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用蛋白质组学方法绘制磷酸化位点图谱一方案2 在 MALDI 分析之前或之后对磷酸化多肽进行碱性磷酸酶处理
来自 : 蚂蚁淘
实验材料
试剂、试剂盒
仪器、耗材
实验步骤

方法A:在MALDI-MS分析之前在溶液中去磷酸化的方法

1.根据方案1中的附加方案,准备两个nanoscale去盐柱子(PorosR2或PorosR3)。在孵育期间,用5%的甲酸保证树脂湿润(第3步),GELoader?吸头的上端作为一个反应室。

2.在每一个反应中,加20ul碱性磷酸酶到50mmol/LNH4HCO3中,然后再稀释1~2ul的多肽样品到碱性磷酸酶溶液中(最后反应溶液的PH为8左右,必要时用50mmol/LNH4HCO3进行调整,也可以用pH试纸检测)。

要点:准备一个对照反应,GELoader吸头中含有50mmol/LNH4HCO3,同时加入与上述等量的多肽,无碱性磷酸酶。

3.GELoader吸头于37°C孵育45min,使多肽去磷酸化。

4.加入2ul15%的甲酸,酸化样品,通过注射器施压把样品加到Poros树脂上。

5.用20ul5%的甲酸洗涤柱子,然后再用1ul饱和的MALDI基质洗脱柱子,为得到较好的敏感性,把洗脱液按5?8小滴加到MALDI板上,第1、2滴是主要分析的组分。

6.分别记录从第⑤步中得到的样品及对照组样品中的一部分磷酸化多肽的MALDI反射-TOF和MALDI线性-TOF谱图。

方法B:MALDI-MS分析后在溶液中去磷酸化

此法对于DHB和CHCA两种MALDI-MS基质都适用。

1.根据方案1中的附加方案,准备两个nanoscale的去盐柱子(porosR2或PorosR3)。在孵育期间(第④步),用5%的甲酸保证树脂潮湿。

2.用GELoader吸头的上端作为一个反应室。在每一个反应室中加204碱性磷酸酶到50mmol/LNH4HCO3中。

要点:准备一个对照反应,GELoader吸头中含有50mmol/LNH4HCO3。

3.记录多肽混合物的MALDI反射-TOF和MALDI线性-TOF图谱。

4.用微量加样器取0.5~1.5ul的70%乙腈+0.05mol/LNH4HCO3小心溶解分析物/基质结晶,把等体积的溶解的分析物/基质结晶直接转移到每一个反应室里。

为成功得到分析图谱,不锈钢表面的MALDI板必须是「磨光」的或是AnchorChip0

5.GELoader吸头在37°C孵育45min,使多肽去磷酸化。

6.加人2倍体积的5%的甲酸,酸化样品,通过注射器施压把样品加到Poros树脂上。

7.用20W5%的甲酸洗涤柱子,用1ul饱和MALDI基质洗脱柱子,为得到最佳的敏感性,把洗脱液按5~8小滴加到MALDI靶板上,第1、2滴是主要分析的组分。

8.记录碱性磷酸酶处理的多肽的MALDI反射-TOF和MALDI线性-TOF谱图

方法c:MALDI-MS分析后在靶板上去磷酸化

此方法仅适用于CHCAMALDI-MS基质。

1.分析分析物/基质结晶中得到MALDI反射-T0F和MALDI线性-TOF谱图后,用1.5ul含有0.05U/ul碱性磷酸酶的0.05mol/LNH4HCO3溶液在靶板上溶解基质。

2.将靶板放置于一个封闭的塑料盒中,盒中放置湿的织物,以防样品干燥,37°C孵育30min。

3.用0.5ul5%TFA酸化样品,这样是为了使基质再结晶。

4.在MALDI分析去磷酸化多肽之前,用0.1%TFA轻轻洗涤基质微晶体的表面,以洗掉来自去磷酸化缓冲液中的盐分和甘油,将10ul0.1%TFA滴到基质上,静置片刻后迅速用织物的边缘去除TFA溶液。

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