTA抗凝血0.5ml,加双蒸水2.5ml,溶解红细胞。

2.离心10000r/min5min,弃上清。

3.0.5ml生理盐水,混匀,离心10000r/min5min,弃上清。

4.500μlTES,混匀,再加20SDS25μl,蛋白酶K4μl55℃水浴4h37℃水浴过夜。

5.加等体积饱和酚,混匀,离心10000r/min5min,吸取上层水相,再加等体积饱和酚抽提一次。

6.加等体积氯仿:异戊醇再抽提一次。

7.吸取上层液,加1/10体积醋酸钠,2.5倍体积无水乙醇,混匀,-20℃过夜,沉淀DNA

8.吸出DNA团块,用预冷70%乙醇洗1次,弃尽液体,真空抽干DNA,加适量TE溶解。4℃保存。

2限制性内切酶消化

在无菌EP管中依次加入双蒸去离子水7μl10×缓冲液2μl,限制性内切酶1μlDNA10μl。反应体系含1×缓冲液、DNA5μg、酶10U。稍离心以混匀,37℃水浴11.5h。酶解结束后向反应管中加1/10体积的终止液终止反应,冷却至4℃,准备电泳。

3琼脂糖凝胶电泳

1.配制1%琼脂糖凝胶板:取0.4g琼脂糖加40mlTBE,微波炉熔化,加少量双蒸水补充蒸发的水分,将其冷却至60℃,倒入凝胶槽内,充分凝固后拔出样品梳。

2.从制胶槽中卸下凝胶板,放入电泳槽,加入1×TBE,使其液面略高于琼脂糖板。

3.DNA样品按41的比例加样液,全部加样于琼脂糖板的样品孔中。

4.电泳80V,约2h

5.取出凝胶板,置溴化乙锭溶液中染色30min

6.紫外灯下观察结果,可用全色黑白胶卷拍照,镜头加红色滤色镜,光圈2,速度1540s

4)分子杂交

DNA转移

1.将琼脂糖凝胶切下,放入盛有变性液的搪瓷盘中,浸泡1520min,用蒸馏水洗涤23次,用中和液再浸泡1520min

2.取一托盘放入10×SSC缓冲液,托盘上放一转移用支架,支架上搭滤纸桥,使溶液能够虹吸上来。

3.在支架上依次放入Whatman3MM滤纸,处理好的凝胶,硝酸纤维素膜,Whatman3MM滤纸,吸水纸,玻璃板,适量重物5001000g

4.4℃冰箱转移1216h,中间更换吸水纸。转移结束后,去除上面的东西,用镊子将膜取出,用清水冲洗一下后,让膜自然晾干。

5.80℃真空干燥2h,将DNA固定于膜上,保存于干燥处待用。

预杂交液

将转移好的硝酸纤维素膜用2×SSC溶液浸透,装入可加热封口的杂交袋中,按0.2ml/cm2加入适量预杂交液,用塑料热封口机封口。于3742预杂交46h

杂交

1.将塑料袋剪一小口,取出预杂交液。

2.将标记好的探针加热变性,煮沸7min,骤冷至0℃,加入杂交液。

3.将含探针的杂交液加入袋中,封口。

4.42℃水浴杂交20h,取出杂交液。

洗膜

1.1×SSC0.1SDS室温15min×2

2.0.25×SSC0.1SDS室温15min×2

放射自显影

1.洗涤后的膜置于干净的滤纸上,室温自然晾干。

2.用塑料薄膜包好膜,做好标记。

3.在暗室内将2X线胶片放在增感屏的内侧,并将硝酸纤维素膜放在2X线胶片之间。

4.盖严暗盒,放-50℃冰箱放射自显影27天。

5.在显影液中显影24min

6.在定影液中定影20min

7.用清水洗胶片20min,晾干,读片检测结果。

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