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asuragen/AmplideX® PCR/CE FMR1 Reagents/24/49442
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asuragen/AmplideX® PCR/CE FMR1 Reagents/24/49442
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asuragen
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49442
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AmplideX® PCR/CE FMR1 Reagents

AmplideX FMR1AmplideX PCR/CE FMR1 Reagents* are market-leading research tools for the detection of CGG repeats in the fragile X mental retardation (FMR1) gene. These reagents provide a PCR-only approach based on Triplet Repeat Primed PCR (TP-PCR) design to reliably amplify and detect all alleles including Full Mutations.

Features & Benefits

AmplideX PCR/CE FMR1 Reagents* have created an easy-to-use, accessible, high performance method for laboratories to reliably analyze CGG repeats and detect interrupting AGG sequences in the FMR1 gene.

Reduced ComplexityEase-of-analysis of the FMR1 gene has been simplified through:

  • Implementation of proprietary PCR solution for amplifying GC-rich regions
  • Automation of result calling using AmplideX PCR/CE FMR1 Reporter* 

Optimized WorkflowValuable operator hands-on time has been significantly reduced through:

  • Direct injection of PCR products (no PCR clean up) in to Capillary Electrophoresis platforms
  • Decreased need for Southern blot analysis (up to 50 fold)
  • End-to-end solution for FMR1 analysis including all necessary reagents and software

Quality PerformancePerforming FMR1 Analysis with Greater Sensitivity and Accuracy:

  • Detection of all allele expansions, including low abundance full mutation size mosaics with up to at least 1300 CGG repeats
  • Up to 875 fold more sensitive than Southern blot1
  • Resolution of female homozygous and heterozygous samples and indication of interrupting AGG sequences
  • Proven performance as indicated by more than 30 peer reviewed publications

*For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.

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Product Description

Analytical Characteristics of AmplideX PCR/CE FMR1 Reagents*:

  • Detects all alleles including low abundance full mutations (Figure 1)
  • Accurately sizes any repeat up to 200 CGG repeats (Figure 2)
  • Resolves female zygosity (Figure 3)
  • Detects presence of AGG interruptions (Figure 4)

Figure 1: Amplification of Asuragen’s Methylation and Sensitivity Control which has a 5% full mutation in a background of 95% Normal

AmplideX Methylation and Sensitivity Control

Figure 2. Female premutation sample with accurate sizing of Normal (30 CGG) and Pre mutation allele (56 CGG)

AmplideX Female premutation sample

Figure 3: The difference in the “stutter” peak patterns of homozygous and heterozygous female provides a clear resolution of zygosity

AmplideX resolves female zygosity

Figure 4. Female Full Mutation sample with AGG interruptions as indicated by sudden decrease in peak heights of the “stutter” peak profile

AmplideX Female Full Mutation sample

Ordering

Product NameNumber of ReactionsCatalog Number
AmplideX PCR/CE FMR1 Control24 UL49513
AmplideX mPCR FMR1 Control24 UL49514
AmplideX PCR/CE FMR1 Reagents10049402
AmplideX mPCR FMR1 Kit2449442
AmplideX PCR/CE FMR1 ReporterN/A49576

T 1-877-777-1874; 512-681-5200 F 512-681-5202 E orders@asuragen.com

View Sales Contacts

References

  1. Referenced in over 30 peer reviewed publications and used in over 200 laboratories, the AmplideX® PCR/CE FMR1 Reagents* are globally recognized as best-in-class for assessment of CGG repeats in the FMR1 gene.
    • Key resources
    • Videos

AmplideX® PCR/CE FMR1 Kit

AmplideX FMR1AmplideX PCR/CE FMR1 Kit is an in vitro diagnostic (IVD) device for use in clinical laboratories for detection of the CGG repeats in the fragile X mental retardation (FMR1) gene. The device is intended to aid in the diagnosis of fragile X syndrome and fragile X associated disorders, e.g. tremor and ataxia syndrome (FX-TAS) and primary ovarian insufficiency (FXPOI), through determination of CGG repeat length up to 200 CGG and detection of alleles greater than 200 CGG. The kit provides a PCR-only approach based on Triplet Repeat Primed PCR (TP-PCR) design to reliably amplify and detect all alleles including Full Mutations.

Features & Benefits

AmplideX PCR/CE FMR1 Kit has created an easy-to-use, accessible, high performance method for laboratories to reliably analyze CGG repeats and detect interrupting AGG sequences in the FMR1 gene.

Reduced ComplexityEase-of-analysis of the FMR1 gene has been simplified through:

  • Implementation of proprietary PCR solution for amplifying GC-rich regions
  • Automation of result calling using AmplideX PCR/CE FMR1 Reporter 

Optimized WorkflowValuable operator hands-on time has been significantly reduced through:

  • Direct injection of PCR products (no PCR clean up) in to Capillary Electrophoresis platforms
  • Decreased need for Southern blot analysis (up to 50 fold)
  • End-to-end solution for FMR1 analysis including all necessary reagents and software

Quality PerformancePerforming FMR1 Analysis with Greater Sensitivity and Accuracy:

  • Detection of all allele expansions, including low abundance full mutation size mosaics with up to at least 1300 CGG repeats
  • Up to 875 fold more sensitive than Southern blot1
  • Resolution of female homozygous and heterozygous samples and indication of interrupting AGG sequences
  • Proven performance as indicated by more than 30 peer reviewed publications

Product Description

Analytical Characteristics of AmplideX PCR/CE FMR1 Kit:

  • Proven clinical accuracy compared to Southern Blot (Table 1)
  • Detects all alleles including low abundance full mutations (Figure 1)
  • Accurately sizes all alleles up to 200 CGG repeats (Figure 2)
  • Resolves female zygosity (Figure 3)
  • Detects presence of AGG interruptions (Figure 4)

Table 1: Diagnostic Sensitivity of 100%; Diagnostic Specificity of 98.4% and Overall Accuracy of 99%AmplideX has proven clinical accuracy compared to Southern Blot*These 2 samples presented premutation alleles by both methods and low intensity full mutation alleles detected only by the AmplideX PCR/CE FMR1 Kit

Figure 1: Amplification of Asuragen’s Methylation and Sensitivity Control which has a 5% full mutation in a background of 95% Normal

AmplideX Methylation and Sensitivity Control

Figure 2. Female Pre-mutation sample with accurate sizing of Normal (30 CGG) and Pre-mutation allele (56 CGG)

AmplideX Female premutation sample

Figure 3: The difference in the “stutter” peak patterns of homozygous and heterozygous female provides a clear resolution of zygosity

AmplideX resolves female zygosity

Figure 4. Female Full Mutation sample with AGG interruptions as indicated by sudden decrease in peak heights of the “stutter” peak profile

AmplideX Female Full Mutation sample

Ordering

Product NameNumber of ReactionsCatalog Number
AmplideX PCR/CE FMR1 Control*24 UL49513
AmplideX mPCR FMR1 Control*24 UL49514
AmplideX PCR/CE FMR1 Reagents*10049402
AmplideX PCR/CE FMR1 Kit10076008
AmplideX mPCR FMR1 Kit*2449442
AmplideX PCR/CE FMR1 Reporter*N/A49576

T 1-877-777-1874; 512-681-5200 F 1-512-681-5202 E orders@asuragen.com

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References

  1. Referenced in over 30 peer reviewed publications and used in over 200 laboratories, the AmplideX® PCR/CE FMR1 Reagents* are globally recognized as best-in-class for assessment of CGG repeats in the FMR1 gene.
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寡核苷酸,是一类只有20个以下碱基的短链核苷酸的总称(包括脱氧核糖核酸DNA或核糖核酸RNA内的核苷酸),寡核苷酸可以很容易地和它们的互补对连结,所以常用来作为探针确定DNA或RNA的结构,经常用于基因芯片、电泳、荧光原位杂交等过程中。... 查看更多>
(一) 实验流程(1和2为并列步骤) 1.慢病毒过表达质粒载体的构建 设计上下游特异性扩增引物,同时引入酶切位点,PCR(采用高保真KOD酶,3K内突变率为0%)从模板中(CDNA质粒或者文库)调取目的基因CDS区(coding sequence)连入T载体。将CDS区从T载体上切下,装入慢病毒过表达质粒载体。 2.慢病毒干扰质粒载体的构建 合成siRNA对应的DNA颈环结构,退火后连入慢病毒干扰质粒载体 3 查看更多>
深圳市美凯特科技有限公司在发布的NADH(二磷酸吡啶核苷酸(还原型))I 级供应信息,浏览与NADH(二磷酸吡啶核苷酸(还原型))I 级相关的产品或在搜索更多与NADH(二磷酸吡啶核苷酸(还原型))I 级相关的内容。 查看更多>
不知不觉几年下来自己也快毕业了,感谢丁香园这些年来的帮助。没有什么可回报的东西,就教教新人如何设计引物吧,尽量做到手把手的教,图文并茂。丁香园论坛中关于引物设计的帖子不少,以前很多站友会推荐 Oligo、PrimerPremier、DNA man 等等软件。这些软件设计完最后还是要去 BLAST 比对下,所以我教大家一种易懂实用的在线设计方法。就以人的 PTEN 基因为例,首先你要找 查看更多>
聚合酶链反应即PCR技术,因为其对基因或特定核酸序列在短时间内的极大的扩增效率,已在感染性疾病、肿瘤、遗传病、寄生虫病、法医学、动植物和考古等的诊断和研究中得到了广泛的应用,并在某些方面几乎是难以替代的。但是,像自然界的任何事物一样,PCR也有其局限性,稍不注意,就很容易造成 查看更多>
Purification of Plasmid from 50 ml-culture1. Shake E. coli harboring plasmid at 37 C overnight in 50 ml of TB containing appropriate antibiotics. (when using a 查看更多>
ParaformaldehydeFixationofCellsBackgroundThisfixationmethodisgoodforcellslabelledbyFluorochrome-conjugatedantibodiestomembraneantigens.ItwillstABIlizethelightscatterandlabellingforuptotoaweekinmostinstances,allowingyoutobemoreflexIBLeinschedulingcytometer 查看更多>
上海钰博生物科技有限公司在发布的5-核苷酸酶测试盒(5-NT)供应信息,浏览与5-核苷酸酶测试盒(5-NT)相关的产品或在搜索更多与5-核苷酸酶测试盒(5-NT)相关的内容。 查看更多>
ADP-ribosylation factors (ARFs) are 20-kDa guanine nucleotide-binding proteins, members of the Ras GTPase superfamily that were initially recognized and purifi 查看更多>
1 导论 多聚酶链式反应(Polymerase Chain Reaction, PCR)是美国Perkin-Elmer/Cetus公司人类遗传研究室Mullis K. B.等人于1985年发明的一种快速体外DNA片段扩增技术,是八十年代分子生物学资源领域的一项革命性突破,被誉为分子生物学资源发展史上的又一里程碑。该技 查看更多>
关键词:寡核苷酸;优化设计中图分类号:Q524 在核酸分子杂交、DNA序列测定和通过PCR放大DNA片段等实验中,都需要使用寡核苷酸作为探针或引物,而对这些反应的质量起最重要影响作用的,就是这些寡核苷酸探针或引物。用优化的寡核苷酸进行实验能够很快得到好的结果,而用不够合适的寡核苷酸时, 查看更多>
上海研生实业有限公司所提供的CD73 (5´-nucleotidase cytosolicⅡ)  胞浆-5´-核苷酸酶-Ⅱ 抗原质量可靠、规格齐全,上海研生实业有限公司不仅具有精湛的技术水平,更有良好的售后服务和优质的解决方案,欢迎您来电咨询此产品具体参数及价格等详细信息! 查看更多>
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当探针压缩到最大行程的2/3时就达到它的工作行程,此时弹力就和它型号中所标明的弹力相同的。具体可以看一下京伟科技官网上面有详细介绍!
tRNA(转运RNA):多数tRNA由70-90个左右的核糖核苷酸组成并折叠成三叶草形,作用是在蛋白质合成过程中运输氨基酸;
mRNA(信使RNA):是由细胞核内的DNA转录来的,它携带遗传信息,在蛋白质合成时充当模板,决定肽链的氨基酸排列顺序;mRNA存在于原核生物和真核生物的细胞质及真核细胞的某些细胞器(如线粒体和叶绿体)中;
rRNA(核糖体RNA):是核糖体的组成成分,它是3类RNA中相对分子质量最大的一类RNA,与蛋白质结合而形成核糖体,其功能是作为mRNA的支架,使mRNA分子在其上展开,实现蛋白质的合成。
mRNA
中文名为信使RNA,是由DNA的一条链作为模板转录而来的、携带遗传信息的能指导蛋白质合成的一类单链核糖核酸。mRNA作为蛋白质合成的模板,决定肽链的排列顺序。
tRNA
中文名为转运RNA,是具有携带并转运氨基酸功能的一类小分子核糖核酸。
rRNA
中文名为核糖体RNA,是最多的一类RNA,也是3类RNA(tRNA,mRNA,rRNA)中相对分子质量最大的一类RNA,它与蛋白质结合而形成核糖体,其功能是作为mRNA的支架,使mRNA分子在其上展开,形成肽链的合成。rRNA占RNA总量的82%左右。rRNA单独存在时不执行其功能,它与多种蛋白质结合成核糖体,作为蛋白质生物合成的“装配机”。
RNAi在哺乳动物细胞中通常用于阻断特定基因的表达从而研究基因的功能。成功的进行RNAi
的问题在于使siRNA导入细胞,
将sirna导入细胞内常见的方法是
将靶向特定基因的大约21碱基长短的双链 siRNAs small interfering RNAs。
或者是45 50 mer的发夹结构 RNA 转染到细胞。
此外通过质粒表达siRNAs 同样可以抑制特定基因的表达。

各种系统都可以使用,AlleleID7.0没搞的定

本软件只作为学习研究之用,研究完后马上删除,支持正版。。。




感谢ddd198599及其他司机的信息及启发

http://www.stemcell8.cn/thread-20673-1-1.html



AlleleID6破解版.rar(44952.85k)

最近用TaqMan探针做已知位点的SNP分型,用FAM和VIC分别标记对应探针,试验中发现纯合子中不配对的探针信号也会上升(如图一,GG型只允许FAM上升,结果VIC也上升;图三只允许VIC上升,结果FAM同时上升。。),想问一下是什么原因?怎么解决?谢谢大家!


大家好,近期在用lipo2000做悬浮细胞HL-60的siRNA转染,siRNA是由公司合成的三个siRNA,但是敲除效率很低,并且每次qPCR后做出来的结果都不一样:有时是第一个siRNA敲除作用好点,但有时是第二个或第三个siRNA效果好。由于结果不稳,并且细胞不好转我就将细胞换成了A549,但是换成了贴壁细胞后发现每次转染后进行qPCR检测时结果还是不稳,另外,我还设置了不同siRNA的组合,有时结果显示siRNA1+siRNA3效果好,但有时显示siRNA1+2+3效果好。光做这个siRNA转染已经几个月了,到现在都没有确定具体哪个片段起作用或效果最好,也没有一个稳定的趋势。请问造成这种敲除效率不稳定的原因到底是为什么?急切等待回复,谢谢!

PNA是一种人工合成的核酸的类似物,与核酸相似,它也是由携带ATGC四种碱基的四种单体首尾相连所构成的链状结构,从而保证这种物质能够像核酸一样靠碱基堆积力形成Watson-Crick碱基对,与DNA、RNA形成杂交分子PNA/DNA或PNA/RNA这就是PNA作为杂交探针的理论基础。所不同的是构成PNA骨架的单体不是通常的带负电的磷酸核糖而是N-(2-氨已基)-甘氨酸,单体之间靠酰胺键连接成长链。这种电中性的骨架结构赋予肽核酸探针优良的杂交特性。

首先PNA/DNA杂交分子的性质很稳定,从化学动力学角度看,PNA/DNA的结合常数有明显提高,一旦形成了双链,即使加入上百倍的寡核苷酸也不能使它解离。据报道,对于含有高度反向重复序列的超螺旋DNA,PNA/DNA杂交分子比DNA/DNA双链的结合常数提高了五万倍;从热力学角度看,PNA/DNA杂交分子的Tm也高于相同序列的DNA/DNA双链,通常,在100mmol/L的NaCl溶液中,PNA/DNA杂合子与相应的DNA/DNA双链相比,每个碱基对的Tm值要高出1℃。也就是说,15个碱基对的PNA/DNA平均Tm值约为70℃,比同样的DNA/DNA要高出15℃。从而使检测过程中的灵敏度大为提高。此外,中性骨架还使PNA与DNA的杂交摆脱了对杂交液盐度的依赖,这一重要性质不仅意味着杂交过程中省去了提高盐浓度的操作,更有意义的是,只要保证杂交体系足够低的离子强度,就能抑制非特异性的杂交和靶DNA序列的自身复性对灵敏度的损害。

不但如此,这种高度的灵敏度并没有像其他种类的探针一样引起特异性的下降,相反它对于碱基错配的容纳力更小。在16bp的PNA/DNA杂合子中,一个碱基的错配会导致Tm值下降15℃,而对于同样的DNA双链,Tm值只下降11℃

原文地址:http://tahepna.com/file_news_read.asp?id=59&class=%D1%D0%BE%BF%BD%F8%D5%B9&fo=4&flag=

遗传密码 123
jiangu88002021-07-25
我看trna的测序结果,第一个数字的不同会导致trna序列的不同,第二个数字不同序列和二级结构却一样,而且网上的数据库中会给出后两个数字,那这两个数字到底代表了什么含义?
【共享】siRNA对照解析123
白堤8544539862021-08-18
不会,siRNA识别靶序列是有高度特异性的,因为降解首先在相对于siRNA来说的中央位置发生,所以这些中央的碱基位点就显得极为重要,一旦发生错配就会严重抑制RNAi的效应。

有问题要请教实验前辈!

用SiRNA抑制蛋白A的表达,SiRNA转染48小时后可观察到蛋白A表达明显下降.

现在想检测SiRNA抑制A蛋白表达后对凋亡蛋白、迁移蛋白及周期蛋白的影响,应该在SiRNA干扰后多长时间检测这些蛋白的变化?48小时?72小时?96小时?

望高手解答,我的理解是转染48小时后A蛋白表达下降,如果要观察A蛋白对以上蛋白的影响,应该在转染后超过48小时再检测这些蛋白的变化,比如72小时或96小时,不知道我的理解对不对?

先谢了!

补充,还有说常见的有丝氨酸水解酶家族,有文献提及赖氨酸。请问这些是如何选择的