Optimizedreversetranscriptaseandbuffersystemfortheproductionoffull-lengthCDNA.
- Synthesizefull-lengthcDNA(>15kb)
- Amplifyfirst-strandcDNAfrompicogramamountsoftotalRNA
- OptimizetheRTreactiontoyourspecificneedsbyusingthefirststrandcDNAsynthesisprimers,dNTPsandRNaseinhibitorofyourchoice(notincluded).
TheMMLVHPRTdemonstratessignificantlygreaterreversetranscriptaseactivitythanothercommerciallyavailableMMLVRTenzymes.Typically,just100unitsofMMLVHPRTarerequiredforfull-lengthcDNAsynthesiscomparedto200unitsofcompetitiveMMLVRTenzymes.MMLVHPRTincludesa10XReactionBuffer,optimizedforsynthesisoffull-lengthcDNAfromlongRNAtemplates,andDTT.Theenzyme,bufferandDTTarethesamecomponentsusedintheMMLVReverseTranscriptase1st-StrandcDNASynthesisKit.Byprovidingthesethreecomponentsindividually,youhavetheflexibilitytochoosedNTPs,RNaseInhibitors,etc.andoptimizetheRTreactionforyourspecificneeds.
Figure1.MMLVHPRTproducesfull-lengthcDNAfrommRNAlongerthan15kb. TotalRNAisolatedfromHeLacellswasreversetranscribedandthecDNAwasamplifiedbyPCR.Detectionofthe1.3-kbPCRampliconfromnearthe5´endofthemRNAdemonstratesfull-lengthreversetranscriptionofHERC1mRNA(A).AgarosegelanalysisofthePCRproductsshowsthe1.3-kbampliconfromthe5´endofthemRNA(B).LaneM,100bpDNAladder;lane1,no-RTcontrolreaction;lane2,PCRproductfromcDNAsynthesizedbyEpicentre"sMMLVHPRT.
TargetTranscript(Size) | 3´/5´Ratios | ||
EpicentreMMLVHighPerformanceReverseTranscriptase | CompetitorI(RNaseH-MutantofMMLVRT) | CompetitorP(MMLVRT) | |
ACTB(1,792b) | 0.9 | 1.7 | 1.2 |
GUSB(2,162b) | 1.0 | 6.1 | 2.5 |
TFRC(5,010b) | 5.5 | 12.1 | 11.3 |
Table1.3´/5´ratioanalysisofcDNAproducedbydifferentreversetranscriptaseenzymes. TotalcellularRNAfromHeLacellswasconvertedtocDNAusingthethreereversetranscriptaseenzymesindicatedinthetable.A3´/5´ratioequalto1.0meansthatequalamountsofPCRproductsareobtainedfromboththe3´and5´endofthecDNAandthereforeisagoodindicationthatthereversetranscriptasehasproducedafull-lengthcDNAcopyofthemRNA.
2A.
2B.
EpicentreMMLV1st-StrandcDNASynthesisKit
CompanyIRNaseH-minusMMLVRT
CompanyPMMLVRT
Figure2.cDNAproducedbyEpicentre"sMMLVHighPerformanceReverseTranscriptaseyieldsasignificantlyimproved3´/5´ratiothancompetitivereversetranscriptases. Theapproximately2160-baseHeLaβ-glucuronidasemRNA(GUSB)wasreversetranscribedintocDNAusingEpicentre"sMMLVHighPerfomanceReverseTranscriptaseandtwocompetitivereversetranscriptaseenzymes.PCRprimerpairstothe3´-endand5´-endofGUSBcDNAweresynthesizedandqPCR(SYBR® GreenIdyedetection)wasperformedusingeachprimerpairandtheGUSBcDNAsastemplates.The3´/5´ratiowascalculatedforeachasdescribedinthetext.(A).PCRampliconsfromthe3´endand5´endoftheGUSBcDNA.(B).qPCRquantificationgraphsfordetectingthe3´ampliconand5´ampliconofGUSBcDNAproducedbyEpicentre"sMMLVHighPerformanceReverseTranscriptaseKitandtwoothercommerciallyavailablereversetranscriptaseenzymes.
ORDERINFORMATION
MMLVHighPerformanceReverseTranscriptase,10XReactionBuffer,DTT.ebiomall.com
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2、取灭过菌且无核酸酶的0.2ml离心管,依次加入2~5μgRNAnμL
3、65℃保温5min,然后冰浴5min;
4、往3步骤中的0.2ml离心管依次加入下列组份
RNase抑制剂(40u/μL)0.5μL
10×M-MLVReactionBuffer2μL
DTT(200mM)1μL
逆转录酶(M-MLV)1μL
5、轻轻混匀后,然后2000rpm离心20s;
6、先在37℃保温1hr,然后70℃保温15min;
7、上述产物可立即进行下一步的PCR反应或-20℃保存。向左转|向右转
各位大侠:小弟最近做个长片段的CDNA与T载体的连接,片段大小6.4K,载体选用的是pUC19和pGEMT-easy,反转录酶用的是RevertAidTirstStrandcDNASynthesisKit(#K1621),CDNA第二链的扩增用的是LATaq。我是用纯病毒的RNA做模板,操作步骤严格按照说明做的,也曾经有一次获得过电泳图清晰显示的是全长6.4KB左右的片段,与载体连接,结果筛选到的几个克隆,插入的片段仅有2KB左右,奈何?可最近几次再用此反转录试剂盒却不能得到所需片段。在此,小弟想问问大家,你们是否遇到同样的问题,是如何解决的?所用的试剂(载体和酶的选择)和方法是什么,可以告诉后来者,共同进步吧。
2. 禽成髓细胞瘤病毒(AMV)反转录酶:有强的聚合酶活性和RNA酶H活性。最适作用温度为42℃。
3.Thermus thermophilus、Thermus flavus等嗜热微生物的热稳定性反转录酶:在Mn存在下,允许高温反转录RNA,以消除RNA模板的二级结构。
4.MMLV反转录酶的RNase H突变体:商品名为SuperScript 和SuperScriptⅡ。此种酶较其它酶能多将更大部分的RNA转换成cDNA,这一特性允许从含二级结构的、低温反转录很困难的mRNA模板合成较长cDNA。向左转|向右转
在进行RT反应之前,应考虑以下几个方面:
1、RNA
成功的cDNA合成来自高质量的RNA,高质量的RNA至少应保证全长并且不含逆转录酶的抑制剂,如EDTA或SDS。在提取RNA的过程中,要特别防止RNase的污染,同时在逆转录反应中经常加入RNase抑制剂以增加cDNA合成的长度和产量。RNase抑制剂要在第一链cDNA合成反应中,在缓冲液和还原剂(如DTT)存在的条件下加入,因为cDNA合成前的过程会使抑制剂变性,从而释放结合的可以降解RNA的RNase。蛋白RNase抑制剂仅防止RNaseA,B,C对RNA的降解,并不能防止皮肤上的RNase,因此尽管使用了这些抑制剂,也要小心不要从手指上引入RNase,实验过程中经常更换新手套。
2、引物的选择
OligodT
选择OligodT时,要求RNA必须有PolyA,所以真核生物的mRNA都适用。适合长链甚至全长mRNA的RT,所以对RNA样品的质量要求较高,最好不要有明显的DNA污染、RNA降解和RNA断裂。假如想探索新的mRNA进行RT反应,建议推荐使用OligodT引物。使用OligodT引物要比随机引物和特异性引物的稳定性要好。
随机引物
适合各种RNA的RT,尤其适合模板丰度很低的情况(比如某个gene表达量很低)。选择随机引物时,第一链cDNA合成反应中就是以所有的RNA为模板,然后进行PCR反应时设计引物进行特异性扩增。同时要注意随机引物的量和总RNA量之间的关系,一般建议每5μg总RNA的随机引物的用量为50ng,如果每5μg总RNA的随机引物的用量超过250ng,可能会导致小片段产物(<500bp)的增加和长片断、全长产物产物的降低。
特异性引物
特异性引物只能用你设计引物时的下游引物做RT,引物设计质量影响RT的结果,而且不同引物退火温度本来就不相同,所以按照说明书按照一个温度做不是最佳选择,一般不推荐。向左转|向右转
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