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(1)核酸酶有DNase、RNase、核酸酶S1等，可水解相应的DNA和RNA，核酸酶S1可降解单链DNA和RNA，用量增大也可降解双链核酸。它可用于切去ds-cDNA合成中产生的发夹环。(2)修饰酶 有些酶可在其他酶的作用下,将酶的结构进行共价修饰，使该酶活性发生改变，核酶的催化功能与其空间结构有密切关系。不同的核酶可分为两类：1 剪切型核酶：只剪不接，如M1 RNA。2 剪接型核酶：该酶具有序列特异的内切核酸酶、RNA连接酶等多种酶活性。加工场所在生物体细胞质（或相关实验设备中）。
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