Cell death or cytotoxicity is classically evaluated by the quantification of plasma membrane damage. Lactate dehydragenase (LDH) is a stable enzyme, present in all cell types, and rapidly released into the cell culture medium upon damage of the plasma membrane. LDH activity, therefore, can be used as an indicator of cell membrane integrity and serves as a general means to assess cytotoxicity resulting from chemical compounds or environmental toxic factors. BioPioneer’s LDH Cytotoxicity Assay Kit measures LDH activity present in the culture medium using a coupled two-step reaction. In the first step, LDH catalyzes the reduction of NAD+ to NADH and H+ by oxidation of lactate to pyruvate. In the second step of the reaction, WST-1 uses the newly-formed NADH and H+ to catalyze the reduction of a tetrazolium salt to highly-colored formazan which absorbs strongly at 450-490 nm.
Kit Components:
WST-1 substrate Mix
Assay Buffer
Cell Lysis Buffer
Stop Solutions
LDH (0.1mg/ml)
User Manual
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对于新手来说购买反转录试剂盒是比较理想的,买一个kit看看说明书操作就可以了。推荐两款kit TAKARA和HaiGene,这两款试剂盒都能对RNA样品中的gDNA有效去除,因此对RNA质量的要求不高。TAKARA的RR047A操作方便,反转录温度为37℃,对于大多数试验来讲是满足要求的。HaiGene的D0401操作要多一个步骤,但其反转录温度是55℃(耐高温的反转录酶),提高了反转录温度使得高GC含量、复杂模板、长mRNA的模板都能有效反转录,因此其反转录效率更高,更能够获得样本中基因的真实表达量。如果后续试验是RealTime PCR、ORF克隆、高GC含量、或者你的待研究基因结构复杂程度未知,还是选用耐高温的反转录酶更理想。对于反转录高手来说,直接购买反转录酶、再购买Rnase Inhibitor自己配制反转录体系就可以了。对于样本量大的课题组来讲,相对还是比较经济的。选择反转录酶时仅需要考虑是否需要耐高温的酶,来克服目的基因的复杂结构就可以了。PROMEGA、TAKARA、HaiGene、 TRANSGEN等品牌的反转录酶性价比还都是不错的。Life、NEB的也不错,不过性价比一般,不一一解释了。
cDNA完整序列的获得对基因结构、蛋白质表达、基因功能的研究至关重要。
完整的cDNA 序列可以通过文库的筛选和末端克隆技术获得。
末端克隆技术是20世纪80年代发展起来的。RACE(rapid-amplification of cDNA ends)是通过PCR进行cDNA末端快速克隆的技术。
RACE的优点
与筛库法相比较,有许多方面的优点
1)此方法是通过PCR技术实现的,无须建立cDNA文库,可以在很短的时间内获得有利用价值的信息。
2)节约了实验所花费的经费和时间。
3)只要引物设计正确,在初级产物的基础上可以获得大量的感兴趣基因的全长。
实验室现有的RACE试剂盒的简介
RACE是一种从一个相同的cDNA模板进行5‘和3‘末端快速克隆的方法。此方法会产生较少的错误条带。此过程中使用的酶混合物非常适合长链PCR。
使用此方法的要求是必须知道至少23-28个核苷酸序列信息,以此来设计5’末端和3‘末端RACE反应的基因特异性引物(GSPs)。
RACE引物的设计:
基因特异性引物(GSPs)应该是:
23-28nt
50-70%GC
Tm值≥65度,Tm值≥70度可以获得好的结果
需要实验者根据已有的基因序列设计5‘和3‘RACE反应的基因特异性引物(GSP1和GSP2).由于两个引物的存在,PCR的产物是特异性的。
反应中涉及到的一些事项
cDNA的合成起始于polyA RNA。如果使用其它的基因组DNA或总RNA,背景会很高。
RACE PCR的效率还取决于总的mRNA中目的mRNA的量和不同的引物有不同的退火和延伸温度。
在进行5‘和3’RACE PCR的时候应该使用热启动。
表4中给出了所有引物的相互关系。重叠引物的设计会对全长的产生有帮助。另外,重叠的引物可以为PCR反应提供一个对照。并不是绝对的要利用设计的引物产生重叠片段。
引物GSP中的GC含量要在50-70%之间。这样可以使用降落PCR。避免使用自身互补性的引物序列,否则会产生回折和
如果要用重叠片段来检测设计的引物,GSp1和GSp2之间至少是100-200碱基。只有这样才可以用扩增的产物来鉴定设计的引物是否正确。
降落PCR可以明显的增加RACE PCR产物的特异性。在最开始的循环中,退火温度高于AP1引物的Tm值,可以增加对特异性条带的扩增。随后的退火和延伸的温度降回到AP1的温度,可以进行随后的PCR循环。
形成分子内氢键。另外,避免使用与AP1互补的引物,尤其是在3‘末端。
验证基因特异性引物的对照:
单个引物的阴性对照:只用一个引物GSP来进行阴性对照。这样不应该产生任何的条带。如果可以看到明显的产物,应该改变循环的参数,或重新设计原始引物。
利用两个GSPS进行阳性对照:(只有两个GSP可以产生重叠的时候才可以采用此步。)为了确定RNA样品中目的基因确实表达,利用两个GSP和接头连接的cDNA来产生阳性对照。可以产生两个引物之间的重叠大小的片段。如果没有这个片段,应该重复cDNA的合成,或者从一个不同的组织或细胞来源进行cDNA的合成。
制备和抽提polyA RNA
不要使用DEPC处理过的水。
纯化完mRNA之后,利用琼脂糖凝胶电泳检测mRNA的质量。哺乳动物的mRNA样品是0.5-12kb的拖带,在其中有4.5和1.9kb的rRNA的条带。非哺乳动物的mRNA应略小。
具体的实验步骤
cDNA第一条链的合成:
我们建议进行cDNA合成的对照反应,这样可以对样品的cDNA的合成进行鉴定。加入各种试剂之后,在气浴中42度保温一个小时。
注意: 在水浴或酒精浴中保温回减少反应体积,从而降低第一链的合成效率。
将管放于冰上,以终止第一链的合成反应。
直接进行第二链的合成。
cDNA第二链的合成:
第二链合成的酶混合物中,含有聚合酶、RNaseH和连接酶。T4 DNA聚合酶的功能是补平dscDNA的末端。我们建议做阳性对照,试剂盒中提供人类骨骼肌的mRNA。
建议进行阳性对照,cDNA的质量取决于制备的polyA RNA的质量。非哺乳动物样品的mRNA大约在0.5-3kb之间。
通过电泳检测cDNA的产量,与对照进行对比,这样可以有利于在以后的步骤中对cDNA进行稀释。
接头的连接及连接产物的稀释
按照程序进行连接反应。
如果没有对比样品和对照的产量,利用Tricine-EDTA buffer制备接头连接的ds cDNA的1/50和1/250的稀释物,用两种稀释物进行以下的RACE PCR反应,直到鉴定出哪一种稀释可以得到好的效果。
RACE-PCR扩增
进行5’和3’的RACE-PCR扩增。
利用以下的程序进行降落PCR反应:
注意:
我们建议使用降落PCR反应,这就要求GSP的Tm值≥70度。
当循环结束时,利用1.2%琼脂糖凝胶电泳分析每一个管中的产物5μl,使用适当的分子量marker。
可以根据你的基因的特异性来设计最理想的循环参数。如果看不到带或者只有微弱的带,在68度多加5个循环。最佳的延伸时间取决于扩增条带的长度。如果片断的长度在2-5kb的时候,经常使用4min,0.2-2kb的时候将延伸时间减到2-3min,对于5-10kb的条带,延伸时间增加到10min。
RACE产物的验证:
应该对RACE的片段进行验证,以此来确定是否已经扩增了理想的产物。如果得到的是多条带或者研究的是多基因家族的成员,验证是非常有用的。
有3种验证RACE产物的方法:
(1)比较由GSP和NGSP获得RACE产物。
(2)Southern blot
(3)克隆并测序
我们建议最好测得RACE产物的部分序列。有的时候需要嵌套引物的存在。
比较由GSP和NGSP获得RACE产物
对于5‘末端的RACE产物,比较由AP1和GSP1扩增出来的产物和由AP1和NGSP1扩增出来的产物。
对于3‘末端的RACE产物,比较由AP1和GSP2扩增出来的产物和由AP1和NGSP2扩增出来的产物。这对于鉴定多条带是否是上一个PCR的特异性产物是非常有用的。
如果条带是正确的,在嵌套PCR反应中的条带应该是略微小一些。基本PCR和嵌套PCR产物的迁移率的不同取决于cDNA结构中GSP1和嵌套引物的位置。
RACE产物的克隆和测序:
可以利用胶回收试剂盒来回收RACE产物,此试剂盒适合回收2.5kb以下的RACE产物;对于长的片段,可以通过电洗脱获得好的结果。如果你选择使用其他的纯化方法,最后用Tricine-EDTA buffer 30μl重新悬浮DNA样品。
电泳5μl回收的样品来鉴定回收的质量。
将回收的PCR产物直接克隆到/A型的PCR克隆载体中。另外还可以利用接头和/或cDNA合成引物中的Not1、Srf1、Xma1、ECOR1等酶切位点,将产物克隆到常规载体中.
对于5‘端的RACE产物,我们建议挑取至少8-10个不同的克隆以获得5‘端的最大可能性的序列。(反转录并不总是进行到mRNA模板的5’末端,尤其是长模板。另外,T4 DNA聚合酶会移走5‘末端的0-20个碱基。)
一旦鉴定了含有插入片断的克隆,应该获得多的序列信息。理想的是,可以对整个开放读码框进行测序。包括5‘和3‘的非翻译区。
全长cDNA的获得
通过部分或全部测序鉴定了RACE产物后,可以通过两种选择获得全长的cDNA。
通过PCR的方法获得全长cDNA:
扩增长的cDNA需要较长的延伸时间,但是如果延伸的时间过长,可以产生拖带,所以要慎重的设计引物。
根据从5‘和3‘RACE产物获得序列信息设计5’和3‘GSP引物。这些引物应该来自cDNA的3’或者5‘的末端,应该是23-28nt长。不应该在引物的末端加上限制性位点,这样会导致高背景。在某些时候可以设计3’和5‘的嵌套引物。但是还是应该先利用一对引物进行PCR反应。
进行如下的热循环:
94度 30秒
25个循环 94度 5秒
72度 2-15分钟
延伸的时间应该等于预期的cDNA长度加上2分钟。例如:预期得到6kb的条带,用6+2=8分钟的延伸时间。
注意:如果没有条带或者条带弱,增加5个循环;或者优化PCR的条件。
在1.2%的琼脂糖凝胶上分析5μl的样品。通常情况下,可以见到一条单一带,如果这样,利用胶来纯化全长的cDNA。
制备1.2%的TAE buffer制备琼脂糖凝胶。不使用TBE buffer,TBE的胶很难制备全长的cDNA。
将剩下的45μl反应物点样,选用适当的marker。
利用长波紫外观察cDNA(≥300nm)切下全长的cDNA。注意:应该尽量减少紫外对cDNA的照射。
利用胶回收试剂盒回收cDNA。此试剂盒适合回收2.5kb以下的RACE产物;对于长的片段,可以通过电洗脱获得好的结果。如果你选择使用其他的纯化方法,最后用Tricine-EDTA buffer 30μl重新悬浮DNA样品。
将全长的cDNA克隆到T/A型的 PCR克隆载体中。
1.模板提取(一般为RNA):Trizol、氯仿、异丙醇、无水乙醇、DEPC处理水
2.模板浓度测定:分光光度计或NanoDrop
3.逆转录:逆转录试剂盒(或者一步法试剂盒),这一步可以用普通PCR做,也可以用水域做。
4.荧光定量PCR试剂:通常有用SYBR Green Mix做的,但是这里建议你用EvaGreen做,灵敏度和平行性都要好于SYBR Green,并且如果你那是ABI或者Stratagene的PCR如果用SYBR Green还需要加一步Rox很麻烦。
5.其他:除了以上的那些还需要离心管、PCR管或板(Axygen反应比较好)、移液枪等,暂时就想到这么多。
步骤:1,RNA抽提(同RT)
2,逆转录,使用合成的oligo
3,p内参
4,使用根据已知序列设计的上游引物和提供下游引物做PCR,注意设计上游引物是退火温度与下游引物相差不大。
5,产物切胶回收,TA克隆测序
这个oligo和下游引物是我根据Takara和BD公司的manual自己设计的,经过我的使用效果很好。具体操作参照takara的3-racemanual。你先做3-race,了解熟悉下,成功后再做5-race。5-race要买试剂盒做,较为复杂!
检测HIV感染者体液中病毒抗原和抗体的方法,操作方便,易于普及应用,其中抗体检测尤普通。但HIv P24抗原和病毒基因的测定,在HIV感染检测中的地位和重要性也日益受到重视。
抗体检测
抗体检测
血清中HIV抗体是判断HIV感染的间接指标。根据其主要的适用范围,可将现有HIV抗体检测方法分为筛检试验和确证试验。
确证试剂
筛检实验阳性血清的确证最常用的是Western blot(WB),由于该法相对窗口期较长,灵敏度稍差,而且成本高昂,因此只适合作为确证实验。随着第三代和第四代HIV诊断试剂灵敏度的提高,WB已越来越满足不了对其作为确证实验的要求。
FDA批准的另一类筛检确证试剂是-免疫荧光-试验(IFA)。IFA比WB的成本低,而且操作也相对简单,整个过程在1-1.5小时内即可结束。此法的主要缺点是需要昂贵的荧光检测仪和有经验的专业人员来观察评判结果,而且实验结果无法长期保存。现在FDA推荐在向WB不能确定的供血员发布最终结果时以IFA的阴性或阳性为准,但不作为血液合格的标准。
筛检试验
筛检试验主要用于对供血员进行筛查,因此要求操作简便,成本低廉,而且灵敏、特异。2012年,世界上主要的筛检方法仍然是ELISA,还有少数的颗粒凝集试剂和快速ELISA试剂。ELISA有很高的灵敏度和特异性,操作简单,仅需要实验室配备酶标仪和洗板机即可应用,特别适合于试验室大规模筛检使用。
颗粒凝集实验是另一种操作简单方便,成本低廉的检测方法,该方法结果可通过肉眼判定,灵敏度很高,特别适合发展中国家或大量筛选供血员时使用,缺点是必须使用新鲜样品,特异性较差。
80年代后期发展起来的斑点印迹检测(Dot-blot assay)是一种快速ELISA(Rapid ELISA)方法,这种方法操作极为简便,过程短暂,整个过程多数在5-10分钟内甚至3分钟内即可结束,但该法比ELISA和颗粒凝集试剂昂贵得多。
人类免疫缺陷病毒抗体口腔粘膜渗出液检测试剂盒(胶体金法)就属于侧向免疫层析法(金免疫)类别,基于免疫层析技术通过手工操作、肉眼读取结果、20分钟即可定性得出检测结果的快速诊断试剂,用于检测口腔粘膜渗出液样本中的HIV-1型和HIV-2型抗体。可用于自愿咨询检测、不愿采血、晕针患者的初筛。该方法适用于初筛检测,凡由该试剂测定为阳性者,需进行进一步筛查确认。[3]
【HIV阴性】说明从人体内检测不到HIV抗体,阴性符号以(-)表示。不能说没有感染HIV, 要看是什么时候检测的,在窗口期内,感染者的体内还没有产生HIV抗体,或还没有产生足量的HIV抗体,这时HIV检测是阴性结果,如果在窗口期之后检测的,可以排除感染HIV的可能。
【HIV阳性】说明从人体内检测到了HIV抗体,阳性符号以(+)表示。
【检测结果不定因素】
感染还处于窗口期:从HIV进入体内到检测这段时间还不够长,因此血清还没有形成典型的抗体反应
艾滋病进展到终末期,抗体水平下降
其他非病毒蛋白抗体的交叉反应:自身免疫性疾病、某些恶性疾病、怀孕、输血或器官移植等情况下,身体可以产生一些抗体,其反应与HIVP24核心蛋白抗体引起的反应很相似
抗原检测
病原检测主要指用病毒分离培养、电镜形态观察、病毒抗原检测和基因测定等方法从宿主标本中直接检测病毒或病毒基因。由于前两种方法难度大,且需要特殊设备和专业技术人员。因此仅抗原检测和RT-PCR(反转录-PCR)可用于临床诊断。HIV-1P24抗原检测可用于HIV-1抗体不确定或窗口期的辅助诊断;HIV-1抗体阳性母亲所生婴儿早期的辅助鉴别诊断;第四代HIV-1抗原/抗体ELISA试剂检测呈阳性,但HIV-1抗体确认阴性者的辅助诊断。P24抗原检测一般用ELISA双抗体夹心法试剂,试剂必须经过SDA批准注册、在有效期内,其阳性结果必须依据试剂说明书经中和试验确认。HIV-1P24抗原检测的敏感性为30-90%,该结果仅作为HIV感染的辅助诊断依据,不能据此确诊;HIV-1 P24抗原检测阴性只表示在本试验中无反应,不能排除HIV感染,临床中一般不作为常规诊断项目。
核酸检测
HIV核酸检测可用于HIV感染的辅助诊断、病程监控、指导治疗方案及疗效判定、预测疾病进展等。常用的HIV病毒载量检测方法包括逆转录PCR实验(RT-PCR)、核酸序列扩增实验(NASBA)、分支DNA杂交实验(bDNA)以及实时荧光定量PCR技术。值得注意的是,每一种HIVRNA定量系统都有其最低检测限,即可以测出的最低拷贝数或国际单位,RNA定量检测时未测出不等于样品中不含有病毒RNA,因此HIV核酸定性检测阴性,只可报告本次实验结果阴性,但不能排除HIV感染;HIV核酸检测阳性,可作为诊断HIV感染的辅助指标,不能单独用于HIV感染的诊断。报告HIV核酸定量检测结果时应按照仪器读数报告结果,注明使用的实验方法、样品种类和样品量,当测定结果小于最低检测限时,应注明最低检测限水平。
HIV核酸定性检测也可用于HIV感染的辅助诊断,在分析HIV基因亚型和变异等基础研究中应用。通常使用PCR或RT-PCR技术,使用分子生物学实验室通用的扩增试剂,引物可来自文献或自行设计,应尽量覆盖所有或常见的毒株,也可使用复合引物。报告定性检测结果时应注明反应条件和所使用的引物序列。此外,利用核酸检测方法的高度敏感性,使用集合核酸扩增检测技术和方法,对高度怀疑感染人群且抗体阴性的样品进行集合核酸检测,可及时发现窗口期感染者。该方法较单份样品的核酸检测具有更高的成本效益。aware天猫
2.模板浓度测定:分光光度计或NanoDrop
3.逆转录:逆转录试剂盒(或者一步法试剂盒),这一步可以用普通PCR做,也可以用水域做。
4.荧光定量PCR试剂:通常有用SYBRGreenMix做的,但是这里建议你用EvaGreen做,灵敏度和平行性都要好于SYBRGreen,并且如果你那是ABI或者Stratagene的PCR如果用SYBRGreen还需要加一步Rox很麻烦。
5.其他:除了以上的那些还需要离心管、PCR管或板(Axygen反应比较好)、移液枪等,暂时就想到这么多。
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