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流式的isotype 对照（同型对照），就是使用相同标记，相同亚型的非特异性抗体，在另外一个管子的样本，采用同样的染色步骤染色。比如，你使用了小鼠IgG1, PE 标记的特异性抗体，那就选用小鼠IgG1， PE标记的非特异性抗体。下面这个图，是一个比较典型的使用了同型对照的结果图向左转|向右转灰色的曲线是未染色的样本，黄色是同型对照，红色是特异性抗体染色。由于细胞对抗体的非特异性结合，一般同型对照都会比未染色样本的荧光信号要强。所以设置阴性阈值的时候，要根据同型对照，而不是未染色的细胞。
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