来自北卡罗来纳大学教堂山分校，NIH等处的研究人员利用一种新型方法，分析了酵母转录因子Rap1在整个基因组中的结合动态，从而可以更好研究这一转录因子的功能，这一方法将有助于科学家们实时分析转录情况，相关成果公布在Nature杂志上。 对于这一成果，来自法国国家科学研究中心的François Parcy表示，在生物学中，了解转录调控的规律发展十分重要，譬如染色质免疫共沉淀测序技术(chromatin immunoprecipitation (ChIP)-seq)或者外显子测序技术(ChIP-exo)之类的方法，能极大的方便全基因组水平，转录因子结合位点的识别…… 而另外来自加州大学圣地亚哥分校的Trey Ideker和Rohith Srivas则认为，染色质免疫共沉淀微阵列技术(chromatin immunoprecipitation on array, ChIP-chip)或者ChIP-seq都......阅读全文 昆明动物所等揭示核仁应激导致脂肪积累机理脂滴（lipid droplets）是重要的细胞器，对维持细胞正常的能量代谢和生理功能至关重要。脂滴与其它细胞器相互作用，响应细胞内外环境变化，动态调节细胞的脂类代谢和能量平衡。当细胞器功能改变时，不仅会引起细胞器应激反应（如内质网非折叠蛋白反应、线粒体非折叠蛋白反应），还将导致能量代谢变化（肥 昆明动物所等揭示核仁应激导致脂肪积累机理脂滴（lipid droplets）是重要的细胞器，对维持细胞正常的能量代谢和生理功能至关重要。脂滴与其它细胞器相互作用，响应细胞内外环境变化，动态调节细胞的脂类代谢和能量平衡。当细胞器功能改变时，不仅会引起细胞器应激反应（如内质网非折叠蛋白反应、线粒体非折叠蛋白反应），还将导致能量代谢变化（肥 染色质高级结构变化调控细胞凋亡的新机制真核生物DNA通过缠绕组蛋白八聚体形成以核小体为重复单元的串珠结构，再通过形成远距离的染色质环等高级结构而存储于细胞核中。近年来研究表明染色质高级结构在维持基因表达和细胞命运决定等方面发挥重要作用，且染色质高级结构的形成和维持需要特定转录因子的介导。多功能转录因子CCCTC结合因子（简称：CTC 分子生物学绪论（三）2 基因组研究的发展 目前分子生物学已经从研究单个基因发展到研究生物整个基因组的结构与功能。1977年Sanger测定了ΦX174-DNA全部5375个核苷酸的序列；1978年fiers等测出SV-40DNA全部5224对碱基序列；80年代λ噬菌体DNA合部48502碱基对的序列全部 中科院学者Nature Protocols：空间转录组测序新技术在真核细胞中，转录组的空间组织已经成为调节RNA转录后命运的一种有力手段，但是一般研究采用的是原位杂交或者原位的荧光染色，这项技术操作困难且通量低。近期来自中科院生物化学与细胞生物学研究所细胞生物学国家重点实验室等处的研究人员作建立了一种可以获得具有空间位置信息的少量细胞转录组图谱的技术方法：G 山东大学Cellstemcell干细胞研究新成果来自山东大学医学院和密歇根大学的研究人员发表了题为\"The Histone Acetyltransferase MOF Is a Key Regulator of the Embryonic Stem Cell Core Transcriptional Network”的研究论文，证实组 年终盘点：2016年国内不容错过的重磅生物研究时间总是过得很快，2016年马上就要过去了，迎接我们的将是崭新的2017年，2016年，我国有很多优秀科研机构的科学家们都做出了意义重大、影响深远的研究成果，发表在国际顶级期刊上。本文中小编盘点了2016年我国科学家发表的一些重磅级研究，以饕读者。 --结构生物学 -- 1.清华大学 施一 Mol Cancer成果教您如何写出外泌体的10分文章2020年3月20日，云序客户上海交通大学附属第一人民医院田聆教授课题组在高分期刊Moleular Cancer杂志（影响因子10.679）发表了关于外泌体在胰腺癌肿瘤再生长中的研究。肿瘤再生长是放射治疗失败的主要原因。以往的研究表明，死亡的肿瘤细胞通过促进残留的肿瘤再生细胞(TrCs)的增殖， Nature全面解析宫颈癌波士顿、墨西哥和挪威的研究人员，对挪威和墨西哥的宫颈癌患者群体，进行了全面的基因组分析。他们鉴定了在宫颈癌中反复出现的新突变，还进一步解析了人乳头瘤病HPV对宫颈癌发展的作用。文章发表在本期的Nature杂志上。 宫颈癌是女性中的第二大癌症，在发展中国家尤其常见，因为在那里早期筛查还不普遍 7月11日Nature杂志生物学精选封面故事:肠道中的噬菌体 噬菌体在哺乳动物肠道中与它们的细菌宿主大量自然共存。抗生素处理会负面影响肠道环境，造成免疫和代谢缺陷。以前，肠道平衡的破坏主要是在细菌层面上被研究的，但在这项研究中James Collins及同事却采用 \"比较元基因组学”方法来分析在用抗生素处理后小鼠肠道 科学家绘制褐牙鲆全基因组精细图谱近日，中国水产研究院黄海水产研究所研究员陈松林领导的研究组与上海海洋大学、德国维尔茨堡大学、葡萄牙阿尔加夫大学、深圳华大基因研究院等单位合作，破译了褐牙鲆全基因组序列，通过与半滑舌鳎全基因组比较分析，初步揭示了比目鱼变态发育的分子机制。该研究成果发表于《自然—遗传学》。 通过与半滑舌鳎全基因组 科学家绘制褐牙鲆全基因组精细图谱近日，中国水产研究院黄海水产研究所研究员陈松林领导的研究组与上海海洋大学、德国维尔茨堡大学、葡萄牙阿尔加夫大学、深圳华大基因研究院等单位合作，破译了褐牙鲆全基因组序列，通过与半滑舌鳎全基因组比较分析，初步揭示了比目鱼变态发育的分子机制。该研究成果发表于《自然—遗传学》。 通过与半滑舌鳎全基因组 中国种茶树全基因组密码破解记者从安徽农业大学获悉，该校茶树生物学与资源利用国家重点实验室宛晓春教授研究团队，联合深圳华大基因等单位，破解了世界上分布最广的中国种茶树的全基因组信息，成果日前在线发表于《美国科学院院刊》上。 世界主栽茶树分属两个变种：即中国种和阿萨姆种，前者叶小，分布广泛，适制绿茶等六大茶类；后者叶大，主 3月14日 Nature 杂志生物学精选 新兴的致病性冠状病毒hCoV- EMC(2012年9月首次被发现)对迄今被感染的少数人当中大约一半来说都是致命的。现在，Bart Haagmans及其同事识别出了该病毒用来感染细胞的受体。与相关病毒SARS-CoV(它所利用的是\"血管紧缩素转化酶-2”)形成对比的是，hCoV- 3月14日《自然》杂志内容精选新方法可发挥核磁共振更大潜力 虽然核磁共振对很多科学和医学领域来说是一个强大的分析工具，但通常其潜在功能只有一部分得到利用。大多数应用都是定性的，限于所研究的相关性质。Dan Ma及其同事推出一种新方法，称之为\"磁共振指纹获取法”，旨在大大增加从一次测量中可以获得的定量信息量。他们的方法结合了 3月14日《自然》杂志精选 新方法可发挥核磁共振更大潜力 虽然核磁共振对很多科学和医学领域来说是一个强大的分析工具，但通常其潜在功能只有一部分得到利用。大多数应用都是定性的，限于所研究的相关性质。Dan Ma及其同事推出一种新方法，称之为\"磁共振指纹获取法”，旨在大大增加从一次测量中可以获得的定量信息量。他们 9篇Nature文章同时发表 贺福初课题组发现肝癌治疗新靶点在2019年2月27日，同时有9篇Nature文章是有中国学者/华人发表的，具体的成果如下面所介绍： 北京生命组学研究所贺福初，复旦大学附属中山医院樊嘉，国家蛋白质科学中心钱小红共同通讯发表题为\"Proteomics identifies new therapeutic targets of 定位候选克隆 当前，人类基因组研究的重心正在由\"结构”向\"功能”转移，一个以基因组功能研究为主要内容的所谓\"后基因组时代”(post-genomics)，也即功能基因组(functional genomics)时代，即将到来。如何获取基因的功能信息，即与人类重大疾病和重要生理功能相关的基因信息，就摆在了我们面前。 长链非编码RNA: 从科研到临床长链非编码RNA (LncRNA)是一类真核生物中长度大于200 nt的非编码RNA分子；根据其与邻近基因的位置可以分为反义lncRNA、增强子lncRNA、基因间lncRNA、双向lncRNA、和内含子lncRNA；它具有多种作用机制，比如在细胞核中作为分子支架、协助可变剪接、调节染色体结构 2019年中国学者86篇Cell，Nature及Science文章汇总2019年上半年很快就结束了，iNature盘点了中国学者在Cell，Nature及Science发表的成果，我们发现总共有86篇（截至2019年6月24日），具体介绍如下： 4-6月发表的文章 【1】2019年6月21日，西北工业大学王文，中科院昆明动物研究所/BGI 张国捷及丹麦哥本哈根 Science杂志最受关注的文章（9月）美国的《Science》杂志由爱迪生投资创办，是国际上著名的自然科学综合类学术期刊，与英国的《Nature》杂志被誉为世界上两大自然科学顶级杂志。Science杂志主要发表原始性科学成果、新闻和评论，许多世界上重要的科学报道都是首先出现在Science杂志上的，比如艾滋病与人类免疫缺陷病毒之间的 盘点9月Science 最受关注的8篇论文美国的《Science》杂志由爱迪生投资创办，是国际上著名的自然科学综合类学术期刊，与英国的《Nature》杂志被誉为世界上两大自然科学顶级杂志。Science杂志主要发表原始性科学成果、新闻和评论，许多世界上重要的科学报道都是首先出现在Science杂志上的，比如艾滋病与人类免疫缺陷病毒之间的 DNA甲基化预测 实验概要本实验分别对DNA片段、基因、启动子和外显子进行了甲基化的计算预测，并且随机选择了1000甲基化的和1000未甲基化的个体进行预测。用于甲基化预测的特征有：GC相关特征、四联体频率、转录因子结合位点(TFBSs)。所有预测方法均采用Weka提供的软件进行。实验步骤1. DNA甲基化数据本研究 染色质重塑因子PKL在RNA介导的DNA甲基化中的功能5月31日，《基因组生物学》（Genome Biology）杂志在线发表了中国科学院上海生命科学研究院植物逆境生物学研究中心张蘅研究组题为The developmental regulator PKL is required to maintain correct DNA methylation 版纳植物园转录调控因子Alfin-like基因家族研究获进展通过比较基因组学，在基因组层次上研究特定基因家族的进化，进而揭示其变化的原因和机制，已成为目前进化生物学关注的热点问题。中科院西双版纳热带植物园生态进化生物学研究组研究人员利用模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)及其近缘物种琴叶拟南芥(A. lyrata)和小盐芥(Th 上海生科院揭示水稻籽粒大小调控机制中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所国家基因研究中心团队在水稻控制籽粒大小的分子机制研究方面取得重要进展。他们经过多年的努力成功克隆和鉴定了一个控制水稻粒长与千粒重的关键基因GLW7，并深入研究了其分子机理及在水稻遗传改良中的作用，相关研究论文于3月7日在线发表在Nature Gene 遗传发育所等发现增强子调控茉莉酸信号途径的机理增强子是真核细胞调控基因转录的重要元件。在模式动物中，增强子与相应的基因启动子通过形成染色质环在物理上相互靠近，从而精确调控基因的时空特异性表达。然而目前在植物中，如何界定特定基因的启动子和增强子元件尚未明确，特定生理途径中增强子的系统鉴定未见报道，增强子与启动子之间染色质环的形成及其作用机理也 中科院青岛生物能源与过程所 徐健来水生所学术交流 徐健研究员作学术报告 5月31日,中国科学院青岛生物能源与过程研究所徐健研究员应邀来水生生物研究所进行学术交流, 作了题为\"Establishment of a novel Nannochloropsis-based research model and platform te 北大汤富酬、乔杰团队Cell Res表观遗传学新成果生物通报道：2016年11月8日，国际著名期刊《Cell Research》在线发表了北京大学汤富酬、乔杰团队题为\"DNA methylation and chromatin accessibility profiling of mouse and human fetal germ cells” 锐博生物：特定的tRNA基因的表达促进肿瘤转移Cell重大发现：tRNAs促进肿瘤转移 转运RNAs（tRNAs）最初被认为是基因表达的静态参与者，但是6月2号，洛克菲勒大学的H. Goodarzi研究团队在Cell上发表的文章证明，tRNA也是基因表达的动态调节器，可影响疾病进展。接下来让我们一起来看看他们的研究成果吧。 H.