oligo(dT)纤维素层析法提取poly(A) + RNA
实验方法原理 | 与rRNA,5SRNA,5.8SRNA和tRNA相比,大多数真核生物的mRNA在其3"端带有poly(A)尾巴。因此,mRNA能用oligo(dT)-纤维素亲和层析法从细胞总RNA中分离(Edmondsetal.1971;AvivandLeder1972)。 | ||||||
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实验材料 | 总RNA 试剂、试剂盒 | 装柱缓冲液洗脱缓冲液乙醇NaClNaOH乙酸钠 仪器、耗材 | SorvallSS-34转子或相当的转子杯子巴氏滴管贮存RNA设备oligo(dT)-纤维素pH试纸水浴 实验步骤 | 一、材料 1.缓冲液和溶液 2X装柱缓冲液(40mmol/LTris-Cl(pH7.6),1rnmol/LNaCl,2mmol/LEDTA(pH8.0),0.2%(m/V)月桂基肌氨酸钠) 洗脱缓冲液(10mmol/LTris-Cl(pH7.6),1mmol/LEDTA(pH8.0),0.05%SDS) 乙醇 NaCl(5mol/L),无RNA酶 NaOH(10mol/L) 乙酸钠(3mol/L,pH5.2) 2.核苷酸和寡聚核苷酸 总RNA 3.离心机和转子 SorvallSS-34转子或相当的转子 4.专用设备 测量260nm吸光度的杯子 Dispocolumn(Bio-Rad)或塞以无菌玻璃毛的巴氏滴管 贮存RNA设备 oligo(dT)-纤维素 pH试纸(pH测试条,Sigma) 预设水浴至65℃ 二、方法 装柱与填柱 1.取oligo(dT)—纤维素0.5~1.0g,用0.1mol/LNaOH重悬。 2.用oligo(dT)—纤维素(0.5~1.0ml柱体积)灌注DEPC处理过的一次性柱子(或塞以无菌玻璃毛的巴氏滴管,300℃烘烤灭菌4h)。用3倍柱体积DEPC处理过的水洗涤柱子。 3.用无菌的1X装柱缓冲液(用无菌的DEPC处理过的水稀释2X的贮存液)洗涤柱子,直到流出液的pH值<8.0。用pH试纸测试。 4.用双蒸灭菌的水溶解RNA,65℃,5min处理溶液。将溶液快速冷却到室温,并加入1倍体积的2X装柱缓冲液。 柱上poly(A)+的恢复 5.将RNA溶液加到柱上,并立即用无菌的管子收集流出液。当所有的RNA溶液进入柱子时,用1倍体积的1X装柱缓冲液洗柱,继续收集流出液。 6.当所有的液体流出柱子后,65℃加热收集液5min,重新加到柱子中。再次收集流出液。 7.用5~10倍柱体积的1X的装柱缓冲液洗涤柱子,用无菌塑料管(如微量离心管)收集1ml洗涤液 8.按1:20比例稀释各部分收集液,用石英杯或处理过的异丁烯杯测量260nm处的吸光值,以1X的装柱缓冲液作为空白对照。 9.将包含大多数OD260物质的部分用2.5倍体积的乙醇沉淀。 从柱中洗脱poly(A)+RNA 10.用2~3倍柱体积的无菌、无RNA酶的洗脱缓冲液从oligo(dT)-纤维素柱上洗脱poly(A)"RNA。收集相当于1/2~1/3柱体积的流出液。 11.用石英杯或处理过的异丁烯杯测量各部分收集液在260nm处的吸光值。混合包含洗脱RNA的部分。 RNA的进一步纯化(可选) 经过一轮oligo(dT)—纤维素柱的层析得到的物质通常会包含大约相同数量的多聚腺苷酸和不含多聚腺苷酸的RNA,可以按下面的步骤进一步纯化。 12.为进一步纯化poly(A)+RNA,65℃加热准备的RNA3min,然后迅速冷却到室温。用5mol/LNaCl调整洗脱的RNA中的NaCl浓度至0.5mol/L,在同一个oligo(dT)—纤维素柱上进行第二轮层析(重复步骤3和5~11)。 13.对于第二轮oligo(dT)—纤维素柱层析洗脱下来的poly(A)+RNA,加入3mol/L的乙酸钠(pH5.2)至终浓度0.3mol/L。混合均匀。加入2.5倍体积冰冷的乙醇,混合,将该溶液置于冰上至少30min。 14.在10000g(相当于SorvallSS-34转子9000r/min),4℃下离心15min。小心弃掉上清,用70%乙醇洗涤沉淀(通常是不可见的)。稍做离心,吸出上清,将敞口的管子倒置几分钟,使大部分剩余酒精蒸发。不要使沉淀干燥。 15.重新将潮湿的RNA沉淀用小体积的无菌、DEPC处理过的水溶解。用石英杯或处理过的异丁烯杯测量每一部分柱子收集液在260nm处的吸光值。将含有RNA的部分混合。 16.保存制备好的poly(A)+RNA。 |
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发布于 : 2021-08-12
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