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琼脂糖凝胶栓中DNA的限制性内切核酸酶消化
来自 : 蚂蚁淘
实验方法原理从哺乳动物细胞、酵母或细菌分离的染色体DNA在琼脂糖栓中可用所需的内切酶消化。低熔点琼脂糖栓的孔足以使内切酶进入,与作为底物的基因组DNA相作用。消化后,经PFGE分离,然后回收或做Southern印迹分析。
实验材料
试剂、试剂盒
仪器、耗材
实验步骤
一、材料

1.缓冲液和溶液

1X限制酶缓冲液

TE(pH7.6)

2.酶和缓冲液

限制酶

3.凝胶

脉冲场电泳用的凝胶

4.核酸和寡核苷酸

包埋在低熔点琼脂糖栓中的基因组DNA

5.专用设备

设定在酶切最佳温度的水浴

二、方法

1.如果凝胶栓未在TE中存放(如通过邮寄收到的凝胶栓或一直存放在0.5mol/LEDTA中的),则在50倍体积TE(pH7.6)室温温育30min。转移凝胶栓至新的50倍体积TE(pH7.6)室温温育第二个30min。否则直接进行步骤2。

2.将凝胶栓移入微离心管,每管加入10倍体积相应的1X限制酶缓冲液。室温温育30min。

3.除去缓冲液,用2~3倍体积新鲜1X限制酶缓冲液替代它。每管加入20~30单位相应限制酶该酶作用的最佳温度温育;如果是YACDNA温育3h,哺乳动物DNA温育5~6h。

4.如果DNA只用一种酶消化,消化后将凝胶栓浸入4℃20倍体积的TE(pH7.6)内。1h后按步骤7处理。如果DNA用一种以上的酶消化,则跳过TE温育而进行步骤5。

5.如果DNA用一种以上的酶消化,加入第二种酶之前再次用相应缓冲液平衡凝胶栓。为了充分平衡,使用自动移液从每管尽可能多的除去第一个酶的缓冲液,并用1mlTE替代它。除去TE,加入新鲜的1mlTE。室温存放30~60min。轻轻除去TE。

6.每管加10倍体积第二个1x限制酶缓冲液,室温温育30min。如步骤3描述的进行限制酶消化。最后,每个凝胶栓浸入4℃20倍体积的TE(pH7.6)内1h。

7.用一次性移液器吸头将凝胶栓直接轻轻推入脉冲场凝胶的加样孔(槽)中,电泳分离DNA片段。
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