tRNA和rRNA属于ncRNA吗?

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tRNA和rRNA属于ncRNA吗?

2021-08-11

问题描述：

看有的文献上把tRNA和rRNA列入了ncRNA的范围，而有些则分开来讨论，到底哪种分类比较准确呢？

另外，最近测了些tRNA的二级结构，发现有部分不是三叶草结构，但是以前看文献上说tRNA都可以形成三叶草结构的，所以有些不解，望指点，非常感谢！

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whitey83

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对了，补充一下：我是用软件预测的结构，看有文献说软件只是根据能量最小化来预测，得到的结构并非是最佳的，那是软件的问题吗？

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war3

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显然是ncRNA，不过非常值得注意的是，R-Fam自version8.0之后，对ncRNA的分类有了重新定义。具体可以看看这里：ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/databases/Rfam/CURRENT/USERMAN

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war3

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说到这个问题，我个人唠叨几句：我们知道做科研，首先就是要看你要研究的问题是否重要。如下是ncRNA的列表。|+--antisense|||+--miRNA|||+--rRNA|||+--ribozyme|||+--sRNA|||+--snRNA|||||+--snoRNA|||||||+--CD-box|||||||+--HACA-box|||||||+--scaRNA|||||+--splicing|||+--tRNA--------------下面分别说：1.antisense这个无论是国内和国外已经基本做滥了。余下的事情，基本上就是生物学功能论证的事情了。2.miRNA这个领域，仍然极热，只是做这方面的大牛太多。很多重要问题已经被研究过了。而剩下的问题，要么就是没人喜欢做的小问题。要么就是太难，无法做，或者正有牛人竞争。不过仍然非常值得介入，因为研究这个的，出路不愁。3.rRNA自酵母到人类，连修饰位点都是保守的。但也有研究说其实它们是正在分化中的，不过这方面研究不多。4.ribozyme自siRNA发现之后，这个方面已经研究得不是很热了。主要是，它的效率没有siRNA高。而且它涉及到的功能太少。总之，这是个小山头。没有必要进入，就是真的做出点东西来，将来也没什么出路。5.siRNA仍然是大热门，主要是大家对miRNA的机制有点过分关注，而对siRNA有点疏忽，实际上siRNA直接和生物技术以及基因治疗有关。近期狂发CELL，不过主要是湿试验方面，现在的data太少了。可以一直留意，等有好的data源出现的时候，可以在这方面做点事情。特别是各种AGO家族蛋白相关的data。6.snRNA这可是陈润生院士的拿手好戏，包括如下几个方面：snoRNA我个人认为这方面仍然有很多东西可做，因为snoRNA的很多功能，包括鉴定，结构，进化，分化，表达特异性，hostsgene等等相对如上几个来说都没有研究清楚。而且它在genomicstructure上变数很多。不管怎么做都会多多少少都能出点东西。只是没有功能论证，很难做出大的。splicing这个似乎不太推荐进入，特别是在bioinformatics上，因为这些东西基本上都是超级保守，高表达。也就是没有什么大的变数。7.tRNA同splicing和rRNA。做这个的，如果不能找到一个进化中的一支已经发生了整体上的分化，那么充其量也就是发现几个不同于其他的，有点微小结构变化的无生物学意义的特例而已。而且这个东西，也没有道理在结构上产生什么大的变化。就算发现了大的结构变化，又很难解释这个变化。

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bioinfomania

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展开引用war3说到这个问题，我个人唠叨几句：我们知道做科研，首先就是要看你要研究的问题是否重要。如下是ncRNA的列表。|+--antisense|||+--miRNA|||+--rRNA|||+--ribozyme|||+--sRNA|||+--snRNA|||||+--snoRNA|||||||+--CD-box|||||||+--HACA-box|||||||+--scaRNA|||||+--splicing|||+--tRNA--------------下面分别说：1.antisense这个无论是国内和国外已经基本做滥了。余下的事情，基本上就是生物学功能论证的事情了。2.miRNA这个领域，仍然极热，只是做这方面的大牛太多。很多重要问题已经被研究过了。而剩下的问题，要么就是没人喜欢做的小问题。要么就是太难，无法做，或者正有牛人竞争。不过仍然非常值得介入，因为研究这个的，出路不愁。3.rRNA自酵母到人类，连修饰位点都是保守的。但也有研究说其实它们是正在分化中的，不过这方面研究不多。4.ribozyme自siRNA发现之后，这个方面已经研究得不是很热了。主要是，它的效率没有siRNA高。而且它涉及到的功能太少。总之，这是个小山头。没有必要进入，就是真的做出点东西来，将来也没什么出路。5.siRNA仍然是大热门，主要是大家对miRNA的机制有点过分关注，而对siRNA有点疏忽，实际上siRNA直接和生物技术以及基因治疗有关。近期狂发CELL，不过主要是湿试验方面，现在的data太少了。可以一直留意，等有好的data源出现的时候，可以在这方面做点事情。特别是各种AGO家族蛋白相关的data。6.snRNA这可是陈润生院士的拿手好戏，包括如下几个方面：snoRNA我个人认为这方面仍然有很多东西可做，因为snoRNA的很多功能，包括鉴定，结构，进化，分化，表达特异性，hostsgene等等相对如上几个来说都没有研究清楚。而且它在genomicstructure上变数很多。不管怎么做都会多多少少都能出点东西。只是没有功能论证，很难做出大的。splicing这个似乎不太推荐进入，特别是在bioinformatics上，因为这些东西基本上都是超级保守，高表达。也就是没有什么大的变数。7.tRNA同splicing和rRNA。做这个的，如果不能找到一个进化中的一支已经发生了整体上的分化，那么充其量也就是发现几个不同于其他的，有点微小结构变化的无生物学意义的特例而已。而且这个东西，也没有道理在结构上产生什么大的变化。就算发现了大的结构变化，又很难解释这个变化。......Good.

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yinyuewanwan

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好贴好贴好贴

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